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In Bregna regiert seit kurzem der Vorsitzende Trevor Goodchild und propagiert die totale Überwachung. Aeon Flux, Goodchilds Widersacherin, will herausfinden, was mit dem früheren Herrscher Clavius geschehen ist.

Trevor Goodchild hält zwei Wesen der Gattung Seriftran gefangen. Wer ein solches geflügeltes Wesen erblickt, verliebt sich unsterblich. Aeon Flux soll den weiblichen Seriftran entführen. Aber viele Interessenten tauchen im Kerker auf. Es gibt Tote.

Onan und Cybil versuchen, von Bregna nach Monica zu fliehen. Onan entkommt, Cybil aber wird angeschossen und von Trevor gefangengenommen. Aeon, die mit Onan ein Verhältnis hat, will Cybil helfen. Die brutale Grenzverteidigung wird Cybil dennoch zum Verhängnis.

Trevor Goodchild hat eine Möglichkeit zum Klonen von Menschen gefunden. Aeon lässt sich klonen. Trevor will die neue Aeon verführen, ist aber enttäuscht, weil sie sich sofort hingibt. Dann stellt sich die Frage: Welches ist die echte Aeon?

Trevor will den Demiurg, ein gottähnliches Wesen, für seine Zwecke nutzen. Aeon und die Monicaner wollen es mit einer Rakete ins All schießen. Der Start gelingt, aber im Körper des toten Kämpfers Nader erwacht der Demiurg wieder zu neuem Leben.

Trevor produziert mit den Nargile-Tierchen Glückspillen, die jede Erinnerung löschen. Muriel und Rordy wollen die Nargiles vernichten. Aeon tötet unabsichtlich Muriel und will Rordy helfen. Dabei findet sie heraus, dass Muriel Trevors Geliebte war.

Sowohl Aeon Flux als auch Trevor Goodchild suchen nach einem Labor. Dort wurde ein Virus erforscht, das Wahnsinn verursacht. Früher aber brachte es Glückseligkeit. Als Aeon sich infiziert, lassen sich Wahrheit und Fantasie nicht mehr voneinander trennen.

Trevor lässt sich einen perfekt ausbalancierten Lebensraum erschaffen. Die Bewohner sind allerdings darin gefangen. Aeon versucht, die Barriere um das Gefängnis-Paradies zu durchbrechen.

Trevor Goodchild will alle Menschen kontrollieren. Darum wird jedem ein mechanischer Wächter eingepflanzt. Aeon lässt sich aber nicht kontrollieren.

Trevor Goodchild hat eine Strahlenwaffe entwickelt. Sie soll die Schwachen töten und die Starken stärker machen. Doch er trifft damit einen fremden Planeten. Eine Überlebende dieses Planeten kommt zur Erde. Trevor verliebt sich in sie.