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Aika, ahora de 19 años, se reúne con Eri y Karen para investigar las desapariciones de varias chicas en St. Aero academy. Infiltrándose como estudiantes, descubren que el consejo estudiantil conocido como los caballeros blancos son los responsables del secuestro de las jóvenes.

Se expone el pasado de Miyu, como encontró a los aliens y como influencio a sus compañeras para formar el consejo estudiantil. El ejercito toma responsabilidad de la investigación. Mientras tanto, los Hagens observan de cerca la situación.

E.T.A.I. mantiene a Aika cautiva e intenta sondearla, pero los filamentos se rompen por el poder inherente de Aika. Después de derrotar a Miyu y E.T.A.I. Aika va tras la nave espacial y con ayuda del ejército, consigue derribarla. Durante los créditos se revela que Miyu y E.T.A.I. son acogidas por los Hagens.