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When Captain Marvel goes missing during a peace conference between the Kree and the Skrull, Ms. Marvel forces the Super Hero Squad to come together again to get to the bottom of this, unaware that Thanos is behind this. Meanwhile, Doctor Doom plans a prison break with Wrecker and Thunderball.

After the Super Hero Squad gets imprisoned by the Skrulls, Falcon's trump card, in the form of Scarlet Witch, is the only hope to stop the war between the Kree and the Skrull and to defeat Thanos and his Soul Gem.

Un percance entre la nueva Gema del Tiempo de Thanos y los poderes hexadecimales de la Bruja Escarlata la envía de regreso a la Segunda Guerra Mundial, donde debe ayudar al Capitán América y los Invasores a evitar que Red Skull lance un cohete que destruirá Europa.

Poco a poco volviéndose loco en prisión, el Doctor Doom lidera un plan de escape donde distrae al Escuadrón de Superhéroes usando un globo de Fin Fang Foom y debe guiar a sus antiguos aliados (y dos nuevos) para escapar de las garras del Capitán América y la Sra. Marvel.

Celoso de las acciones de Thor en la Tierra, dios griego Zeus retos Odin a una batalla entre el dios del Trueno y su hijo Hércules. Reptil se escabulle para ayudar a Thor. Mientras tanto, el alcalde de Super Hero City envía a Invisible Woman para transmitir en secreto el desafío para que lo vean todos los de Super Hero City.

Thanos recluta a Iron Man, Hulk y la Bruja Escarlata para un combate contra el Escuadrón Supremo de otra dimensión en una batalla de héroes por la Gema Mental del Gran Maestro.

After stealing the Space Gem from Thanos, Nebula seizes the teliporter of the Helicarrier to get away, but sucks herself, as well as H.E.R.B.I.E. and Wolverine, into the Negative Zone where Annihilus attacks them thinking they're after his Cosmic Control Rod.

With Galactus attempting to eat the Skrull Homeworld and the Silver Surfer nowhere to be found. The Super Hero Squad must hold off the devourer while finding their ally (who is slowly being corrupted by the Infinity Sword) who turns out to have delayed Ronan the Accuser from coming to the Skrull Homeworld's aid.

Thanos usa la Gema de la Mente para controlar a Hulk, que hace un alboroto de sonambulismo. El escuadrón de superhéroes debe ingresar al reino de los sueños para contraatacar, incluso si tienen que obtener ayuda de Pesadilla.

Enchantress coloca un hechizo de amor en Odin en un intento de convertirse en la reina de Asgard, pero una regla olvidada lo obliga a abandonar el trono y convierte a su hijo Thor en rey, algo que tanto ella como Loki tratan de aprovechar. Mientras tanto, Magneto y Quicksilver descubren que Wanda se une al Escuadrón de Superhéroes y hacen autostop para intentar recuperarla.

Thanos destruye Nova Corp y toma cautivo a Nova para poner sus manos en la Gema de Poder, lo que lleva a Iron Man a reclutar a Hércules y She-Hulk para rescatarlo. Mientras tanto, H.E.R.B.I.E. se enamora del droide mensajero de Nova llamado Holoball.

Un ejército de clones de Wolverine invade Super Hero City obligando al verdadero Wolverine y Reptil a llegar a la fuente con la ayuda de Firestar. Aparte de los otros miembros de Super Hero Squad que reúnen a los clones de Wolverine, Reptil no sabe que su socio de la feria de ciencias y Firestar son la misma persona. Pronto resulta que Egghead es responsable de los clones de Wolverine.

El Doctor Doom regresa a Latveria con la esperanza de reagruparse, pero descubre que su madre Cynthia "Coco" Von Doom está libre de cautiverio, le ha lavado el cerebro a su captor Chthon y ha convertido su castillo en una trampa de spa diurno que ha atrapado al Escuadrón de Superhéroes. !

Thanos completa su colección Infinity Stone y el Super Hero Squad se enfrenta a él en un enfrentamiento final por el destino del universo. Sin embargo, al solicitar una copia de seguridad de uno de los suyos, se encuentran con una traición que lo cambia todo.

After being thrown into a portal by Dark Surfer, Thor befriends a Korbonite janitor named Beta Ray Bill, and must give up Mjölnir in order to prove that he has excellent fighting skills.

Después de ser arrojados a un portal por Dark Surfer, Falcon y H.E.R.B.I.E. se encuentran en un Realidad Alterna donde Scarlet Witch es una emperatriz malvada que gobierna el mundo. Con la ayuda de un Magneto anciano y un reptil fuerte, Falcon y H.E.R.B.I.E. Intenta convencer a Scarlet Witch de que es buena y deja que el mundo esté en paz.

Después de ser arrojado a un portal por Dark Surfer, un Iron Man impotente se encuentra varado en un mundo de monstruos. Allí se encuentra Cosa de hombre y Hombre lobo de noche y batallas Drácula y una pandilla de momias liderada por N'Kantu, la momia viviente.

Después de ser arrojado a un portal por Dark Surfer, Wolverine termina en Dinosaur World (un mundo poblado principalmente por dinosaurios) y se encuentra con el Alto Evolutivo quien le pide que lo ayude con un dinosaurio en particular llamado Devil Dinosaur a cambio de ayudar a que Wolverine vuelva a la Tierra. Mientras tanto, el intento del alcalde de Super Hero City de negociar con Dark Surfer empeora las cosas para la Tierra en ausencia del SHS.

Después de ser arrojado a un portal por Dark Surfer, Hulk termina en Sakaar y es capturado por el Rey Rojo por temática de gladiador torneo juegos. Para liberarse de la crueldad del Rey Rojo, Hulk se une a otros dos gladiadores llamados Miek y Korg.

Después de ser arrojada a un portal por Dark Surfer, Scarlet Witch termina en el Marvel 1602 universo donde encuentra una ciudad atacada por pirata versiones de Doctor Doom, MODOK y Abomination. Desafortunadamente para Scarlet Witch, la gente del pueblo no aprecia a las brujas.

Mientras Mister Fantastic y Ms. Marvel hacen un intento desesperado por rescatar a los Squaddies de su exilio extradimensional, el Baron Strucker y sus soldados de HYDRA asedian su distante puesto de avanzada en la Antártida. Para comprar a Mister Fantastic y Ms. Marvel algo de tiempo, el Capitán América se une a Ka-Zar y Zabu para luchar contra las fuerzas de HYDRA.

Cuando la esposa del Hombre Imposible lo echa, el fanático incontenible termina chocando con el Escuadrón de Superhéroes. Pero para salvar su matrimonio, Impossible Man intenta hacer algo que nadie más ha podido hacer: derrotar al Dark Surfer.

¡El escuadrón de superhéroes sufre un percance temporal que transforma a varios de los escuadrones en niños pequeños! Depende de los héroes no afectados encontrar una manera de arreglar a los niños pequeños superhéroes antes de que se queden atrapados de esa manera para siempre.

La Sra. Marvel lidera a los Squaddies en una misión para rescatar a su homónima, la Capitana Marvel, de Dark Surfer. Pero cuando la pelea atrapa a los Squaddies en la Piedra del Alma, es el Capitán Marvel quien realiza el máximo sacrificio.

Mientras Dark Surfer se prepara para acabar con el universo, la Sra. Marvel revela un secreto que finalmente podría derribar el Infinity Gauntlet. Mientras tanto, el Doctor Doom prepara una medida final para intentar detener al Dark Surfer con su propio equipo de villanos.

Los Six Squaddies deben enfrentarse a Dark Surfer uno a uno, en una batalla final por el destino de la realidad que los lleva al borde del universo, ¡y una última batalla en el Infinity Pool cósmico que trae todo el círculo completo!