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Mientras se ve obligado a limpiar la piscina de la escuela, Tomo y el resto del Club de Ciencias se topan con una caverna subterránea que los lleva a las Ruinas de Rakuroa. Aquí Tomo ve una extraña visión de un mundo alternativo. Sin embargo, antes de que pueda aprender más, el grupo es atacado por Castas Machina que protege las ruinas y Touru tiene que aparecer para salvarlos.

Tomo está cada vez más preocupado por Misao y les pide a Shuri y Touru que localicen a su hermano, Naotaka. A cambio, Tomo debe persuadir al solitario presidente del Club de Ciencias Tokiya Kagayaki para que regrese a la escuela. Sin embargo, esto no es tan fácil como parece, por lo que Tomo lleva a Misao y Takatsuki para ayudar. Tomo también se entera de que Touru y Tokiya tienen una conexión muy trágica con Kurogane.

Tomo, Takatsuki, Misao, An e Higuchi están disfrutando de unas vacaciones de trabajo en la playa, pero no pasa mucho tiempo antes de que Tomo se las arregle para molestar a Misao. Mientras tanto, Shuri y Ania están investigando las ruinas en una isla cercana. Sin embargo, parece que Kagakagari y Kristina también están interesados ​​en ellos, al igual que Kyomu Satomi y el Primer Consejo de Estudiantes.

Tomo y los demás aparentemente son salvados por el hermano de Tomo, Naotaka y luego acogidos por Kagakagari y Kristina. Kagakagari revela que las ruinas son los restos de un campo de pruebas de Asura Machina y que pueden contener una forma de liberar Burial Dolls como Kotori y Misao. Sin embargo, antes de que puedan recuperar el dispositivo, Kyomu llega e intenta usar a Ania como rehén.

Después de un percance con un poco de pegamento industrial mientras practicaban para la carrera de tres piernas, Tomo y Takatsuki terminan pegados por el resto del día. Como si proteger la modestia del otro y organizar los arreglos para dormir no fuera suficiente problema, la familia de Takatsuki se encuentra actualmente bajo la amenaza de un grupo rival de demonios que buscan asesinarlos.

Después de recibir una advertencia críptica de su hermano, Tomo y los demás son atacados por una mujer misteriosa y se ven obligados a caer en una trampa tendida por Hiwako Torishima. Luego, el grupo es salvado por una poderosa Asura Machina y Tomo hace una serie de descubrimientos impactantes sobre su hermano, Misao y los mismos Asura Machina.

A pesar de haber sido arrestada por Haruna, junto con Tomo y los demás, Ania es secuestrada por la secuaz enmascarada de Hiwako. Hiwako luego ofrece cambiar a Ania por Tomo y el grupo decide que es la oportunidad perfecta para tenderle una emboscada, con la ayuda de Susugihara. Sin embargo, las cosas salen muy mal cuando se revela que Hiwako, Touru y Tokiya han estado trabajando juntos detrás de escena e incluso la aparición de Naotaka no es suficiente para detener sus planes.

Después del ataque de Hagane, Tomo se despierta y se encuentra solo en el Primer Mundo sin idea de cómo regresar. Pronto se encuentra con la 'Bruja de la escuela secundaria Rakurowa', una hija extraña y versiones muy extrañas de las personas que conoce. Sin embargo, después de un encuentro casual con la hermana de Tokiya, Aki, se reencuentra con Takatsuki. También aprende más sobre el accidente del reactor de gravedad Superstring que comenzó todo.

Habiéndose reunido con Ania, Tomo aprende más sobre los efectos que el accidente del Reactor de gravedad Superstring está teniendo en el Primer Mundo y la participación de Ania en él. Más tarde, cuando un gran grupo de Hijas ataca la escuela, Aki y Ania se ven obligadas a usar sus poderes demoníacos para proteger a sus seres queridos y Tomo descubre que en este mundo él tiene sus propios poderes.

Tomo finalmente se encuentra con el verdadero Naotaka y descubre que hay una manera de salvar el Primer Mundo incluso sin Hagane. Sin embargo, el plan es extremadamente peligroso y no hay garantía de que tanto Tomo como Misao no sean asesinados en el proceso. Al final, el plan es un éxito, pero desafortunadamente Takatsuki termina lastimado y no hay nada que Tomo pueda hacer.

Ahora, de vuelta en el Segundo Mundo, Tomo y los demás descubren que tienen 10 días hasta que Tokiya pueda poner en marcha su plan. Tomo también descubre que inadvertidamente firmó un contrato con Takatsuki y que ahora tienen una hija, Perséfone. Como si eso no fuera suficiente, Tomo es designado como el nuevo presidente del Tercer Consejo de Estudiantes. Desafortunadamente, no hay tiempo para lidiar con todos estos nuevos eventos, ya que Tokiya ha encontrado la manera de acelerar su plan y Tomo debe intentar una vez más salvar el mundo.

Tokiya ha logrado abrir la puerta al Tercer Mundo y el Segundo Mundo ha comenzado a desvanecerse a un ritmo alarmante. Como tal, Tomo y los demás deben obtener acceso al Vórtice Central para enfrentar a Tokiya y salvar el mundo. Sin embargo, con Tokiya en control no solo de Hagane sino también de Hisui, Bismuth y Rhodonite, puede que no sea tan fácil como parece.

Natsume Tomoharu y sus amigos van a salvar el mundo. Tokiya Kagayaki quiere quedarse con el Igniter para poder tener un tercer mundo que tenga a Aki, su amante. Después de que Tomoharu derrotó a Tokiya, el Igniter parece responder al deseo de Tomoharu y cerró la puerta al tercer mundo. Después de eso, Ania Fortuna le dijo a Tomoharu que completó el Splitter. Entonces preguntó si Himazasa y Misao Minakami querían volver a ser humanos y lo hicieron. Después de eso, todo se volvió normal y todos los demonios se convirtieron en humanos. Todo lo del Primer Mundo desapareció, incluidas las Asura Machinas. Ania y Vivian volvieron a sus tamaños normales.