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Después de su separación emocional, se asigna al agente del FBI Will Chase para trabajar con el agente de la CIA Frankie Trowbridge.

El equipo es enviado a Praga para su primera misión oficial, donde Will tiene que seducir a la viuda de un famoso magnate de la navegación para obtener acceso a una lista de clientes criminales, pero Frankie duda de su capacidad para engañar a una mujer en duelo.

Will y Frankie continúan chocando, y sus crecientes dolores pueden poner en peligro la próxima misión del equipo en Roma, donde se los envía para prevenir un ataque terrorista.

Will y Frankie se dirigen a París, donde deben posar a regañadientes como una pareja casada para infiltrarse en una boda y capturar a un general rumano genocida.

Mientras investigaba los robos sospechosos en Londres, Will se enoja con un sexy espía británico, dejando a Frankie con algunos sentimientos inesperados que no sabe cómo procesar. Jai compite con Susan sobre quién es más inteligente. Standish se ocupa de un caso de estres post-traumático.

El equipo debe devolver a un bebé secuestrado a sus padres al mismo tiempo que elimina la red de tráfico de personas que llevó a su captura.

Will, Frankie y Susan se unen a la nueva novia de Will, la agente del MI6 Emma Davies, mientras se dirigen a España en una misión para recuperar un caso de plutonio de las manos equivocadas.

El equipo se dirige a Europa en busca de una misión para transportar a un prisionero peligroso para interrogarlo, quien, para su sorpresa, resulta ser el ex jefe corrupto de Will y el ex director del FBI Alex Ollerman. Mientras tanto, Jai ayuda a organizar un intercambio de regalos Secret Santa para una Spy Christmas fuera de temporada.

Frankie se ve obligada a demostrar su valía como líder cuando Will es capturado durante una misión para derribar una operación internacional de extracción de órganos en Ucrania. Will pasa su tiempo en cautiverio tratando de vincularse con Jai, quien no es receptivo. Standish busca la ayuda de Frankie para mejorar sus habilidades de combate.

Cuando un asesinato inesperado sorprende a todos, Will se dirige a un lugar oscuro mientras él y el resto del equipo tienen la tarea de cazar al culpable detrás de este inquietante ataque.

El equipo debe infiltrarse en una universidad para atrapar a un prodigio de la ingeniería del que sospechan que podría estar fabricando una súper arma.

Jai y Standish descubren que Susan ha estado escribiendo evaluaciones psicológicas sobre cada miembro del equipo.

Ollerman intenta forzar al equipo a cometer un ataque terrorista para The Trust usando la vida de Ray como palanca. Jai ayuda a Standish a lidiar con una revelación sobre su novia. Will y Frankie se dan cuenta de su relación.