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あの13人が帰ってきた！　子どもたちのドラマをハートフルに描いて人気を博した「バイファム」の13年ぶりの新作。ジェイナス号での旅のプロローグを描く第1話。異星人の攻撃を受けて両親と離れ離れになってしまった少年ロディたちは、進路をタウト星に定める。

ジェイナスに地球軍の駆逐艦レーガンから通信が入ってきた。艦隊と合流することで、待望の補給物資が手に入り、喜ぶ子供たち。ところが、そこへククトニアンの特務部隊が攻撃してきた。レーガンに取り残されたロディとケンツは、新型ＲＶトゥランファムを操縦して、脱出する。

レーガンと別れて以来、子供たちは地球軍と連絡をとることができずにいた。そこへ難民保護組織ラピスのメンバーと名乗る女性の声が、飛び込んできた。議論の結果、スコットは安全を優先し、通信を無視することにする。しかし、ペンチがこっそり謎の相手にアクセスしてしまう。

地球軍の駆逐艦カーターから救助信号が入り、ロディとバーツがＲＶで偵察に向かった。だが、カーター艦内に生存者は見つからず、その帰りに破壊されたククトニアンの宇宙ステーションに立ち寄ることになる。なんと、そこでバーツが見つけたのは、双子の赤ちゃんであった！

泣き叫ぶ双子の赤ちゃんに戸惑う子供たちだったが、小さい子の世話に慣れているシャロンが、てきぱきと指示を出す。しかし、赤ちゃんをお風呂に入れたところ、なんとククトニアンであることが判明した。スコットが焦る一方で、他の子供たちは事実を冷静に受け止めるのだ。

難民保護組織ラピスのメンバー、ホルテから通信が入ってきた。赤ちゃんを引き取ってもらうよう交渉できないかと考えるスコットに、他の子供たちは反発する。バーツはミルクを探しに赤ちゃんを発見したステーションに向かうのだが、そこで見つけたのは、雌のククトヤギだった。

ジェイナスに接触を試みてきたホルテたちの真意を巡って、子供たちの意見は対立する。だが、話をすることで地球軍の情報が得られるかもしれないというロディの提案で、ホルテとルービンの小型艇を収容する。しかし、彼女たちの小型艇から、不審な交信波が発信されはじめた！

ルルド艦長が指揮するククトニアン特務部隊からの攻撃により、ジェイナスは危機に陥っていた。ルービンは必死の決意でルルド艦に接近し、攻撃を中止するように訴える。一方、ジェイナスに残ったホルテは、子供たちが自分たちだけの手で艦を航行させていることを知ってしまう。

軟禁しているホルテとルービンの安全を考慮したのか、ルルド艦はジェイナスを追尾するだけで、攻撃してこなかった。そんな中、ホルテは子供たちの心を開かせようと、お食事会を開くことにした。ククト料理の腕をふるうルービン。だが食事中、敵の大規模な攻撃が開始された。

ジェイナスから電送されてきた赤ちゃんの写真を見て、ルルドは激しく動揺、攻撃を中止させていた。一方、同胞であるククト軍の非人道的な攻撃に、ホルテはすっかり自信をなくしてしまう。そんな中、空調システムに異常が発生し、ジェイナス艦内の温度が異常に低下しはじめた。

ジェイナスの空調が完全に復旧し、双子の赤ちゃんも元気になった。ホルテとルービンは状況を打開するため、ラピスの母船キエフ号にコンタクトをとろうとする。そこへＡＲＶブラグに乗ったルルドが接近、避難民を引き渡さないと、30分後に総攻撃を仕掛けると通告してきた。

なんと、ルルドは双子の赤ちゃんの父親であった。タイムリミットが過ぎ、ジェイナスへ攻撃を開始するルルド。ロディは応戦するが、相手が双子の父だと思うと、全力が出せない。さらに、ルルド隊の副官バリルが率いるＡＲＶ隊がやってきた。だが、バリルが意外な行動に出た！

艦に戻ったルルドは、双子の安全を優先したバリルを叱責する。一方、子供たちは敵が引き揚げたうちに、ジェイナスから脱出する作戦を練っていた。ところが、作戦は間に合わずに、ルルド隊の攻撃が再開された。ルービンはたまらずに子供たちに力を貸し、応戦してしまう。

双子は父親のもとへ帰り、ルルド隊の追撃もやんだ。ラピスの母船キエフ号に乗艦して、久々にくつろいだ雰囲気を楽しむ子供たち。そこへ、子供たちを事情聴取すべく、ククト軍が接近してきた。不安を感じた子供たちは、自分たちだけでタウト星に行くことを決意するのだった。

度重なる戦闘によるジェイナスの損傷は大きく、子供たちはその修理に追われ、疲れて果てていた。そんな中、バーツがマキたちの機嫌を損ねてしまい、ついに女の子たちは戦闘状態に入ったと男の子たちに宣言してしまう。スコットはなんとか事態を好転させようとするのだが……。

ボギーのトラブルが続き、ジェイナス艦内の水廻りに不調が起きていた。そんな中、シャロンの悪戯に引っかかったスコットがジョギングを始める。ところが、走っていたスコットがシャワールームに差しかかると、軽く叩いただけで配水管が破れ、大量の水が吹き出しはじめた！

ある夜、ペンチが不気味な声を出す奇妙な影を目撃した。その翌日、フレッドとケンツが無人の部屋で幽霊を見る。不安がるペンチに、守ってあげると約束するフレッド。だが再び現れた影と声にフレッドは怯えてしまい、ペンチの信頼をすっかり失ってしまうのだった。

ボギーの不調は２週間も続き、子供たちの間に不信感が募りはじめていた。正しいはずの航路データへ修正要求を出され、マニュアル操縦まで検討するスコット。だが、カチュアは懸命にボギーをかばい、一人で修理にかかる。そんな中、ボギーが突如、警告を発してきた！

たどりついたククト星には、二つの衛星が観測された。そのどちらが目指すタウト星なのか、区別がつかない。ロディたちは、一方のタウト星の周囲をめぐる宇宙ステーションへ、偵察に向かう。そこには地球の民間用シャトルがあり、中からチェンバー少佐と名乗る地球人が現れた。

子供たちはチェンバー夫妻への警戒を解けないまま、シャトルの故障を修理する。そして、ＲＶの機体を耐熱シートで包み、シャトルとともにタウト星へ降下を開始した。シャトルはなんとか大気圏内での減速に成功するが、ポールが指示した着陸地点には、滑走路が見当たらない！

チェンバー夫妻に大型トラックを奪われてしまった子供たち。それでも残された小型の幌付トラックで、ポールが描いた地図に描かれている収容所の場所に向かうことにした。その頃、夫妻は子供たちとは異なる方角へ向かっていた。話はデタラメだったのだ。

チェンバー夫妻にだまされたと知って、愕然とする子供たち。本物のタウト星に行くためには、この星から脱出しなければならない。子供たちはＲＶで、シャトルを滑走路代わりの草原に移動させる。そんな中、逃げたククトヤギを追うカチュアたちの前に、チェンバー夫妻が現れた。

子供たちは全員無事だったものの、離陸に失敗したシャトルはもはや飛行不能だった。この星のことをよく知っているはずのチェンバー夫妻を見つけて、脱出する手段を聞き出すしかないと考える子供たち。ようやく見つけた夫妻を問い詰めようとしたとき、ククト軍が攻撃してきた。

ポールは、子供たちをジェイナスに戻すと言ったものの、名案が浮かばない。しかし、リグレーの発案で、ククト軍を誘い出し、輸送機を奪うことになった。ところが、ポールが通信機を修理したところ、先に撃墜した巡回隊の救助のため、ククト軍がすでにこちらに向かっていた！

せっかく手に入れたククト軍の輸送機が壊れてしまい、がっかりする子供たち。だが、ポールが新しい方法を思いついた。かつて物資輸送に用いていた、カーゴの発射台が使えるというのだ。しかし、それはあまりにも原始的な施設であり、子供たちは不安を拭いきれなかった。

子供たちはシャトルの胴体部分をカーゴ代わりにして、発射準備を進めていた。準備が整い、シャトルの発射制御プログラムが起動しはじめたその時、先の戦闘で退却したククト兵が、ジャーゴで攻撃をかけてきた。ロディとバーツがバイファムとネオファムで応戦するのだが……。