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Zeitsprung: 9 Monate nachdem der Snowpiercer in einen Hinterhalt von Admiral Anton Milius (Clark Gregg) und dessen Truppen geraten ist,leben Andre Layton und seine Leute in der Kolonie Neues Eden. Doch der Frieden im eisfreien Paradies ist trügerisch.

Eine Rückblende deckt das Drama im Snowpiercer auf. Admiral Anton Milius und seine bewaffneten Spezialkräfte der so genannten Friedenstruppe IPF stürmen den Zug und zwingen Melanie Cavill zur Aufgabe.

Um seine entführte Tochter Liana zurück zu holen, plant Layton eine Rettungsmission mit Big Alice zu starten. Der Motor der Lok wird jedoch dringend in der Kolonie benötigt, da dieser die Energieversorgung der Menschen sichert.

Das Neue Eden wird von einem Schneesturm überrollt, was zu Problemen mit der Stromversorgung führt. Als Osweiller die Umgebung der Kolonie erkundet,macht er eine grausige Entdeckung. Er stößt auf eine abgetrennte Hand,die ein dunkles Geheimnis birgt.

Im Silo stellt sich heraus, wer wirklich hinter Lianas Entführung steckt: Es ist Mr. Wilford, der zuvor von Admiral Milius' Truppen von den Gleisen gerettet worden war. Später inszenieren Ruth, Ben und Bess Till einen Ausbruch.

Als Admiral Milius zu drastischen Mitteln greift, sind Layton und Mr. Wilford gezwungen eine Allianz zu bilden. Später offenbart Dr. Nima Rousseau prekäre Details über das Gemini-Projekt.

Nach seiner Flucht aus Ebene 3 befreit Layton Josie und Liana aus dem Kälteforschungslabor von Dr. Headwood. Melanie und Alex finden anhand von Klimadaten heraus, dass Gemini die Erdatmosphäre endgültig zerstören wird. Sollte der Stoff wie geplant zum Einsatz kommen, würde auf die Eiszeit die totale Auslöschung allen Lebens auf dem Planeten folgen! Später schaltet Mr. Wilford Admiral Milius aus. Aber als Layton ihn für seine Taten zur Rechenschaft ziehen will, wählt Wilford den Freitod. Dr. Nima Rousseau, der als Urheber von CW-7 entlarvt wird, schnappt sich den "Snowpiercer", um die Rakete zu zünden.

Javi hat die Explosion der Sprengfalle überlebt. Er bringt "Big Alice" mitsamt den Überlebenden aus dem "Snowpiercer" in die Kolonie. Derweil bereitet Dr. Nima Rousseau einen Angriff auf das "Neue Eden" vor. Für den Start des Gemini-Projekts benötigt der abtrünnige Wissenschaftler und Eiszeit-Verursacher nämlich beide Züge! Alex gerät zwischen die Fronten, wobei sie mit Waffengewalt gezwungen wird, das Gleis für "Big Alice" freizugeben. Layton, Josie und Liana werden unterdessen von Roche gerettet, der es im Chaos geschafft hat, den Soldaten von Admiral Milius zu entkommen.

Der Kampf um die Kolonie und um "Big Alice" geht in die finale Phase. Als Layton und seine Leute realisieren, dass die gegnerischen Soldaten keine Munition mehr haben, stürmen sie den Zug. Dr. Nima Rousseau versucht die Sprengsätze in den Bergen zu zünden. Damit würde das "Neue Eden" durch eine gewaltige Lawine zerstört werden. Aber die von Javi installierten Störsender machen dem abtrünnigen Wissenschaftler einen Strich durch die Rechnung. Außerdem enthüllt Melanie, dass Nima Alex' biologischer Vater ist. Der durchgeknallte Klimaforscher weigert sich jedoch, seine Fehler einzugestehen und will Gemini um jeden Preis starten.

Showdown am Horn von Afrika: Während sich Laytons Truppen weiter durch den "Snowpiercer" nach vorne kämpfen, zettelt Ruth eine Rebellion unter den verbliebenen Passagieren an. Später bekommt Josie die Gelegenheit, sich an Dr. Headwood zu rächen, doch sie zögert. Unterdessen leitet Dr. Nima Rousseau die Startsequenz der Rakete "Icebreaker" ein. Der fanatische Wissenschaftler ist fest entschlossen, Gemini in die Stratosphäre zu schießen - allen Risiken zum Trotz! Eine Sabotageaktion von Alex verhindert das Desaster in letzter Sekunde, sodass den Überlebenden die Chance auf eine Zukunft im "Neuen Eden" bleibt...