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Manji visita a un sacerdote para confesar sus pecados, es decir, matar a su señor y 100 de sus criados, un acto que le valió el apodo de "Asesino de 100". El sacerdote, que en realidad es un estafador, intenta matar a Manji disparándole en la frente, pero Manji lo mata y regenera la herida. Manji regresa a su casa para encontrar a Yaobikuni, una monja que colocó "gusanos de sangre sagrados" en Manji que lo hacen inmortal, y su hermana Machi. Esa noche, Machi sueña con el momento en que Manji se vio obligada a matar a su esposo, un oficial de policía que se burla de Manji, lo que le hace perder la razón. Después del sueño, ella se adentra en la noche y es capturada por un grupo de ronin liderado por el hermano del sacerdote que Manji había matado. Manji persigue a Machi, pero no puede evitar que la maten. En respuesta, mata a todos los miembros del grupo ronin, y al regresar a Yaobikuni, declara que buscará la redención de los 100 hombres que mató matando a 1000 hombres malvados.

Más detalles sobre la trágica desaparición de la familia de Rin y su dojo se muestran durante su encuentro con Manji. Los miembros de Ittō-ryū y Mugai-ryū también son presentados.

El fatídico encuentro de Manji y Rin con Sabato Kuroi. Su relación con Anotsu se explora más a fondo, así como el papel de los miembros del Mugai-ryū.

Rin intenta en vano contratar a Sori, una artista. Su casa es atacada por los minions del Ittō-ryū, lo que le hace revelar sus verdaderos colores.

Se revela el trágico pasado de Taito Magatsu, otro miembro del Ittō-ryū, que es un objetivo de la venganza de Rin. Intenta llevar una vida normal dejando el Ittō-ryū, pero se encuentra con Rin y Manji.

Los miembros de Mugai-ryū son asesinados por miembros de Ittō-ryū. Manji y Rin se encuentran con Eiku Shizuma, quien revela la debilidad de Manji.

Manji establece el puntaje con Shizuma y recibe información sobre el paradero de Anotsu.

Rin y Manji se encuentran con Makie Otono-Tachibana, cuya vida perdona Manji, ya que parece ser demasiado débil para representar una amenaza. Además se explora su relación con Anotsu.

Más detalles del pasado de Anotsu y Makie son revelados. Se desarrolla una feroz batalla entre Manji y Makie. Luego este último abandona a Anotsu y al Ittō-ryū.

Rin y Manji se encuentran con Araya Kawakami, uno de los hombres que violaron a la madre de Rin. Su pasado se revela y después de que Rin valientemente salva a su hijo, ella va desarmada a su casa.

Rin enfrenta a Kawakami emocionalmente, pero es asaltado por él. Manji viene a rescatarla y ejerce su venganza. Rin logra frustrar el plan de su hijo para continuar viviendo solo por venganza.

Manji y Rin viajan a la casa donde vivía con su hermana y él continúa entrenando a Rin. Durante un descanso se encuentra con Anotsu en un bosque cercano. Después de su inútil intento de asesinato, le revela a Rin los motivos de la animosidad entre su padre y él.

Se muestran los caminos tomados por todos los personajes supervivientes. Rin suprime sus vacilaciones y entrena con total devoción. Mientras tanto, las tácticas de los Mugai-ryū parecen haber sellado el destino de Anotsu.