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Jack regresa al mundo Ying para obtener el Chi de Raimundo, Kimiko, Clay y el Maestro Fung, sin impórtale que al sólo tener un Yo-Yo el vuelva a ser malvado. Los 3 aprendices retan a Chase Young por la libertad de Omi a un partido de Fútbol.

Los nuevos guerreros Wudai están experimentando sus nuevas habilidades. El Maestro Fung les ha encargado encontrar al Ave del Paraíso, pero Jack Spicer y Chace Young quieren hacerse con ella antes para obtener su poder. Los guerreros creen encontrar a un ave que podría ser la que buscan, lastimosamente una viejita necesita su ayuda y ellos pierden la majestuosa ave. ¿Será todo como a simple vista se ve?

Mientras los monjes se encuentran en un volcán buscando el Shen Gong Wu Móvil Morfológico, se encuentran con Wuya y Chase Young quienes se quieren apoderar del Wu (aunque Chase no muestra interés alguno). Kimiko se enfrenta a Wuya a un duelo Xiaolin apostando cada una los Yo-Yos Ying y Yang en un duelo de meteoritos. En el duelo hay mucha locura mientras Wuya y Kimiko se hacían buenas y luego malas, finalmente Kimiko ganó el duelo y ambas terminaron del mismo bando que tenían iniciado el duelo (Kimico buena y Wuya mala), sin darse cuenta llegó el ave de Jack `MINI JACK´ quien se robó los Wus que Kimico ganó en el duelo. Jack se adentra en el mundo Ying y libera a Hannibal Roy Bean, quien es un malvado Heylin que muchos años atrás volvió malo a Chase Young.

Omi se siente triste porque nunca recibe obsequios de su familia por ser huérfano. Al tener conocimiento de esto, Jack Spicer se aprovecha de la tristeza del joven monje para crearle una familia de robots parecidos a Omi haciéndolos pasar por su familia de verdad con el objetivo de separarlo del Templo Xiaolin. Al final Omi se dará cuenta que no importa que no tenga familia biológica, ya que nunca estará solo mientras tenga a su familia del templo.

El Maestro Fung les ha dicho a los guerreros Wudai que es el momento de adquirir sus propias armas Wudai. Por lo que los 4 jóvenes monjes y Dojo emprenderán este recorrido para ganarse sus nuevas y poderosas armas.

Jack Spicer utiliza el Rio Reverse para regresar cosas a su forma de origen, cuando descubre que el petróleo proviene de los nutrientes de los ya extintos dinosaurios, se propone hacer su propio ejército de estos antiguos reptiles. Dependerá de los guerreros Wudai detenerlos antes de que dominen al mundo.

El Maestro Fung les ha pedido a los guerreros que desalojen el templo Xiaolin para evitar que sean atacados por Hannibal Roy Bean. Al llegar a su nueva residencia, se dan cuenta de que es el templo del Maestro Guan, quien comenzará a tratarlos de forma muy ruda (sobre todo a Raimundo). Raimundo se unirá con Hannibal para vengarse de sus malos tratos.

Con la Sombra del miedo y el Dragón zafiro, Hannibal Bean entra en la mente de Raimundo para sacar sus peores miedos y usarlos en su contra. Mientras los guerreros Wudai pelean contra los miedos de Raimundo. Bean pone en marcha su plan para romper a Rai, pero luego se da cuenta de que las cosas podrían no terminar como él esperaba.

Aparece el viejo amigo de Dojo, Chucky Choo, quien no es bien recibido por el primero por haberle robado su Yo-Yo familiar. Dojo tendrá su primer Duelo Xiaolin contra Wuya para poder recuperar los Shen Gong Wus que ella está robando.

El Maestro Fung les da sus nuevos Shen Gong Wus elementales a los guerreros Wudai, dice que deberán entrenar mucho pues son difíciles de dominar. Omi, al ser tan fanfarrón, poco humilde, luego de dominar su arma se decide por querer dominar las de sus amigos por creerse superior a los ellos, esta idea fue metida en su cabeza inconscientemente por Hannibal Roy Bean con la finalidad de destruir a todos los guerreros.

Kimiko ha estado usando los Shen Gong Wus combinándolos con su agenda electrónica para así poder leer los pensamientos de los demás. Al abusar de ese poder, Hannibal Roy Bean la espía y averigua que Chase Young planea traicionar a Wuya, por lo que Bean le avisa a la bruja y así se enfrentarán todos los villanos. Los guerreros Wudai convencen a Jack que él también es un villano importante. Al fracasar en dicha pelea, Kimiko se hace pasar por Jack para tener el cañón.

Omi, preocupado por todas las cosas que están enfrentando, se congela para ir 80 años en el futuro y preguntarle cosas a su yo futuro. Luego de descongelarse, se encuentra en un futuro horrible donde Spicer es su emperador y el Templo Xiaolin no existe. Las versiones viejas de sus amigos le explican que al haber desaparecido, no habría un Omi del futuro con quien hablar, es entonces cuando el joven guerrero se da cuenta de su error y regresa al pasado para intentar corregir sus acciones. Es ahí donde ve a unos jóvenes Maestros Dashi, Guan y Chase Young, queriendo evitar el paso del lado oscuro de Young. ¿Tendrá represalias dicho acto?

Omi satisfactoriamente cambia la sopa del mal de Chase Young por sopa de guisantes, lo que lo detiene de unirse al lado Heylin. Sin embargo, el futuro cambió para peor. Hannibal Roy Bean volvió malo al Maestro monje Guan en vez de a Chase. El Maestro Fung está atrapado en el mundo Ying- Yang y Jack ahora es un joven de bien. Luego de adquirir la sopa que Omi escondió en el pasado, los guerreros Wudai son capturados por Hannibal y su pandilla. Young, sacrifica su yo bueno tomando la sopa para liberar a los guerreros Xiaolin. Luego de que nuestros héroes lleguen a la bóveda de la semilla (dónde el Omi del presente está congelado) Hannibal y su gente empiezan un Duelo Xiaolin ¿Podrán los jóvenes guerreros Wudai derrotar a Bean, Wuya, Chase Young y el Maestro monje Guan en un Duelo Xiaolin de 4? Y finalmente, ¿Quién será el nuevo líder?