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Haruhi Kamisaka es una de las magas en formación en la Academia Mizuhosaka que, el día de San Valentín, se encuentra con Yūma Kohinata, a quien cree que puede ser un chico al que ha estado tratando de encontrar durante años. Después de que la sección de magia de la academia sufre una explosión de gas, Haruhi y sus amigos se transfieren a la sección normal y Haruhi termina en la clase de Yūma.

Ha comenzado un nuevo año escolar y los estudiantes de último año se preparan para la ceremonia de ingreso. De los nuevos estudiantes, Sumomo, la hermana de Yūma, ingresa como estudiante de primer año. Más tarde, Haruhi y Anri son invitados por Yūma y sus amigos a participar con ellos en la contemplación de los cerezos en flor que tendrá lugar el domingo siguiente.

Los estudiantes ya no van a la cafetería de la escuela con tanta frecuencia como antes y Anri comienza a trabajar como camarera para atraer clientes. Sin embargo, surgen complicaciones.

Tama-chan, la varita mágica de Koyuki, comienza a sentir que no es muy importante en comparación con las otras miles de Tama-chan similares que Koyuki ha creado. Tama-chan deja a Koyuki por un tiempo porque duda de sus sentimientos hacia las Tama-chan que ha creado.

Hachisuke cree haber encontrado un hermoso fantasma femenino en la escuela y promete "enviarla al cielo". Al revelar este conocimiento a sus amigos, todos lo acompañan a la escuela por la noche para averiguar si lo que vio realmente era un fantasma y si hay algo que puedan hacer al respecto.

Una nueva estudiante llamada Ibuki Shikimori se transfiere a la clase de Sumomo, aunque es fría con todos y por eso no tiene amigos. Sumomo, sintiéndose mal por ella, intenta con todas sus fuerzas hacerse amiga de ella.

En un intento de hacer que Ibuki sea más amigable con los demás, Haruhi y sus amigos piensan en formas de pasar tiempo juntos con Ibuki, como almorzar juntos, jugar juntos o salir a jugar a los bolos juntos. Al final del día, Ibuki comienza a ver a los demás como amigos.

Yūma y sus amigos tienen la oportunidad de ir al área de práctica de la escuela en las montañas, pero solo la están usando para unas vacaciones ligeras durante el verano. Mientras están allí, Yūma y Haruhi se vuelven más cercanos y comienzan a dirigirse entre sí por sus nombres de pila.

El festival escolar ha llegado y todos los estudiantes se están preparando. Cerca del final del festival, Ibuki toma a Yūma como prisionero e intenta obligar a Haruhi a revelar el secreto para romper la barrera del bosque Shikimori.

Sumomo ha sido afectado por un hechizo de la pelea entre Haruhi e Ibuki en el festival escolar, y está inconsciente. El pasado de Yuma se revela a Haruhi y Anri junto con un evento relacionado que causó la muerte de la hermana mayor de Ibuki.

La madre biológica de Yūma comienza a ayudar a Sumomo, pero mientras tanto Ibuki entra en la barrera del bosque Shikimori para obtener el tesoro de Shikimori. Mientras tanto, Jun lleva a Yūma al acuario para animarlo, pero Yūma se va cuando Jun no está mirando.

Los demonios aparecen en el bosque y los magos intentan detenerlos. El poder de Yūma es necesario para detener el Tesoro Shikomori, la fuente de los demonios, pero él cree firmemente que la magia solo trae infelicidad. Haruhi le dice a Yūma que ella fue la chica salvada por su magia en el pasado, y que la magia también puede ser una fuente de felicidad si se usa correctamente.