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„Ich war im Magata-Forschungsinstitut.” Als Professor Sohei Saikawa von Moe Nishinosono, der Tochter seines früheren Mentors, erfährt, dass sie bei der genialen Programmiererin Shiki Magata war, kann er seine Überraschung nicht verbergen. Moe bemerkt dies und macht ihm einen Vorschlag.

Saikawa und Moe unternehmen einen Seminarausflug zur Insel Himaka, auf der sich das Magata-Forschungsinstitut befindet. Als sie das Institut besuchen, sagt ihnen der Stellvertretender Direktor Herr Yamane, dass er Shiki nicht kontaktieren könne. Aus Sorge um ihr Wohlergehen, öffnen sie daraufhin Shikis Bereich, der 15 Jahre nicht betreten werden durfte.

Alle Anwesenden sind sichtlich erschüttert, als sie die Leiche entdecken. Sie versuchen den Mord zwar aufzuklären, aber es handelt sich bei diesen Ort um einen hermetisch verschlossenen Raum, den keine Person unbeobachtet hätte betreten noch verlassen können. Währenddessen tritt der Institutsdirektor Seiji Shindo, Shikis Onkel, mit Shikis jüngerer Schwester Miki ein, und es kommt zu einen weiteren Zwischenfall.

Als ob ein Mord nicht genug wäre, wurde auch noch Shikis Onkel, Direktor Shindo, getötet. Im Institut herrscht Chaos. Um beide Fälle aufzuklären, begeben sich Saikawa und Moe in Shikis Bereich und beginnen mit ihren Untersuchungen. Dort entdecken sie einen ungewöhnlichen Lebensraum und den Roboter Michiru. Und sie finden eine mysteriöse Nachricht: „Alles wird zu F”.

Während der Untersuchung des Mordes an Direktor Shindo erfahren Saikawa und Moe Details darüber, dass Shiki multiple Persönlichkeiten besitzt und vor 15 Jahren ihre Eltern umbrachte. Beide versuchen fieberhaft, Shikis Gedanken nachzuvollziehen, um einen Anhaltspunkt für die Aufklärung der Mordfälle zu entdecken. Währenddessen wird Moe selbst mit ihrer Vergangenheit konfrontiert, dem tragischen Unfall ihrer Eltern.

Ohne die Fälle aufgeklärt zu haben, gehen Saikawa und Moe zurück zum Campingplatz, Weil die Morde ihnen keine Ruhe lassen, beschließen sie, zum Institut zurückzugehen, und die Rätsel endgültig zu lösen. Als sie erneut Shikis Zimmer untersuchen, stoßen sie auf einen sonderbaren Code.

Saikawa interviewt Shikis Schwester Miki, die von Shindo im Hubschrauber hergebracht worden war. Er erfährt etwas über Shikis Gedankenwelt, die seit ihrer Kindheit unverändert blieb. Moe hingegen lässt sich von Shimada aus dem Team ein „Virtual-Reality-Gerät” zeigen, dass Bilder im Gehirn erzeugt. Die Fragen einer mysteriösen Stimme konfrontieren sie mit traumatischen Erlebnissen ihrer Vergangenheit.

Durch die Erlebnisse im virtuellen Raum erinnert sich Moe daran, dass nach dem Tod ihrer Eltern Saikawa bei ihr war und sie ist ihm dafür sehr dankbar. Yamane und die anderen wollen einen Reset des Hauptsystems durchführen, da sich ein im System entdeckter Fehler anders nicht beseitigen lässt. Während im Institut der Strom unterbrochen wird, entdeckt Saikawa endlich einen Hinweis, um den Fall zu lösen.

Das Hauptsystem des Instituts wurde wieder hochgefahren und die Polizei trifft auf der Insel Himaka ein. Die Ermittlungen gehen aber immer noch schleppend voran. Während Saikawa Informationen analysiert, setzt Moe ihre Rechenkünste ein, wodurch sie die Wahrheit ein Stück näherkommen. Endlich gelingt es Saikawa, die Theorie des hermetisch verschlossenen Raumes zu kippen und die Konfrontation des Täters scheint unmittelbar bevorzustehen.

Die Lösung der Mordfälle: Es gab eine Person, die in den vollkommen verschlossenen Raum eindringen und daraus entkommen konnte. Saikawa und Moe treffen den Täter im virtuellen Raum. Während sie den Fall aufklären, erfahren sie, wie der Mensch Shiki Magata lebte.

Seit den Vorfällen im Magata-Forschungsinstitut ist schon etwas Zeit vergangen. Saikawa und die anderen sind zu ihren Alltag zurückgekehrt. Da taucht eine gewisse Person vor ihm auf, als er sich in der Bibliothek befindet. Saikawa fühlt sich danach benebelt, findet aber nach einen intensiven Gespräch mit Moe wieder zu seiner alten Form zurück.