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Un joven despierta una noche en una escuela sufriendo amnesia. Allí se encuentra a una chica armada que dice pertenecer a un extraño frente y quiere que se les una.

Otonashi todavía no puede dar crédito a lo que está sucediendo a su alrededor, pero decide unirse a Yuri y los demás por ahora, así que participará en su primera operación.

Los muchachos del Frente necesitan infiltrase en el territorio de Ángel, así que no dudarán en recurrir a la ayuda de Girls Dead Monster, el grupo de música de la escuela.

En esta nueva operación ideada por Yuri, los miembros del Frente deberán formar diferentes equipos, participar en un torneo de béisbol y alzarse con la victoria.

A Yuri se le ocurre una operación para aprovechar los exámenes y hacer que la credibilidad de Ángel caiga en picado.

Todos creían que con la caída de Ángel todo sería maravilloso y vivirían felices, pero no contaban con la existencia de Ayato, el presidente interino.

Otonashi consigue frenar a Ayato, por lo que ya no quedan más enemigos que les hagan frente. Aprovechando que puede hipnotizar, le piden a Ayato que ayude a Otonashi a recuperar la memoria.

Todo parecía que iba a volver a la tranquilidad sin la amenaza de Ayato y Ángel, pero de repente aparece Yuri lastimada y parece ser que la agresora fue Ángel.

La preocupación crece en torno a la figura de Kanade, ya que los muchachos desconocen si despertará siquiera, y si lo hiciera, cuál de las Ángel sería.

Otonashi decide empezar su nuevo plan para hacer que todos encuentren la paz con Yui, la chica hiperactiva que canta en la banda de música.

Todo parecía ir bastante bien, pero unas misteriosas sombras están apareciendo en la escuela y están atacando a los miembros del Frente.

Yuri y los demás miembros del Frente deciden lanzar un ataque masivo contra las sombras que están convirtiendo a todos en NPC.

Ahora que ha terminado todo, es hora de que los miembros restantes del Frente pongan en orden sus vidas y se vayan de una vez por todas.