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Por un accidente el Rey Julien es lanzado del zoológico después de rebotar en su cama de aire y aterriza en un autobús, después de bajar una mujer llamada Gladys quien piensa que es un gato, se lo lleva a su casa.Mientras Los Pingüinos y Mort y Maurice planean su rescate, Julien se encuentra con Zoe, un hurón que vive en la casa de Gladys para recibir comida gratis y no volver a las calles.Aunque no tiene interés en él, Julien intentara de ganarse su afecto.

Clemnson regresa de hoboken con pruebas de que julien no nació en madagascar por lo tanto no puede ser rey mort y maurice van con los pingüinos para explicar el asunto murice les dice que si julien gana una carrera de obstáculos voleria a ser rey. kowaslki sugiere cambiar cerebros con julien pero debido al nuevo telescopio de los pingüinos clemnson ve quien esta en el cuerpo de julien entonces cambia los eventos para el facaso de cabo, kowaslki y Skiper después en la coronación engañan a clemnson usando lo maquina cambia cerebros para cambiar los cuerpos de julien y clemnson después julien (en el cuperpo de clemnson) le da la corona falsa a clemnson (En el cuerpo de julien) después antes de cambiar cerebros julien les dice a los gorilas que aplasto sus banas al final los gorilas persiguen a clemnson

Cuando Marlene se mancha su pelaje después de un accidente con cloro, los pingüinos creen que Marlene es una rara especie en peligro de extinción cuyo nombre es Arlene y Skipper e Julien se pelean por ella.

Despues de derrotar a Hans en un laboratorio de armas a Skipper le cae un líquido que hace que su cuerpo se expanda como un globo cuando se altera mucho, entonces Skipper no podrá luchar más.

Cuando intentan conseguir alimento para los Camaleones, Los Pingüinos le piden prestado a Julien el pulgar de Maurice, el acepta pero cuando este pasa mucho tiempo con los Pingüinos se pone celoso.

Kowalski inventa el Pesca Churro : una máquina que combinan los pescados y los churros asta que descubren que los desechos terminan siendo burbujas azules que cambian el clima y podrían destruir el mundo, entonces estos tienen que dejar de utilizar la máquina y destruir la Gran Burbuja Azul Pero Skipper es adicto a los Pesca Churros.

Cuando el comisionado de Nueva York pierde su peluquín los pingüinos tratarán de devolvérselo antes de una reunión que él tiene con el alcalde.

Una avestruz llamada Shelly se enamora de Rico después de que la salvara pero cuando ella se entera de que ya tiene una chica (Señorita Perky) ella se quiere deshacer de ella.

Despues de uno de los ataques de hanz, los pingüinos salvan a una zarigueya que los empieza a mimar como sus hijos y a ablandarlos, además de que cada vez que tratan de desobedecerla o echarla agoniza, aunque solo finge.

Marlene quiere ir a ver a su guitarrista Español Favorito pero no puede ir ya que si sale del zoológico se hace salvaje pero Kowalski inventa una máquina que la divide en sus dos lados por lo que hace miedosa a Marlene.

Skipper decide premiar a Cabo por su valiente esfuerzo en las misiones y lo llevan a ver "Lunacornios sobre Hielo" junto con otros dos fans de los lunacornios, ¡Bing y Roy!

El Armadillo Kid regresa para pedir ayuda a los pingüinos porque un par de topos quieren robar su caparazón.

Un perro callejero llamado Elmer confunde a Mort con un juguete y se lo lleva. Skipper, Kowalski y Rico piden ayuda a Max para recuperar a Mort, mientras Cabo se queda con Maurice y Julien y se asegura de que ambos se lleven bien.

Después de ver una película de artes marciales con los pingüinos, Leonard empieza a caminar dormido actuando como samurai.

Skipper ofrece una recompensa a aquel de su equipo que pueda conseguirle un arenque ahumado de la pescadería, lugar donde resulta que el Oficial X tiene su nuevo empleo.

Los pingüinos necesitan la "adorabilidad" de Cabo para escapar de Alice e ir a ver a su estrella favorita en el cine, pero cuando Cabo empieza a cambiar plumaje sus poderes se invierten haciéndolo un horrible desastre.

Fred busca consejo financiero del Rey Julien cuando se tropieza con un árbol de roble cargado de bellotas, pero la Ardilla Roja tiene sus propios planes para el botín.

Cuando un cachorro de fosa es transferido al Zoológico de Central Park, el Rey Julien trata paranoicamente de demostrarle a los demás que el pequeño fosa es malvado, pero nadie lo cree.

Una gallina con habilidades psíquicas se muda al zoológico y Kowalski trata de probar que es un fraude.

Cabo se encarga de ser la niñera de Huevín y sus hermanos, mientras que el resto del equipo van a un rally de camiones monstruo, pero luego termina teniendo que proteger a los patitos de las fuerzas combinadas de los avispones y las ratas de alcantarilla.

Skipper debe demostrar que aún puede ser un líder cuando se da cuenta que su fuerza empieza a decaer, mientras Kowalski queda a cargo del equipo como el "Comandante Kowalski".

Cuando Cabo se entera de que el Winky de Mantequilla dejará de ser fabricado, organiza a una redada en la fábrica y Skipper está tan impresionado de su determinación que le permite comandar la misión.

Tras haberse comido las preciadas bananas africanas de Bada y Bing, Julien y Marlene huyen del zoológico.

Skipper decide ir al consulado danés para limpiar sus antecedentes criminales de una vez por todas.

Rico está emocionado por una nueva línea de accesorios para su muñeca Perky, pero tras provocar un desastre, debe llenar un frasco de canicas para tener permiso de conseguirlos.

Cuando Chuck Charles es reemplazado por un nuevo reportero, consigue un empleo en el zoológico y comienza a sospechar de los pingüinos, por lo que intentan hacer que recupere su viejo empleo.

Una falla en el detector de enemigos de Kowalski provoca que Skipper vea a sus compañeros como enemigos y a sus archienemigos como amigos.

Los pingüinos deciden salvar a los gemelos Vesubio de la venganza de los animales del zoológico.

Cabo accidentalmente libera al "Destructor de Mundos" de su prisión, un espíritu maligno que poseciona el juguete lunacornio de Cabo.

La NASA quiere enviar a uno de los simios, Mason o Phil, en una misión espacial a la luna. Cabo decide hacerse pasar por simio para ir a la luna, pero la misión resulta ser un viaje sólo de ida, por lo que los pingüinos intentan traerlo de vuelta.

Los pingüinos se preparan para comenzar sus actividades de otoño, cuando son azotados por una feroz tormenta de nieve. Skipper y Marlene quedan atrapados en la tienda con el Oficial X, mientras que Kowalski y Cabo se refugian en el arbol de Fred.

Rico conoce a cuatro castores que ayudan a los pingüinos con un túnel en peligro de colapsar, pero un romance con las tejones interfiere con el trabajo.

Un ornitorrinco llamado Parker, junto con Doris la delfín, aparecen para pedir a los pingüinos ayuda, aunque el sujeto al que deben ayudar resulta ser el Dr. Blowhole.