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Con Ogiue como nueva presidenta y como varios de los miembros originales ya se graduaron, cuatro nuevos miembros se unen al club: la extraña Susanna Hopkins, la ruidosa Rika Yoshitake, la malhumorada Mirei Yajima y la misteriosa Hato Kenjirou. Los nuevos miembros se unen al club atraídos por los dibujos yaoi de Ogiue. Ella da la bienvenida a los nuevos miembros, pero teme que el club convertirá en un club de "chicas podridas" (fujoshi) paraíso para los aficionados al yaoi y que es cada vez un poco demasiado lejos de su propósito original.

Hato tiene un tiempo difícil con la obsesión por su travestismo de Yajima y Yoshitake. Keiko Sasahara, la hermana kogal de Kanji, aparece en la habitación del club, mientras que Madarame Harunobu está ahí pensando en Saki Kasukabe. Ogiue recluta a los nuevos miembros de Genshiken como empleados para ayudarla en su trabajo de mangaka.

Después de que Madarame le presta a Hato su casa para cambiarse de ropa, ambos comienzan a ser buenos amigos. El grupo continúa su trabajo ayudando a Ogiue a terminar el doujinshi del club para la Comifest verano.

Angela Burton vuelve a Japón para visitar el Comifest de verano y hacer algo de cosplay con su amiga Ohno como lo hace cada año. Dos chicas del pasado de Ogiue hacen una inesperada visita a la cabina del club, muy a pesar de Susie.

En el último día del Comifest de verano el repentino interés de Angela en Madarame hace que el resto del Genshiken tengan un momento absolutamente vergonzoso. Sin embargo, la confesión oportuna de Hato al grupo puede ser aún más sorprendente que eso.

El grupo tiene que lidiar con las consecuencias de la confesión de Hato y sus efectos vergonzosos (pero divertidos) en Madarame, Kuchiki y el resto del Genshiken. Un pariente de Yoshitake visita la sala del club para saber más sobre la Universidad y la sociedad otaku.

Ogiue planea hacer un manga romántico de la revista del club que va a ser publicada en el Festival del Campus, por lo que le pide a los miembros del Genshiken que le cuenten sobre sus relaciones pasadas durante la preparatoria en busca de inspiración. Hato revela el alcance de sus habilidades artísticas y la condición extraña que las limita.

Hato Kenjirou habla con Madarame Harunobu en su apartamento para disculparse por sus acciones durante el último Comifest. Los miembros de la sociedad otaku luchan para completar sus historias de manga para la revista del club.

Los miembros del Genshiken participar con éxito en las actividades del Festival del Campus, pero varias personas diferentes de los días de preparatoria de Hato hacen una aparición inesperada en la universidad.

Hato se reconcilia con su pasado y finalmente revela las verdaderas razones de su travestismo. Saki Kasukabe llega al Festival del Campus, justo a tiempo para descubrir a Madarame Harunobu y Susanna Hopkins en una posición comprometedora.

En el epílogo de la revelación de Hato, otra situación se produce. Madarame y Saki son engañados para reunirse a solas en la habitación del club por Keiko Sasahara y un dudoso Hato.

Después de una larga y emocional lucha, Madarame finalmente ha confesado sus sentimientos a Saki (más o menos). Tanto los nuevos y antiguos miembros del Genshiken apoyan a su compañero amigo otaku de la única manera que saben. La angustia de Ohno sobre su futuro con Tanaka y la vida después de su graduación la hacen hacer cosplay al extremo.

Los miembros del club Genshiken viajan juntos a un balneario. Mediante el uso de sus propias experiencias personales como ejemplo, la presidenta Ogiue le da a un preocupado Hato algunas lecciones importantes sobre el amor, la amistad y el entendimiento mutuo.