Todos los episodios

En Tokyo Jupiter, un chico de 17 años, llamado Ayato, lleva una vida normal hasta que Tokyo Jupiter es atacado. Cuando Ayato es salvada por Haruka, Ayato rompe un huevo que libera una estructura, conocida como RahXephon, para luchar contra Mu.

RahXephon es despertado por Mishima Reika, él ayuda luchando contra el D-1. Ayato se despertó en el hospital olvidando lo sucedido. Su madre finge no saber de qué hablaba. Cuando el D-1 se estaba recuperando en el laboratorio, Ayato conoció a Haruka para saber la verdad, Haruka quería volver al mundo real, pero Mishima convocó a RahXephon. RahXephon destruyó el D-1, descubre que su madre tiene sangre azul y se fue al mundo real pasando la barrera.

De repente, Ayato se sorprende al ver a su madre y dos de sus Dolems atacar. Ayato deja Tokio Júpiter y uno de los Dolems mata a la madre de Ayato, Mishima. Ayato, mata a los Dolems y deja Tokio Júpiter. Mientras tanto, Haruka se une a una organización llamada Terra.

Ayato y Haruka ahora llegan a la ciudad de Litya, junto con RahXephon, y ahora Ayato y RahXephon están siendo investigados, mientras que Ayato se encuentra con Quon. Mientras tanto, Haruko se enfrenta a Elvy, el único otro superviviente de la batalla de Júpiter en Tokio. Durante la prueba, se descubre que Ayato es un Murian y es encerrado por orden del Rey Kunugi. Y luego Litya es atacada por un Dolem. Y Ayato debe salvar a Terra del Dolem. Después de eliminar al Dolem, Ayato le entrega el Rahxephon a Terra donde puede ser atendido por el Dr. Itsuki.

Ayato se prueba y se descubre que es normal, menos el símbolo en su torso, Quon también tiene uno. Mientras Ayato conoce, Soyoko, una compañera de trabajo, y descubre que vivirá con Haruko y su hermana Megumi, y su tío Rikudo. Mientras tanto, Itsuki se entera de que Quon es su hermana. Cuando Ayato está desempacando, encuentra a Buchi, que Quon empaca para él. Y después de la cena, Rikudo le da a Ayato un plato con su nombre.

Hace 14 años apareció un Dolem. Ahora ha vuelto el mismo duelo y está matando gente en Australia. ¡Kim Hotal recibe un fragmento de sonido no autorizado debido al hecho de que los Dolems usan estos sonidos para sus patrones de ataque! Ahora, Terra debe esperar a que aparezca Dolem y Ayato debe estar listo para atacar. Y cuando lo haga, ¿podrá ganar Ayato? ¡Ayato sale ganador!

Watari y Kunugi regresan a Nirai Kanai, con un reportero de Comunicaciones de Yamato, Futagami. Al llegar a Terra está el Alpha Squad, que se une a Elvy para tomar el lugar de sus colegas muertos / heridos. Mientras tanto, Futagami va a la casa de Rikudo para buscar información sobre Ayato. Y cuando Alpha Squad y RahXephon atacan a un Dolem gigante, libera dolems más pequeños. Y Ayato debe derrotarlo y lo hace.

Itsuki encuentra una piedra, mientras examina el Dolem que fue derrotado en el episodio anterior. Itsuki toma esa piedra y se la da como regalo a Sayoko, para Navidad. Después, va a la playa e invita a Ayato, Megu, Haruka y los demás a una fiesta de Nochebuena. Y empieza a nevar. Mientras Megu y Kim están comprando, Megu habla de Haruka, mientras que Haruka le da guantes a Ayato. Y un Dolem parece congelar todo. Y RahXephon y Ayato deben derrotarlo, pero hay un problema, Sayoko es parte de él. Y depende de Ayato salvar la Navidad para Nirai Kanai. Cuando parece en duda, Ayato piensa en Haruka y los guantes que le dio, y salva el día. B-Storyline: Quon se queda en la cama debajo de su manta, porque odia la nieve.

Después de Celebrar el Año Nuevo, vuelve a la playa. Quon se aleja y Ayato la sigue. Llegan a unas ruinas ubicadas en el bosque. Al parecer, Quon y Ayato desaparecen y Haruka comienza una búsqueda para encontrarlos. Quon y Ayato están en alguna parte, y la búsqueda de Haruka se detuvo debido al hecho de que no estaban por ningún lado. Haruka termina de regreso en las ruinas, donde Quon y Ayato reaparecen frente a ella nuevamente. Línea de la historia B: Mientras Ayato y Quon están desaparecidos, Itsuki intenta pilotar el RahXephon, pero no lo hace.

Kunugi se toma el día libre. Quon lo visita y le pone música, pero está incompleta. Se vuelve un poco loca porque la canción no tiene fin. Mientras tanto, Kunugi va en un barco para una fecha de cumpleaños, hablando con su ex esposa. Ella dice que no pasó suficiente tiempo con su hija, usando el trabajo como excusa. Ella le da la última parte de la música. Su hija le escribió la música. Es su cumpleaños, pero está muerta. Visita su tumba. Quon termina la canción.

Un dolem está golpeando a RahXephon, y Ayato se retuerce en el piso de la cabina, y está en un estado de sueño donde Toyko es muy diferente, hay destellos de Murian, Mamoru, Hiroko, Haruka Mishima y su madre.

Un fotógrafo se dirige a un misterioso sitio arqueológico, pero la misma mujer que lo llevó allí lo mata a tiros. En Nirai Kanai, Sayoko y Mokoto se están juntando. Haruka se sorprende cuando pasa y lo ve irse. Helena, de la Fundación Barbem, envía médicos a investigar a Quon, que está profundamente dormido. Un nuevo Dolem ataca, y tanto RahXephon como el Escuadrón Alfa son enviados, pero Ayato se distrae cuando encuentra a Quon dentro de RahXephon con él ...

Haruka visita el Gran Salón Conmemorativo de la Guerra, donde una fuente no identificada informa que sus documentos que muestran que Quon estaba en Sendai probablemente son falsificaciones, y en la cena, tenemos pistas de que a Ayato le gusta Haruka. Aparece un Dolem, pero como está demasiado alto para atacar con eficacia y no ha realizado ningún movimiento ofensivo, TERRA lo deja estar. Sayoko pasa la mayor parte de este episodio escabulléndose, tratando de obtener información de la gente, con diferente éxito.

A pesar del informe de Itsuki que dice que Quon aún no se ha despertado, Helena tiene "información confiable que lo disputa", es decir, el disco que Sayoko le dio a Makoto. Itsuki está enojado con Sayoko por esta traición. Futagami revela un extraño secreto familiar.

Itsuki, Helena e Isshiki crecieron juntos como estudiantes de la Fundación Bohbem. Si bien muchos de los otros estudiantes exhibieron habilidades especiales, Isshiki mostró poco talento y se consideró normal. Cuando Isshiki encuentra una criatura parecida a una piedra, su deseo de protegerla despierta algo dentro de él que nunca se dio cuenta que tenía.

Megu está pasando por una prueba para convertirse en miembro de pleno derecho de TERRA. Ayato todavía está deprimido porque es un Mulian y todos se lo ocultan. Él anda mordiendo la cabeza a la gente, acusándolos de reírse de él a sus espaldas. Haruka está preocupada por contarle a Ayato algún secreto. Los dos hablan. Haruka dice que no importa que Ayato sea un Mulian, pero él no escucha. Sayoko rompe con Iishiki, diciendo que él la estaba usando, pero que ella también lo estaba usando a él. Ella le da un vestido como prenda, porque ya no tiene a nadie con quien ponérselo. Y Quon está a punto de mudarse a su nuevo hogar. Megu pasa su prueba y se va a encontrar con alguien para contarle lo que siente por él. Pero cuando va a encontrarse con él, descubre que Souichi ya tiene una relación con Kim. Ella está molesta al principio, pero Kim comienza a llorar, así que Megu la perdona. Quon le pide a Ayato que la lleve a Tokio y él acepta, volando en el RahXephon.

Ayato y Quon se dirigen de regreso a Tokio Júpiter. A Elvy se le ordena salir y traerlos de regreso, usando el Vermillion, a cualquier costo. Incluso si Ayato regresa pacíficamente, Iishiki planea acusarlo de traición. Haruka pide ir con Elvy en secreto y ella la deja. Ayato está casi en Tokio Júpiter cuando Elvy lo alcanza, y los dos están a punto de pelear cuando aparece un Dolem para ayudar a Ayato. Distrae a Elvy el tiempo suficiente para que pueda pasar, y luego pasa también. Elvy también entra tras ellos. Ayato se despierta en el hospital. Su mamá viene a buscarlo y Quon se queda allí. De camino a casa, Ayato ve a sus amigos y les habla. Asahina se asusta, dice que algo anda mal y que se olvida de las cosas. Mamoru le dice que está paranoica. Cuando Ayato llega a casa, revisa su sangre, que es roja. Su madre le muestra la suya, que es azul. Empieza a gritar y Quon se despierta.

Todo lo que Ayato ha sabido sobre su vida resulta ser una mentira: su madre no es quien él pensaba que era, sus viejos amigos son espías y Tokio Júpiter está infestado de Mu. La única persona en la que puede confiar es su antigua amiga de la escuela, Hiroko Asahina. Juntos deciden escapar de la ciudad por el mundo real.

Mientras huyen de las autoridades, Ayato y Asahina se acercan más a medida que comienzan una vida juntos y tratan de mezclarse con el resto de la sociedad. Sin embargo, libre de los efectos de Tokio Júpiter, Asahina pronto descubre algo sobre sí misma que la asusta. Temiendo que Ayato la deje si supiera su secreto, decide guardarse la noticia para sí misma.

Ayato regresa a TERRA en medio de muchos cambios: Isshiki está a cargo, la misteriosa Mishima ahora es parte de TERRA, y Mamoru ha llegado de Tokio Júpiter y está dispuesto a vivir en el mundo real.

Ishiki planea destruir la barrera alrededor de Tokio Júpiter. Souichi planea engañarlo de alguna manera. Ayato se entera de Itsuki que Haruka está enamorada de él, y se siente herida de que él ni siquiera lo supiera y la haya estado evitando. Mamoru ha estado revisando las cosas de Ayato y descubrió que está cerca de Megu al escuchar el mensaje de su teléfono celular. Pasa más tiempo con ella. También encuentra el diario de Hiroko, con la sangre azul y el mensaje de despedida. Más tarde, camina afuera con Megumi. Ayato los encuentra. Mamoru agarra a Megu por el cuello y dice que Ayato mató a Hiroko, a pesar de que sabía que ella lo amaba. Dice que Ayato pronto tendrá que tomar una decisión y que ya no será humano. Golpea a Megu en la cara.

Ansioso por probarse a sí mismo, Ishiki despide a Haruka por un asunto trivial y toma el control del ataque a Tokio Júpiter. Contra las órdenes, adelanta el ataque una hora. El ataque comienza con resultados desastrosos. Mientras tanto, Ayato está ocupado terminando su pintura cuando recibe una llamada de Kunugi para recoger al gato de Mamoru. Mientras está allí, se entera de cómo Haruka lo salvó de los campos de concentración. Al regresar a casa, termina su pintura. Está a punto de mostrarle a Haruka cuando aparece Mishima y le revela el verdadero propósito de su existencia y el destino de Ayato con el RahXephon.

Las ciudades aéreas continúan multiplicándose. Kunugi decide evacuar a todos de la isla y quedarse solo para intentar detener al D1 que se dirige hacia ellos. TERRA se va con todos los demás. El D1 es el Dolem de Kuki, el ex oficial superior de Kunugi que le dio la orden de matar a su propia hija. Llega a la isla de Narai Kanai y comienza a destruir ciudades. Kunugi envía algunos misiles y aviones de combate a control remoto, pero no sirven de nada. El D1 ataca el edificio en el que se encuentra mientras Kuki se burla de él. Kunugi está lesionado y Kuki dice que se acabó. Pero Kunugi le dice que el entretenimiento aún no ha comenzado y activa la creación de barreras. La barrera destruye todo a su paso, incluidas las ciudades, Kunugi, Kuki y la D1. Ayato toma la decisión de unirse a Ixtli para proteger a Haruka.

Comienza la lucha con los Dolems. Se pierden muchas vidas humanas, incluidos Cathy y John. Ayato se une a Ixtli y RahXephon se transforma.

La tensión aumenta mientras los supervivientes luchan por reconstruir sus vidas entre las ruinas de Japón. A medida que las discusiones se vuelven acaloradas, Haruka cuestiona su cordura mientras comienza a ver a Ayato en varios lugares. Mientras tanto, Quon se prepara para hacer su movimiento final.

El RahXephon se ha transformado en su estado final y la batalla entre los Xephon ha comenzado. El resultado no solo determinará el destino de Ayato y sus seres queridos, sino también del mundo.