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Los cuerpos de varios niños aparecen dispuestos dentro de estructuras de cristal, como si formaran parte de una inquietante colección. La conmoción se intensifica cuando Shiro Sakaki —un prestigioso profesor y principal autoridad japonesa en el estudio de las mariposas— se entrega voluntariamente a la policía. En Internet ha publicado un extenso informe donde detalla sus motivaciones y el meticuloso proceso que afirma haber seguido

Durante el interrogatorio, Shiro comienza a exponer su particular visión artística, dejando entrever la lógica interna que guía su obra. El campamento artístico se suspende cuando Rumi cae enferma, y Shiro decide subir a la montaña para llevar a los chicos de vuelta a casa. En un almacén oculto, seis vitrinas permanecen dispuestas como parte de una inquietante exhibición. Las emociones de Shiro se agitan, especialmente por las expectativas que deposita en Itaru. Mientras el detective profundiza en la investigación, surge un enigma mayor que altera por completo la lectura del caso, y el interrogatorio se aproxima al núcleo de su historia.

Tras haber creado ya cinco «especímenes», Shiro fija su último objetivo en su propio hijo, Itaru. A pesar de los recuerdos que comparten, Shiro solo es capaz de verlo como una mariposa más que debe capturar. Decidido a completar su obra final, se dispone a crear su sexto y último espécimen. El informe titulado «Muestra humana por Shiro Sakaki» parece llegar a su conclusión, pero las palabras comienzan a distorsionarse y el relato se desplaza hacia una nueva perspectiva que altera por completo el rumbo de la historia.

Con Shiro fuera en una expedición de mariposas, Itaru se queda en casa, fascinado por la colección de especímenes de su padre. Aprovecha para invitar a sus amigos y comienza a redactar su propio informe. A la vuelta, ambos comparten recuerdos, aunque Shiro percibe algo inquietante al revisar el ordenador de su hijo. Tres años después, recibe una carta de Anna.

Anna, insegura pese a su aparente orgullo, invita a los chicos a la casa de la montaña tras cancelarse el campamento artístico y asegura haber creado al «espécimen humano». Shiro comprende el deseo de Itaru de convertirse en el espécimen de su padre. La verdad sobre la muerte de Itaru y el sentido de la confesión de Anna terminarán revelándose.