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Light Yagami (Masataka Kubota) ist ein normaler Student, der mit seinem Vater Soichiro (Yutaka Matsushige) und seiner kleinen Schwester Sayu (Reiko Fujiwara) zusammenlebt. Manchmal besucht er Konzerte von Misa Amane (Hinako Sano) und ihrer Idol-Gruppe Ichigo Berry, doch im Großen und Ganzen lebt er ein uninteressantes Leben zwischen Schulaktivitäten und seinem Teilzeitjob.

Ryuk warnt Light, dass er von einem FBI-Ermittler (SHOGEN) beschattet wird. Light fragt sich, wie viel L (Kento Yamazaki) bereits über Kiras wahre Identität weiß. Nervös beginnt er eine Reihe von Tests, um herauszufinden, wie genau das Death Note funktioniert, und um den FBI-Ermittler loszuwerden. Als Soichiro von L erfährt, dass sein Sohn als Hauptverdächtiger gilt, will er seinen Ohren nicht trauen.

Lights Versuch, den FBI-Ermittler Raye durch den Vorfall mit dem Busüberfall zu töten, ist gescheitert und nun sagt ihm L, dass er ihn verdächtigt, Kira zu sein. Light erkennt, dass all seine Pläne ihn nur verdächtiger gemacht haben und versucht, die Aufmerksamkeit von sich zu lenken. Zu allem Überfluss hat Ryuk erfahren, dass Lights Vater Kommissionsleiter des Falls Kira ist und sagt ihm, dass er den Verdacht nur von sich lenken kann, wenn der dessen Namen ins Death Note schreibt.

Nach einem heftigen Widerstreit kann L keinen Beweis finden, dass Light Kira ist. Deshalb beschließt er, diesen direkt herauszufordern. In der Zwischenzeit findet Misa (Hinako Sano) mit ihren Shinigami-Augen, die sie von Rem bekommen hat, heraus, dass Light Kira ist und tut etwas, mit dem niemand gerechnet hätte.

Als sie erfährt, dass ihr Retter Kira in Wirklichkeit Light ist, beginnt Misa eine waghalsige Aktion, um ihm ihre Liebe zu demonstrieren. Sie erzählt Light, dass sie sich "Shinigami-Augen" geben lassen hat, um Kira zu helfen, und dass sie ihm auf diese Weise helfen will, L zu töten.

Misa wird durch L in Gewahrsam genommen, der sie verdächtigt, die "zweite Kira" zu sein. Seine Befragung setzt ihr mehr und mehr zu, und irgendwann spricht sie nur noch zwei Worte: "Töte mich..."

Obwohl Soichiro (Yutaka Matsushige) sein Leben aufs Spiel setzt, ist L immer noch nicht ganz von Lights Unschuld überzeugt. Deshalb tritt Light selbst dem Ermittlungskomitee gegen Kira bei. Er erfährt von Mogi, dass Kira etwas mit einem Unternehmen namens Yotsuba Japan Group zu tun haben könnte, und schwört L, dass er alles in seiner Macht stehende tun wird, um Kira zu verhaften und seine Unschuld zu beweisen.

Higuchi Kyosuke (Shiji Kashiwabara) stirbt unmittelbar nach seiner Verhaftung als dritter Kira. Eine Regel, die in Higuchis schwarzen Death Note steht, lautet: "Trägt der Nutzer dieses Notizbuches innerhalb von 13 Tagen keine weiteren Namen ein, stirbt er", was L dazu zwingt, einzugestehen, dass Light unschuldig ist. Er bittet Light anschließend, an seiner Seite und als Freund weiter bei den Ermittlungen mitzuhelfen.

Light schafft es, Ls Name ins Death Note zu schreiben, doch L hat Gegenmaßnahmen getroffen, die ihn vom Sterben abhalten. Endlich gibt Light zu, Kira zu sein, und L ermutigt ihn, sich freiwillig zu stellen. Doch so einfach gibt Light nicht auf.

Um Sayu zu retten, bringen Soichiro und Light das Death Note an den Platz, den Himura genannt hat. Den Anweisungen Nears folgend, bereiten sich Mogi und die anderen Polizisten darauf vor, den Ort zu stürmen.

Soichiro ist dem Vorbild Ls gefolgt und riskiert nun sein Leben, um Kira aufzuhalten. Auch Light hat sich entschieden, alles zu tun, was notwendig ist, damit er seine Ideale einer Welt ohne Verbrechen umsetzen kann. Er mobilisiert die Polizei, um Mello aus dem Weg zu Räumen, doch dieser hat ebenfalls einen Plan.