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Dos científicos mueren en una instalación de investigación química, solo para renacer como agentes Mysteron, cada uno con el poder de matar al mínimo contacto. No está claro quién es su objetivo ni dónde se esconden ambos, pero el Capitán Scarlet y el Capitán Blue deberán hallarlos antes de que lleven a cabo sus planes.

Capitán Blue investiga una serie de suicidios aleatorios, y sin darse cuenta carga un virus en las computadoras de la Base Aérea. Ahora, todo el personal de la base -excepto Scarlet y Destiny- están infectados por un virus mortal que hace que las personas acaben con sus propias vidas.

Los Mysterons envían una misteriosa nave espacial a la Tierra, y el coronel White debe lanzar a los Ángeles para interceptarla. Sin embargo, sus armas son inútiles contra ella y la nave aterriza en el Norte de Australia. Los capitanes Scarlet, Blue, Ocre y Gray son enviados allí para investigar, pero acaban siendo teletransportados a la nave Mysteron. Pronto, el grupo acaba siendo víctima de una serie de juegos mentales de los Mysteron, sin saber si lograran escapar o no.

En las heladas vastedades de Rusia, el Capitán Black roba un prototipo de mina orgánica del ejército ruso, y acaba siendo perseguido por el Capitán Scarlet en un vehículo Rhino de Espectro. Tras una pelea en la nieve, Scarlet y Black terminan atrapados en el vehículo de Espectro bajo el hielo congelado, sin forma aparente de escapar, ¿podrán Scarlet y Black trabajar juntos para liberarse?

El doctor Phil Bogart, diseñador de un arma de desplazamiento sónico, es asesinado y reconstruido por los Mysteron. Pero cuando el replicante Mysteron se roba el arma y se esconde, Espectro deber recurrir al criminal convicto Frank Bogart, un gemelo del doctor que permanece unido a su hermano por un vínculo telepático.

El capitán Scarlet, el coronel White y la teniente Green están a bordo de un nuevo barco furtivo de guerra, que se está probando en alta mar. Pero los Mysterons deciden usar la nave para sus propios planes, que son iniciar una guerra entre los Estados Unidos y China.

Al perderse todo contacto con unos ingenieros que trabajan en las minas de Marte, el coronel White envía al Capitán Scarlet junto con otros agentes a investigar el sector Syrtis Major.

Tras ser derribadas en una isla tropical desierta, los Angeles Destiny, Harmony y Melody se sienten como si estuvieran en el Paraíso… ¡hasta que los Mysterons les envían réplicas de piratas modernos para arrancarles la ubicación de una Cumbre Mundial secreta!

En la pequeña ciudad de Ragnarok, Alaska -a la cual los Mysterons han destruido y replicado- Scarlet y Blue son capturados y obligados a extraer un antiguo meteorito que contiene una espora letal, que es capaz de acabar con toda la vida en la Tierra.

El capitán Scarlet debe evitar que el Capitán Black se robe un vehículo Espectro de la Luna, con el que puede disparar a cualquier instalación. El primer objetivo de Black es Tranquility, un spa lunar donde Destiny y la teniente Green están de vacaciones.

El Capitán Scarlet protege un colisionador de partículas en la Fundación Laroux en Louisiana, pero uno de los tanques contenedores resulta golpeado y libera una sustancia gaseosa con propiedades especiales, que los Mysteron usan para crear una copia exacta del Capitán Scarlet. Tras deshacerse del verdadero Scarlet, el clon regresa a la Base Aérea, con la intención de matar al coronel White…

El Capitán Black afirma estar libre del control de los Mysterons, y sugiere que Scarlet regrese con él a Marte en un audaz plan para destruir el complejo alienígeno. ¿Realmente se puede confiar en Black, o Scarlet está siendo llevado hacia una mortífera trampa final?

Tras replicar a un policía de Phoenix llamado Rimmer, los Mysterons lo usan para robar un recipiente con letales esporas alienígenas, traídas por una sonda espacial desde Ganímedes. Scarlet y Blue reciben la orden de perseguirlo.