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Una princesa atrapada, un hermano en busca de venganza, y un estudiante atrapado en una conspiración. El mundo sera visto de una manera en que pocos conocían al saber de la existencia de la magia.

Mahiro le ha dicho a Yoshino que abandone la ciudad. Antes de que pueda hacerlo, Evangeline lo detiene y Yoshino tiene que tomar una decisión de vida o muerte.

En contra del buen consejo de Hakaze, Mahiro continúa su batalla contra el mago Natsumura. Hakaze tiene que ayudar a Yoshino a salvar la vida de Mahiro.

Nada más llegar al siguiente pueblo ha aparecido otra fruta. Mientras esperan que pase la tormenta, Yoshino y Mahiro se refugian en una casa abandonada y comparten la historia de cómo se hicieron amigos de Hakaze.

Al ir siguiendo el Fruto del Éxodo, este debería llevar a Mahiro y Yoshino hasta Samon. Pero en el camino aún deben encontrar un talismán para obstaculizar el ritual de suma.

Después de descubrir que Hakaze podría estar muerto, Mahiro y Yoshino comienzan a cuestionar su objetivo. Pero antes de que pudieran encontrar respuestas son atacados, pero no por los magos...

Mientras Hakaze duerme, Yoshino recuerda la vez que él, Mahiro y Aika pasaron un tiempo en su casa de verano mirando las estrellas.

Cuando comienza el ataque militar contra la barrera que protege el Árbol del Éxodo, Mahiro y Yoshino se dirigen directamente al árbol. Pero antes de que puedan hacerlo, Samon está allí para saludarlos...

Con Hakaze muerto, su función ha terminado. Mahiro ofrece el mismo trato que hizo con Hakaze por el asesino de Aika. Al ver que Mahiro está dispuesto a destruir el mundo, Yoshino finalmente toma su decisión.

La parte fácil fue convencer a Mahiro para que le diera una oportunidad. Yoshino ahora tiene que demostrar que la diferencia horaria es un mito con la esperanza de traer a Mahiro de vuelta al lado de Hakaze.

El misterio de la jaula está resuelto, pero ¿cómo se puede confirmar la paradoja del viaje en el tiempo con la lógica del Árbol del Génesis? Samon ha subestimado a los aliados de Hakaze y sabe que es solo cuestión de tiempo antes de que se revele todo.

El Árbol del Éxodo ha revivido, pero Hakaze sigue atrapado en la isla.

Este episodio es un resumen de todo lo vivido desde la perspectiva de Mahiro. Además de revelar las consecuencias del renacimiento del Árbol del Génesis y levantar sospechas de que Yoshino es el Mago del Éxodo. El episodio termina con un trabajador de la construcción que revela sus habilidades mágicas a un compañero de trabajo y contempla si es o no el Mago del Éxodo.

Se le ha pedido a Mahiro que haga lo imposible. Mientras tanto, Yoshino y la Princesa continúan recorriendo la tierra y los efectos que tuvo el Árbol del Génesis. En el camino conocen a un joven peculiar...

Megumu es llevado ante Mahiro y los demás, que le preguntan sobre su coartada durante el momento de la muerte de Aika. Mientras tanto, Takumi y Samon idean un plan para usar los poderes de Megumu a su favor. Mahiro entrena con él para aumentar su habilidad y Junichiro hace que Hakase se dé cuenta de que se enamoró de Yoshino.

Siguiendo el plan de Samon y Takumi, Megumu realiza una demostración pública de sus poderes en la que destruye una gran rama del Árbol del Génesis ante una gran multitud. Mientras tanto, se informa a Hakaze sobre la aparición de un espía en la aldea del clan Kusaribe y parte allí con Yoshino para investigar. Todavía ansiosa por sus sentimientos por él, Hakaze se encuentra en una situación desesperada cuando uno de los niños del pueblo es tomado como rehén en un posible intento de que el clan revele sus poderes mágicos. A pesar de ver a Yoshino arriesgando su vida para salvar al niño, Evangeline, Natsumura y Tetsuma solo miran desde lejos, ya que sospechan que puede estar relacionado de alguna manera con el Árbol del Éxodo.

Megumu viaja por todo el mundo destruyendo ramas del Árbol del Génesis mientras alborota a la opinión pública y el revuelo que provoca le permite a Takumi recuperar su puesto en el gobierno japonés. Mientras tanto, Hakase sigue angustiada por sus sentimientos hacia Yoshino, preocupada por la seguridad de su novia. Samon, Mahiro, Junichiro y Megumu discuten cómo lidiar con la posibilidad de que Yoshino esté conectado con el Árbol del Éxodo.

Al enterarse de que la novia de Yoshino era Aika, Hakaze comienza a culpar al Árbol del Génesis por su muerte y decide ayudar en el plan de Samon. Cuando Megumu aparece para destruir otra rama, un Hakaze disfrazado aparece ante él para probar sus poderes y poco después ella huye, lo que le permite destruir la rama y agitar aún más la opinión pública. Mientras tanto, Takumi, Evangeline y Tetsuma discuten sobre la misteriosa piedra encontrada en el pueblo de Kusaribe y su conexión con ambos árboles. Al enterarse de que Mahiro finalmente ha despertado, Yoshino parte para encontrarse con él, sabiendo que ha llegado el momento de contarle toda la verdad sobre la relación con su hermana.

Cuando la resurrección completa del Árbol del Éxodo está cerca, Mahiro y Yoshino finalmente se encuentran cara a cara y ambos se expresan sus verdaderos sentimientos hacia Aika. Pero mientras Yoshino todavía está decidido a evitar que la muerte de Aika culmine en otra tragedia, Mahiro aún mantiene su determinación de vengarse a toda costa. Una vez más reunida con los demás, Hakaze anuncia su plan de regresar al pasado para aprender más sobre la verdadera naturaleza de los Árboles del Génesis y el Éxodo y descubrir la verdad sobre la muerte de Aika de una vez por todas.

Por el mismo método que usó para viajar del pasado al presente, Hakaze regresa al pasado en la misma isla donde quedó varada y hace uso de la ofrenda que Samon dejó allí para regresar a la civilización. Solo unas pocas horas antes de la hora de la muerte de Aika, Hakaze se encuentra con ella por casualidad y, para su asombro, se entera de que el Mago del Éxodo original no es otro que Aika...

Una enorme rama del Árbol del Génesis aparece en medio del océano, que Samon y los demás concluyen que es el núcleo principal del árbol. Mientras tanto, en el pasado, Aika descubre toda la verdad de Hakase y decide que para asegurarse de que el presente permanezca inalterado y sus poderes se transfieran a Megumu, debe suicidarse. Hakase intenta detenerla para evitar que Mahiro y Yoshino sufran, mientras que Aika afirma que se suicidará con la única intención de protegerlos.

Una vez que regresa al presente, Hakase les explica a los demás toda la verdad sobre la muerte de Aika y el Árbol del Génesis. Para sorpresa de los demás, ni Mahiro ni Yoshino parecen sorprendidos o enojados con la decisión de Aika de suicidarse, ni culpan a Hakase ni a nadie más por lo sucedido, a pesar de que sienten curiosidad por el contenido del mensaje final que les envió. Mientras tanto, las naciones más poderosas del mundo deciden proteger el Árbol del Génesis y establecer un perímetro de defensa naval alrededor de su núcleo principal, en caso de un ataque del Mago del Éxodo.

A pesar de que aparentemente no tienen necesidad de involucrarse más, Mahiro y Yoshino convencen a Hakaze y a los demás para que les permitan ayudarlos en la tarea de destruir el Árbol del Génesis. Con Hakaze y Megumu distrayendo a las fuerzas navales de acuerdo con el plan de Mahiro, los demás logran secuestrar los botes pequeños ubicados más cerca del núcleo principal y llevarlos a un lugar seguro. Sin embargo, cuando Megumu se acerca al Árbol y se prepara para dar el golpe final, uno de los cautivos logra sacar una pistola y dispararle a Yoshino.

A pesar de recibir un disparo en el brazo, Yoshino, junto con Mahiro y los demás, logran alejar a la flota naval y permitir que Megumu se enfrente al Árbol del Génesis sin distracciones. Cuando Megumu está a punto de ser derrotado, el Árbol del Éxodo se transforma en una espada gigante...