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Yuya, Gong und Sylvio treffen in der XYZ-Dimension auf Kite Tenjo. Der hat sich seit ZeXal-Tagen jedoch sehr verändert und ist voller Zorn. Es kommt zum Duell zwischen ihm und Sylvio und Gong, das Kite mühelos gewinnt. Als er dann auch noch Yuya droht, ihn in eine Karte zu verwandeln, kommt es zum Showdown.

Nachdem Kite Sylvio und Gong mühelos besiegt hat, stellt Yuya sich ihm entgegen. Er will Kite von seiner unbändigen Wut abbringen und ihm klar machen, dass sie beiden eigentlich auf derselben Seite stehen. Doch Kite ist nur von seiner Wut und seinem Rachedurst beherrscht und lässt nicht mit sich reden …

Nachdem Kite spurlos verschwunden ist, werden Yuya, Sylvio und Gong mit den Resten der Widerstandsbewegung der XYZ-Dimension bekannt gemacht. Das Bild ist traurig: Es sind kaum noch Kämpfer übrig, und von echtem „Widerstand“ kann keine Rede sein. Zuzu findet sich unterdessen ausgerechnet in der Höhle des Löwen, in der Fusions-Dimension, wieder …

Saya, eine Freundin von Shays entführter Schwester Lulu, will endlich auch im Kampf gegen die Invasoren mitmischen. Gemeinsam mit ihrem Freund Alan tritt sie gegen zwei schöne und gefährliche Vollstreckerinnen der Duell-Akademie an, die Tyler Schwestern.

Nachdem Yuya und Shay die Tyler-Schwestern besiegt haben, müssen sie nun gegen ein plötzlich auftauchendes Dreier-Team der Eingreiftruppe Obelisk antreten. Das Duell läuft gut, doch plötzlich wird Shay verletzt. Kite taucht überraschend auf, springt für ihn ein und gewinnt mühelos das Duell. Doch dann erscheint Aster Phoenix auf der Bildfläche und fordert sein Schicksalsduell mit Yuya ein.

Nachdem Celina sich angeboten hat, Yuya, Sylvio und Gong zur Duell-Akademie zu bringen, erweist sie sich als Verräterin: Zuzu wird entführt und der Pirat Captain Cutter stellt sich Yuya in den Weg, um ihn an der Verfolgung zu hindern …

Yugo hat endlich seine lang vermisste Rin erreicht und will sie retten, doch irgendetwas stimmt nicht. Rin stößt ihn aus dem Fenster und fordert ihn zum Duell. Sie steht unter fremder Gedanken-Kontrolle durch einen Fusions-Parasiten und der macht sie so stark, dass sie Yugo auch besiegen kann. Nun müssen die restlichen Lancer den nächsten Befreiungsversuch starten …

Yuri stellt sich Yusho und seinen Gefährten in den Weg. Es kommt zum Duell mit Alexis und Sora, die die Herausforderung zum Kampf gerne annehmen.

Shay dachte eigentlich, dass er seine Schwester Lulu von ihrem Gedanken-Kontrollier-Parasiten befreit hat, doch der Doktor hat sie immer noch unter Kontrolle. So stellt sie sich dem Kampf gegen Yuya und seinem Körper-Mitbewohner Yuto …

Der Kampf zwischen Yuri und Yuya geht weiter. Yuya muss alles geben, um eine Niederlage abzuwenden. Kann er das Ruder noch herumreißen?

Zark hat sich schließlich doch manifestiert. Und bevor er die ganze Dimension in Schutt und Asche legen kann, stellen sich Aster Phoenix und Sora entgegen. Das Duell dauert jedoch nicht lange: Zark fusioniert mit seinen eigenen Monstern und besiegt Sora und Aster. Jedoch übernehmen im letzten Moment Kite und Shay. Jetzt ist es an ihnen, Shay aufzuhalten …

Nachdem Sora und Aster Phoenix nichts gegen den wiedererweckten Zark ausrichten konnten, versuchen nun Kite und Shay gemeinsam ihr Glück. Doch auch sie besiegt Zark ohne Mühe. Gerade noch rechtzeitig treffen Gong und Jack Atlas ein, um nun ihrerseits gegen den anscheinend unbesiegbaren Zark anzutreten …

Nach der Niederlage von Shay und Kite springen nun Gong und Jack Atlas in die Bresche. Doch auch diese zwei besiegt Zark mühelos. Es bleiben Sylvio und der auf mysteriöse Weise aus seiner Karte ausgebrochene Crow übrig, um Zark endlich Einhalt zu gebieten. Und auch Leo Akaba scheint ins Geschehen eingreifen zu wollen …

Nachdem auch Gong und Jack von Zark besiegt wurden, übernehmen Sylvio und der mysteriöserweise aus seiner Karte befreite Crow den Kampf. Doch auch sie werden von Zark ebenso mühelos besiegt wie ihre Vorgänger. Leo Akaba und sein Sohn Declan übernehmen danach den Staffelstab, doch Leo gehen schnell die Lebenspunkte aus. Declan steht allein vor Zark, da hat sein kleiner Bruder Riley hat die Idee, Leos Tochter Ray zu Hilfe zu holen …

Declan ist der letzte Streiter, der Zark noch im Wege steht und er erringt tatsächlich ein paar Erfolge. Doch Zark holt zum vernichtenden Gegenschlag aus und Declan ist besiegt. Im letzten Moment mischt sich Riley in das Duell ein, der Zarks Schwester Ray in sich trägt und mit vereinten Kräften gelingt es den beiden, Zark zu besiegen. Übrig bleibt ein wieder befreiter Yuya, der jedoch noch gar nicht weiß, was eigentlich geschehen ist …

Die Welt ist gerettet und Yuya und seine Freunde sind wieder zurück zu Hause. Sie scheinen die zurückliegenden Ereignisse jedoch komplett vergessen zu haben und Declan sieht sich genötigt, durch eine Wiederauflage der Junior-Arc-Liga-Meisterschaft ihrem Gedächtnis auf die Sprünge zu helfen …

Das Duell in der Wiederauflage der Junior-Arc-Liga-Meisterschaft zwischen Sylvio, Gong, Moon Shadow und Yuya erfüllt seinen Zweck: Während Gong Sylvio und Moon Shadow besiegt, beginnt Yuya tatsächlich, sich an seine Vergangenheit zu erinnern. Doch der Schock, dass er selbst Zark war, trifft ihn hart …