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Nikita sigue fugada después de que la incriminaran por el asesinato del presidente de los Estados Unidos. Dale, un periodista del canal de noticias ENN, empieza a preguntarse qué ocurrió realmente aquella noche. Nikita ve esto como una oportunidad para limpiar su nombre, así que vuelve al país para hablar con Dale, pero cae directamente en una trampa tendida por Amanda. El equipo recibe el aviso y Michael se pone en marcha para encontrar a Nikita antes de que lo haga Amanda. Mientras Birkoff y Ryan ayudan a Michael desde su nueva oficina móvil, un avión de alta tecnología, Alex vigila una red de tráfico de personas y descubre que «The Shop» está implicada. Las cosas se tuercen y Alex se lleva una sorpresa cuando Owen/Sam aparece en la escena.

Nikita se reencuentra con Michael, Birkhoff y Ryan a bordo del centro de mando aéreo del equipo. Michael se niega a hablar de su relación, pero le dice a Nikita que debería quedarse con el grupo y dejar que la ayuden a limpiar su nombre. Ryan se da cuenta de que Amanda está creando dobles de personalidades importantes con la ayuda de «The Shop». Nikita descubre que uno de los dobles es el director del FBI, pero no sabe cómo matarlo sin delatarse. Mientras tanto, Alex apunta a Sam con una pistola y le exige que le devuelva lo que le robó, pero cuando una banda de matones los ataca, se ven obligados a colaborar para escapar.

Las tensiones siguen aumentando entre Estados Unidos y Pakistán después de que Amanda haya colocado pruebas que indican que Pakistán contrató a Nikita para asesinar al presidente. Ryan empieza a sospechar del comportamiento cada vez más extraño de Birkhoff y les dice a Nikita y a Michael que cree que Amanda podría haber secuestrado a Birkhoff y haber colocado a un doble en el avión. Mientras tanto, la CIA captura a Alex y la interroga sobre su relación con Nikita.

Jones deja a Amanda en el banquillo y vuelve a tomar las riendas de la operación. Llama a Nikita y les ofrece a ella y a todo el equipo total libertad a cambio de borrar sus identidades y simular sus muertes si abandonan la misión. El equipo aterriza en una pista de aterrizaje aislada de Pakistán, pero cuando el capo local de la droga y sus hombres irrumpen en el avión y exigen diez millones de dólares, Nikita llama a Alex para que le consiga el dinero. Después de que Alex saque unos diamantes de una caja de seguridad para pagar a los insurgentes, Sam ve la oportunidad de recuperar sus pérdidas y se plantea robar los diamantes. Mientras tanto, Michael se encuentra cara a cara con un viejo adversario, Ramón, quien le hace ver algunas verdades incómodas.

Justo cuando Nikita empieza por fin a vislumbrar el final de la larga guerra con «The Shop», Ryan le confiesa un secreto que podría echarlo todo por tierra. Mientras tanto, Michael intenta que Nikita acepte su nueva situación mientras reflexiona sobre lo que les depara el futuro a los dos. Al darse cuenta de que Sam planeaba robar sus diamantes, Alex le entrega una maleta con diamantes falsos para que se los entregue a su contacto en Francia. Alex se sorprende cuando él cumple su parte del trato y no se larga con las joyas. Sin embargo, las cosas se complican cuando Sam es atacado por el usurero al que le debe dinero, y Alex tiene que intervenir para salvarlo.

Frustrada porque MDK sigue en activo, Nikita decide acabar con ello a su manera. Dejando atrás a Michael y al equipo, Nikita se lleva a Alex de viaje para vengarse. Nikita y Alex capturan al Sr. Jones y le obligan a revelar los nombres del resto de miembros de MDK. Armada con esa información, Nikita se adentra en un camino oscuro que, en última instancia, podría costarle el alma. Michael la localiza y debe conseguir que se rinda antes de que los militares abran fuego y la maten. Sin embargo, Nikita no es de las que se rinden en una pelea, lo que la lleva a tomar una decisión impactante.