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Una chica soñando que cae del cielo, se encuentra dentro de un enorme capullo cuando al "nacer" de él, un grupo de chicas con alas y aureolas la reciben efusivamente. Sin memoria anterior, la chica es nombrada Rakka, quien tiene que aprender de ahora en adelante las costumbres del nuevo y misterioso lugar.

Las habitantes del "viejo hogar" reciben y presentan a Rakka al resto, de moradores del lugar, también con alas y aureola. Rakka debe aprender las reglas del lugar además de algunas restricciones para las de su estirpe. Sus compañeras se hacen llamar haibane.

En una visita a Reki, la joven haibane Rakka descubre el gusto artístico y más detalles de la vida de su compañera. En su primer recado, Rakka debe avisar al "comunicador" del pueblo su nacimiento, con el propósito de asignarle un trabajo.

Rakka y Kana pasan el día juntas buscando trabajo, inician tirando la basura y se dirigen entonces al centro de la ciudad donde Kana enseña a Rakka su trabajo en una torre con un reloj enorme, donde además aprende sobre los intereses de su amiga.

Rakka ahora se dirige a la biblioteca a ver el trabajo de Nemu, donde se enfrasca en viejos libros intentando encontrar información sobre la misteriosa ciudad y su pasado. Más tarde, Rakka descubre un lugar llamado "la vieja fabrica", donde otros haibane habitan y tienen una rivalidad con las del "viejo hogar".

Explorando el "viejo hogar", Rakka busca una habitación para ella sola, la cual limpia y repara para estar más cómoda. Una de las chicas, Kuu le ayuda y le muestra la habitación donde nació. Más tarde, Kuu desaparece y Rakka se entera del destino que aguarda a las haibane.

Aún en shock por la repentina partida de Kuu, la joven haibane se dedica a labores domésticas y se deprime. Tras la decaída de Rakka, la joven empieza a mostrar malestar en sus alas, y Reki la ayuda con algunas medicinas, mientras le explica como las haibane llegan, viven y parten de este misterioso mundo.

Hikaru le regala a Rakka un par de protectores para sus alas, con la llegada del frío, mientras la joven haibane comienza a tener dudas de su propia existencia. En una visita al centro del pueblo, Rakka se siente avergonzada de la enfermedad de sus alas y huye hacia el bosque.

El "viejo hogar" sale en busca de Rakka al bosque, donde esta se encuentra atrapada dentro de un pozo. La joven es rescatada por un miembro de los Toga, quien ofrece a Rakka ayuda para regresar a su hogar.

En un flashback aparece Reki, en su niñez sufriendo también la enfermedad de las alas manchadas. En el presente, Rakka consigue un trabajo recolectando el ingrediente para elaborar halos luminosos.

Rakka se reúne con Hyoko y Midori en la fábrica abandonada. En el trabajo en las cuevas, Rakka, temerosa oye alucinaciones. En la biblioteca, Rakka sustituye a Nemu, que ha enfermado, y la joven haibane repasa viejos libros nuevamente.

Las haibane asisten a un festival en el pueblo, donde reparten nueces a los habitantes como agradecimiento. Un comunicador cuenta a Rakka como funciona la partida de las haibane.

Rakka entra a la habitación de Reki, pintada totalmente, mientras Reki empieza a entender su camino hacia la salvación y en su habitación empieza a experimentar una serie de revelaciones, antes de emprender su partida.