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El destructor de las fuerzas de autodefensa japonesas Mirai zarpa como uno de los cuatro buques participantes en unos ejercicios conjuntos con la armada estadounidense. En las inmediaciones de la isla Midway encuentran una extraña anomalía meteorológica, perdiendo contacto con otros buques y topándose con un buque que tiene que ser el mítico Yamato, de la armada imperial japonesa.

La Mirai se encuentra en el medio de la formación japonesa de buques la víspera de la batalla de Midway. Parece que el buque ha retornado 60 años al pasado, a una batalla en ciernes de la segunda guerra mundial. El capitan decide que, ya que no pueden atracar en Pearl Harbor para aprovisionarse como planeaban originalmente, deberían volver en dirección a Yokosuka y tratar de encontrar la anomalía de vuelta a Japón.

Kadomatsu rescata un oficial de la marina japonesa de un hidroavión que se hunde. La tripulación se muestra preocupada de que ese hecho puede haber cambiado el curso de la historia. Más tarde, la Mirai es detectada por un submarino estadounidense.

El destructor Mirai esquiva por poco los torpedos lanzados desde el submarino americano. El capitan del buque baraja hundir el submarino, pero lo reconsidera en el último momento, y, en la Yamato, el almirante Yamamoto pide investigar el extraño suceso que han presenciado de camino a la batalla de Midway

Kusaka consigue acceder al archivo histórico del Mirai, conociendo así el devenir de la guerra y el futuro de Japón, por lo que decide unirse a la tripulación del destructor. El VTOL Umidori es enviado a una misión de reconocimiento en la base naval de Chichi-Jima, en el archipiélago de Ogasawara donde es abordado por dos hidroaviones japoneses...

El VTOL de reconocimiento daña los dos cazas japoneses, forzando su retirada. Kusaka propone a los mandos del destructor poner rumbo a Singapur, ocupada por los japoneses, a reaprovisionarse y planear futuros movimientos.

Kadomatsu y Kusaka viajan en tren a Singapur, mientras el Mirai se mantiene a la espera. Ya en la ciudad, Kusaka contacta con la marina para efectuar una "misión especial". Kusaka se encuentra allí con un compañero de la academia naval que, según los registros de la Mirai no debería estar ahí, por lo que avisa a Kadomatsu de que ese ya no es el futuro del que vino el destructor.

Finalmente, los dos tripulantes del Mirai consiguen un barco de reaprovisionamiento, pero Tsuda, el antiguo compañero de Kusaka se entera de la existencia del destructor tras ver que ciertas cosas no encajaban...

Tsuda revela que tiene un equipo listo para lidiar con el misterioso barco, pero Kusaka y Kadomatsu lo convencen de que no conseguirán nada por la fuerza y de que los ayude con el aprovisionamiento. Después, enseñan a Tsuda el destructor, y discuten el plan de acción para conseguir un mejor resultado para Japón en la guerra, que pasa por convencer a altos mandos de cambiar su estrategia.

El teniente coronel Oguri y el teniente Satake se reúnen con la tripulación del barco de avituallamiento, lo que supone una oportunidad de charlar con los militares que participaban en la guerra. Se trazan planes para la batalla de Guadalcanal, pero no todos están de acuerdo acerca de la estrategia a seguir.

Kusaka vuela a la isla de Truk para encontrarse con Yamamoto. Los miembros de la marina japonesa encuentran difícil de creer la historia del barco llegado del futuro, pero las avanzadas tecnologías con que está equipado el aparato en el que llegó Kusaka resultan suficientemente convincentes para ellos. Kusaka aconseja a Yamamoto que retirarse a Manchuria, sugiriéndole que tiene otros planes para cambiar el devenir de la guerra...

Un grupo de desembarco del Mirai en Guadalcanal tiene problemas tanto con los estadounidenses como con los japoneses de la isla. Mientras, el Mirai es testigo de la batalla de la isla de Sabo.

Kadomatsu y su grupo de desembarco usan la avanzada tecnología del Mirai para atacar un depósito de suministros estadounidense. Mientras tanto, una flota no recogida en los registros históricos capitaneada por el Yamato aparece para bombardear posiciones americanas. Kusaka cuenta su estrategia para cambiar la historia del Japón moderno, que no quiere que sea ni una potencia belicista ni el país que perdió la segunda guerra mundial, bautizando a este futuro ideal como Zipango.

El Yamato dispara toda su artillería contra las posiciones estadounidenses en Guadalcanal, pero el Mirai utiliza sus sistemas de contramedidas para interceptar la primera oleada de proyectiles. En este punto, a los tripulantes del Mirai les surge un debate interno, si dejar que el Yamato pulverice la isla o si deberían interponerse, de la única manera que les es posible: hundir el Yamato.

Siguiendo el consejo de Kusaka, Yamamoto ordena la retirada de Guadalcanal. Mas tarde, el Mirai se ve envuelto en una refriega con un patrullero estadounidense.

El grupo de desembarco del Mirai ayuda con la evacuación de ingenieros japoneses de Guadalcanal. Kadomatsu se adentra en la jungla en solitario en busca de rezagados, donde encuentra al oficial Okamura, que con gran valentía y dedicación se muestra determinado a quedarse atrás en busca de sus hombres que se quedaron dispersos por la jungla.

El Mirai ingresa a la base naval japonesa en la isla Truk bajo el amparo del almirante Yamamoto y la tripulación espera con ansias un permiso en tierra. El Ejército y la Marina no están de acuerdo sobre la operación para recuperar Guadalcanal y una delegación del Ejército insiste en que se reanude la batalla por Guadalcanal con un regimiento del ejército de élite al mando del coronel Kiyonao Ichiki, en ruta desde Guam, a la cabeza.

Kadomatsu se entera de que la operación de Guadalcanal se reanuda por decreto imperial, culpando a Kusaka de ello. Baja a tierra con Tsuda para poder hablar con Kusaka, cuando lo sorprende en dirección al aeródromo a donde va a encontrarse con el coronel Tsuji, tratando detenerlo. Mientras, en el Mirai se prepara para zarpar en dirección a Yokosuka.

Cuando algunos miembros de la flota combinada se resisten a escoltar al Mirai en su misión, Taki se ofrece a escoltarlos con el submarino I-21. Mientras, en Japón, Kusaka y el general Ishiwara desarrollan un plan para llevar a cabo su idea de Zipango, el Japón invicto en la segunda guerra mundial.

Kadomatsu va al I-21 a preguntar por un avión de reconocimiento que ha detectado el Mirai. Taki toma a Kadomatsu como prisionero y el I-21 se sumerge, dejando a la tripulación del Mirai confusa respecto a como actuar mientras se les agota el tiempo. En efecto, el avión de reconocimiento es estadounidense, pero el buque consigue interferir las comunicaciones de la aeronave para que esta no pueda avisar de la presencia de la flota japonesa.

A bordo del I-21, Kadomatsu trata de alertar al Mirai de un inminente ataque, pero Taki fuerza el conflicto al ordenar al submarino emerger. En este punto, al Mirai no le queda otra opción que descartar la posibilidad de huir del escenario y ayudar al submarino japonés contra la armada estadounidense.

El Mirai se prepara para un segundo ataque del USS Wasp después de que al interceptar las comunicaciones de la marina estadounidense se percataran de sus planes.

El misil Tomahawk da en el blanco, provocando el hundimiento del portaaviones americano. Aunque algunos altos mandos de la marina estadounidense consiguen escapar con vida, hay muchas bajas, mientras, Kikuchi se muestra atormentado por la decisión tomada.

Después de los eventos sucedidos en los últimos días, los soldados de ambos bandos están teniendo dificultades para asumir la situación en la que se encuentran. En Guadalcanal, donde el destacamento japonés acaba de ser aniquilado, Okamura atiende a un grupo de supervivientes japoneses harapientos.

Al regresar a Yokosuka, la tripulación del Mirai descubre que la marina ha concertado que la embarcación atraque lejos del puerto de la ciudad. Entonces, el Mirai contacta con la base para exigir explicaciones por el trato recibido, consiguiendo como respuesta la visita en el buque del almirante Yonai.

Después de que la Marina japonesa concede a la tripulación del Mirai permiso para bajar a tierra, Kadomatsu va a la ciudad natal de su padre en el distrito de Fukugawa de Tokio para encontrarlo y liberarse de los viejos fantasmas familiares. De vuelta al barco, al ver las diferencias entre este mundo y del que provienen, se dan cuenta de que esta es otra realidad diferente que no tiene nada que ver con la historia que conocen. Entonces, deciden que tienen que colaborar con el imperio japonés en su empresa, si quieren sobrevivir en esta situación en la que se han visto envueltos.