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Kaoru, Sanosuke y Yahiko se quedan en el dōjō reparando y limpiando; mientras que Kenshin, a petición de Kaoru, se dirige a pescar ya que no tienen nada que cenar. Él va al río con Ayame y Suzume y no está teniendo mucha suerte con la pesca, en eso ve a un pescador que parece muy experimentado. Unos rufianes atacan a una persona y el pescador la defiende, pero Kenshin nota una habilidad especial en él. Las niñas se acercan y así el pescador le cuenta a Kenshin su historia: Su nombre es Rinosuke y era un estudiante de kendo que aunque era el mejor, soñaba con darle más sentido al empleo de su técnica y le restaba importancia a quienes lo rodeaban, como la hermana de su amigo, la cual estaba enamorada de él y siempre le pedía a las luciérnagas de los deseos que conectaran sus corazones (algo que a Kenshin le recordó lo ocurrido con Kaoru antes de irse a Kioto).

Después de intervenir para detener lo que parece un robo, Kenshin y Kaoru conocen a un joven príncipe que se parece mucho a Yahiko.

Sanosuke adopta a un perro callejero, sin saber que tiene la clave para el complot de una banda criminal que busca chantajear a algunos funcionarios locales y ganar control político. Y cuando la banda finalmente lo encuentra, Kenshin y Yahiko se unen a Sanosuke para frustrar su plan.

Se acerca la tradicional noche de Tanabata. En plena tarde, Kaoru, Otae y Tsubame están de paseo hasta que hacen parada en una joyería donde observan con asombro un valioso anillo. Kaoru se ilusiona tanto con el deseo de que Kenshin sea quien le regale tan preciado detalle y le proponga matrimonio, que termina desmayándose de la impresión. Otae se preocupa por la felicidad de Kaoru y decide planear una estrategia para que esto ocurra. Al día siguiente, Otae le pide a Kenshin que vaya de pesca con el propósito de distraerlo, mientras que Kaoru termina enojándose con Yahiko, Sanosuke y Kenshin por lo obsesionada que está de no recibir ningún regalo en la noche de Tanabata.

Alertados por Misao, Kenshin y el resto de la Fuerza de Paz llegan para ayudar a Aoshi a encontrar a un misterioso asesino. La investigación de Kenshin descubre pruebas que vinculan el asesinato a un samurái cristiano y a una venganza que ha sido profetizada.

En un esfuerzo por evitar más asesinatos por venganza, Kenshin debe enfrentarse a Shogo Amakusa, el guerrero cristiano conocido como el Hijo de Dios.

Mientras Kenshin se prepara para cumplir su promesa de detener a Shogo Amakusa, él y Sanosuke descubren una iglesia secreta que fue construida cuando los adoradores cristianos fueron obligados a practicar en la clandestinidad.

Cuando ni Kaoru ni Kenshin logran persuadir a Shogo Amakusa de abandonar su plan de promover la causa cristiana mediante la violencia, el escenario para la batalla queda preparado.

Aunque quedó ciego tras su duelo con Shogo Amakusa, Kenshin busca otra batalla con la esperanza de que le devuelva la vista.

Junto con la historia del martirio de sus padres, Misao descubre la verdad detrás de los supuestos milagros que divinizaron a Shogo Amakusa.

Sir Kaioh revela su plan de usar a los leales seguidores de Shogo Amakusa para derrocar al gobierno y tomar el control de Japón él mismo.

Mientras Kenshin intenta detener la masacre de los cristianos que marchan hacia el martirio, Sanosuke no logra evitar la muerte de la hermana de Shogo, que está enferma terminal.

Mientras Misao y el cónsul holandés piden al ejército que retrase su ataque, el Kenshin ciego presiona a Shogo para que evite el martirio de sus seguidores.

Tras la rendición de Shogo, Kenshin le pide al gobierno que no lo ejecute. Como resultado, él y sus seguidores son enviados al exilio en Holanda.

Cuando la Fuerza de Paz se encuentra con un hombre que se hace pasar por Kenshin, todos los demás quieren desenmascarar al impostor. Pero Kenshin nota que ha estado utilizando sus ganancias para cuidar de un grupo de huérfanos.

Cuando Kenshin pierde accidentalmente todo su dinero, la Fuerza de Paz debe trabajar en una posada para poder pagar su cuenta.

Kaoru se ofrece a encargarse de un joven estudiante erudito que ha sido expulsado por su maestro hasta que aprenda a pelear.

Mientras Kaoru continúa su entrenamiento con Daigoro, Kenshin recibe la advertencia de mantenerse alejado del maestro del joven, Kaishu Katsu.

A pesar de la determinación de Kaishu de liberar a su hija por su cuenta, Kenshin se une a la Fuerza de Paz y a Daigoro para una misión de rescate.

Aunque Daigoro resulta herido en la batalla, Kenshin y su grupo logran liberar a Itsuko.

Con su brazo casi curado, Yutaro y su médico llegan de visita al dojo.

Cuando una carta del Dr. Hans revela la historia de la medicina milagrosa, Yutaro se une a la Fuerza de Paz en un esfuerzo por encontrarla.

Usando las pistas dejadas por el Dr. Hans, Kenshin y su grupo son guiados al santuario oculto que guarda la clave para la cura milagrosa.

Después de sobrevivir a una caída en un volcán, la Fuerza de Paz se encuentra con un Ninja Sanada herido que se ofrece a ayudar a luchar contra sus antiguos compañeros.

Después de que su búsqueda los lleva a la cura oculta, el líder de los Caballeros Negros deja en claro que no tiene intención de cumplir su promesa de ceder el control de Japón a los Ninjas Sanada.

Mientras se enfrenta al líder de los Caballeros Negros, Kenshin debe confiar en su ingenio y no en su espada para ganar la batalla.

Cuando Aoshi llega para llevarla a casa, Misao se une a Kaoru y a algunos amigos para una última jornada de compras. Sin embargo, los esfuerzos de Sanosuke y Yahiko por vigilar a las mujeres provocan que sean confundidos con un par de ladrones.

Tras una serie de accidentes en la ciudad, un maestro de feng shui culpa a un desequilibrio en el Ki, una fuerza que mantiene en equilibrio a todas las demás fuerzas de la naturaleza.

Mientras Kenshin se entera de una batalla entre las familias del Viento y el Agua por el control del Ki, los esfuerzos para construir un ferrocarril son revelados como un complot del clan del Agua para controlar Japón.

Los esfuerzos de la familia del Agua por ganar control del Ki han dejado a Kaoru gravemente herida.

Con la ayuda del líder de la familia del Viento, Kenshin salva la vida de Kaoru. Pero la búsqueda de la familia del Agua por redirigir el Ki y tomar el control de Japón avanza según lo planeado.

Con la ayuda de Kenshin, la familia del Viento frustra el plan de su rival de redirigir el flujo del Ki y pone fin a su esfuerzo por dominar Japón.

Son tiempos pacíficos y todos siguen adelante con su vida, Kaoru y Kenshin se van a visitar un cementerio, Yahiko está ayudando en el Akabeko y Sanosuke está ayudando a Megumi para que pueda hacer algo para que coma. Kenshin y Kaoru visitan el cementerio y hacen lo que tienen que hacer, de repente comenzó a llover, así que fueron a un hotel a pasar la noche. Mientras tanto, Sanosuke se dio un largo baño y Megumi lavó su ropa y se vio obligado a usar otra cosa, pronto todos se fueron a dormir.