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Shiki Tohno, un estudiante ordinario de secundaria comienza otro día de escuela. En la escuela se entera de un asesinato reciente con la víctima con lo que parece ser marcas de vampiro en su cuello. También tiene un extraño encuentro con una chica llamada Ciel, que parece ser su amigo, pero no tiene memoria de ella. En su camino a casa de la escuela tiene un extraño sueño de día de matar a una chica que ve. Luego se despierta en la mansión de su hermana, donde se estaba mudando a ese día. Se reúne con las dos criadas y le dicen que no puede salir más allá de las 7 pm. Aburrido, se escabulle para ir a buscar algunas revistas. En su camino de regreso encuentra a un hombre colapsado con marcas de dientes en su cuello, también ve a una chica con una espada que se parece a Ciel. Confundido, se desmaya. Se despierta a la mañana siguiente en su habitación de nuevo. Él va a leer el periódico, pero no encuentra nada sobre el incidente, lo que le lleva a creer que era un sueño. Su hermana también descubre cómo se escapó. En su camino a la escuela se encuentra con la misteriosa chica que tuvo el sueño de kil

La mujer se presenta como Arcueid, y le dice a Shiki que la mató. Confundido y asustado, se escapa. Cuando llega a la escuela se da cuenta de que finalmente la ha perdido. En el almuerzo le pregunta a Ciel si esa fue su última noche con la espada ... Ofendido, ella dice que no. Después de la escuela Shiki camina a casa con su amiga Satsuki, ella le recuerda cómo una vez le ayudó en la escuela media y que siempre estará allí para ella cuando ella lo necesita. Es su cumpleaños y ella se va a cenar en un hotel de lujo con sus padres. Shiki llega a la mansión y encuentra a Arcueid esperándolo en la puerta. Asustado de nuevo, se escapa. Ella lo pone en un callejón. Ella le revela que es una princesa vampira. Justo entonces son atacados por lobos negros. Ella los derrota y lo lleva de vuelta a su hotel. Ella le revela cómo volvió a la vida y se debilita ahora gracias a él. Justo entonces un hombre misterioso entra en el hotel y desata varios de los lobos negros. Arcueid y Shiki van a escapar pero...

Despues de haber huido y de Arcueid haberle pedido protección a Shiki, Shiki le dice e inciste en que él no sabe pelear y nunca ha matado a nadie pero poco tiempo después accede a ayudarla porque al parecer el vampiro que los persiguió en la noche mató gran parte de las personas del edificio, edificio en el que al parecer se encontraba Satsuki una compañera de él y la cual el prometó protegerla pero no pudo. Shiki planea ahora proteger a Arcueid y la ayuda a matar aquel vampiro que masesinó tanta gente y al pelear con el vampiro se quita los lentes y con un cuchillo que tuvo desde niño mató al apóstol muerto y se desmalla por el cansancio.

Shiki viene arrastrándose a casa después de su batalla con Nero. Cuando se despierta por la mañana, su hermana está muy enojada con él por haber desaparecido y no decirle que se iría. Pero debido a lo que hizo no puede revelar dónde estaba. Él va a la escuela y se enfrenta por Ciel y sus amigos. Les asegura que todo está bien, pero Ciel parece extrañamente preocupado por toda la historia. Esa noche, Akiha lanza una fiesta de "regreso a casa" para Shiki y comparten una cena especial. Más tarde las dos sirvientas, Kohaku e Hisui le dicen a Shiki cómo Akiha estaba muy preocupada por él y ella lo ama mucho. Sintiéndose mal, se acerca a hablar con ella. Toman un viaje por el carril de memoria cuando eran niños y cómo jugarían. Shiki recuerda a un niño jugando con ellos, pero Akiha no tiene ninguna recolección de ella. Esa noche, cuando Shiki se acuesta, tiene un sueño que Arcueid se arrastra por la ventana para morderse el cuello. A la mañana siguiente, cuando llega a la escuela, mira por la ventana y alguien a venido a buscar lo...

Shiki descubre que Arcueid ha venido a la escuela para visitar a Shiki mientras disfrutaba de las atenciones de sus compañeros de clase. Ciel está descontento con la presencia de Arcueid. Un malentendido ocurre entre Shiki y sus amigos. Shiki descubre de arcueid que el Nero era apenas un asesino ordinario. Así que planean ir a cazar esa noche. En la mansión, Shiki trata de escabullirse fuera de la casa. Hisui le dio a Shiki las llaves de la casa y la puerta para que le resultara más fácil llegar a casa. Arcueid le dice que el verdadero vampiro que buscaba se llamaba Roa. Luego, al caminar, encuentran a su primer clérigo.

Akiha reprende a Shiki en su propio pequeño camino cuando llega tarde al desayuno y rechaza la comida. Ella le dice que cuidar de sí mismo es más importante que sus estudios, y pueden contratar a un tutor si es necesario. Hisui confiesa que Akiha no sabe que sale de la casa todas las noches ...

Shiki y Akiha se despiden de sus camareras y salen a conocer a los amigos de Shiki. Akiha todavía está enojada porque lo pilló a escondidas a las 2AM la noche anterior. Se disculpa y le pide que no vuelva a hacerlo. Si sigue desobedeciendo, instalará una cámara de seguridad... Shiki y Akiha se unen a Inui, Ciel y Yumitsuka en la estación de tren a las 10AM. Akiha y Ciel toman un disgusto inmediato el uno al otro, y pronto, Shiki confronta Akiha sobre su comportamiento grosero a sus amigos. Luego vuelve a pensar en la noche anterior con Arc. Ella le había pedido una cita, pero él respondió que ya tenía planes...

Las noticias que la noche anterior, una chica llamada Andou Tomomi fue encontrado muerto. Ella había dejado a sus amigos alrededor de las 7 pm para montar la noria. Shiki está preocupado por Akiha, que ha estado actuando extraño desde anoche. Pregunta si es algo que Ciel dijo. Se levanta enojada pero luego desmaya. Shiki quiere llamar a un médico, pero las criadas le recuerdan que Akiha odia a los médicos y le aseguran que se recuperará con descanso. Shiki sigue preocupado. ¿Por qué enfermaría tan de repente? Kohaku explica que esto sucede a menudo cuando Akiha sufre angustia mental. Shiki se da cuenta de que él es la causa y decide quedarse con ella esta noche...

Shiki se recupera de su ataque bajo la atenta mirada de Akiha. Sueña con ser un niño pequeño que despierta para encontrarse a sí mismo. Oye una voz de mujer que llama su nombre desde más allá de los árboles. Lo sigue y encuentra una serie de cadáveres que se encuentran masacrados. Arriba, la mujer que lo llama se encuentra empalada en un árbol. Ella deja caer su cuchillo y lo recoge. Cuando ella muere, su sangre gotea en su cara. Horrorizado, el jovencito coge el cuchillo y comienza a cortar el árbol con frustración.

Shiki sigue siendo afectado por el recuerdo de la herida que recibió de su padre y es incapaz de siquiera enfrentarse a su hermana Akiha; Sin embargo, se sorprende cuando Arcueid llega inesperadamente y muy enojado. Shiki termina de salir en una cita con Arcueid para compensarla y ambos descubren cosas nuevas sobre el otro. Ambos terminan yendo a su escuela como Arcuied quiere saber más sobre su vida cotidiana, cuando de repente se molesta cuando menciona a Ciel. Shiki trata de averiguar qué está mal, pero están interrumpidos por una serie de eventos.

La visión de la herida de Shiki es tan abrumadora para Arcueid y justo cuando está a punto de chupar su sangre Ciel interrumpe. Arcueid se ha dado cuenta cuando estaba a punto de salir corriendo, dejando a Shiki totalmente desconcertado por lo que está pasando. Ciel explica todo a Shiki, sobre Arcueid y la Leyenda de la Princesa de la Luna Blanca. Después de aprender la verdad chocante Shiki va después de Arcueid, pero en su lugar encuentra a Roa y sorprendentemente Akiha. Después de la breve pero mortal confrontación con Roa, Akiha finalmente le dice a Shiki la verdad. De cómo Shiki se convirtió en una parte de la familia y cómo terminó en el hospital hace 8 años, que se encuentra en el diario de su padre.

Después de leer la nota de despedida que Arcueid dejó para él, Shiki se dirige inmediatamente a buscarla; Sin embargo Ciel intenta detenerlo. Sabiendo que absolutamente nada va a impedir que busque a Arcueid, Ciel decide ayudarlo a buscar a Arcueid que está luchando con Roa en la escuela.