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Después de la muerte del rey Minos, y el destierro de Pasífae, Ariadna se convierte en reina. La ciudad de Thera está siendo atacado por Pasífae y su ejército. Ariadna envía a Jason, Hércules y Pitágoras para rescatar a Lord Sarpedon de Thera. La ciudad de Atlántida está protegida por una estatua llamada Palladium. Pasifae envía a Medea a robar el Palladium gracias a Lord Sarpedon. Entonces, Ariadna envía de nuevo a Jason, Hércules y Pitágoras a recuperar el Palladium donde Pasifae y su ejército antes de que Atlántida caiga.

Pasífae continúa su ataque contra la Atlántida, y muchos soldados de Ariadna han desertado al perder el Palladium. La ciudad está perdida sin el regreso de Jasón, Hércules y Pitágoras que, después de enfrentarse y acabar con el cíclope que había en el laberinto de cuevas, se enfrentan a los desertores. Lord Sarpedon confiesa su traición a Ariadna. Mientras luchan contra el ejército de Pesifae, Hércules es testigo de como Pesifae mata a uno de sus propios soldados para salvar a Jason, y va en busca de respuestas donde el Oráculo que le dice la verdad sobre el nacimiento de Jason.

Un misterioso extranjero llega a la ciudad de Atlántida bajo el nombre del príncipe Telemon de Aegina. Trata de ganar fama, y el corazón de la reina Ariadna en los Juegos de la Coronación (un combate de gladiadores en la arena). Telemon demuestra que no es tan bueno como parece, y comete un asesinato antes de perder el torneo contra Jasón. Sin embargo, al final, Ariadna acepta la propuesta de matrimonio.

Ariadna viaja con su prometido y su séquito (incluyendo a Jasón y sus amigos) a Aegina para buscar la aprobación del padre de Telemon. Telemon, quien está trabajando para Pasífae, traiciona a Ariadna pero salva su vida en la emboscada de los Colcheans. Pasífae acaba con él por dejarla con vida. Mientras tanto, Jasón, Hércules, Pitágoras, Ariadna y un fatalmente herido Dion huyen de los Colcheans, encontrándose con un grupo de viajeros a lo largo del camino. Finalmente se refugian en la Necrópolis; Pesífae y Medea los siguen. Ariadna alcanza a Pasífae con una flecha y Pasifae, Medea y Jasón caen al abismo.

Una malherida Pasífae hace un hechizo que revive a los muertos, incluyendo a gente muerta recientemente, como Dion, para atacar a los héroes. Mientras tanto, Jasón y Medea son forzados a trabajar juntos con el fin de sobrevivir. Hércules y Jasón consiguen derrotar a los no-muertos, pero Medea apuñala fatalmente a Ariadna.

Jasón, Pitágoras y Hércules viajan al templo de Hécate para conseguir sangre de Medea, y romper la maldición que está puso sobre Ariadna. Esa noche, Jasón se ve forzado a salir tras Hércules con Pitágoras. Jasón se cuela solo en el templo y se enfrenta a Medea. Jason consigue un poco de sangre de Medea pero es capturado y encarcelado por Pesifae. Pesifae escucha como Jason cree que su madre está muerta y quiere decirle la verdad, pero él la ataca. Creyendo que Jason es una causa perdida, Pasífae ordena que lo asesinen, pero Jason es rescatado por Hércules y Pitágoras, y juntos vuelven a Atlántida y salvan a Ariadna. Ariadna por fin le confiesa su amor a Jasón y le pide que se case con ella, él dice que siente lo mismo y que acepta casarse con ella.

Cuando Pasífae se entera que Jasón ha aceptado casarse con Ariadna, teme que la Atlántida y su trono queden fuera de su alcance para siempre. Ariadna y Jasón buscan la bendición de los dioses para su matrimonio, y para que de esa manera la gente lo aceptase de manera más fácil. El Oráculo considera que los augurios son buenos, pero esto pone en peligro la posición de Pasífae por el poder aún más, por lo que secuestra al Oráculo, y le encarcela. La reina se encuentra con Medusa, y le promete poner fin a su miseria, pero primero deberá hacer algo por ella: convertir al Oráculo en piedra.

Milas ordena la ejecución de Jasón, acunsándolo de asesinar al Oráculo. Hércules es capturado y encarcelado después de su intento de liberar a Jasón, mientras que Ariadna y su asesor, Delmos, intentan seguir sus pasos, pero son arrestados también por Cilix, otro traidor. Hércules le ruega a Medusa que revele la verdad sobre la muerte del Oráculo, debido a que Jasón fue acusado injustamente del crímen. Mientras tanto, Pasífae toma la ciudad, y se declara el gobernante del trono, con el ejército ahora de su parte.

Pasiphae se da cuenta de que nunca será la verdadera gobernante mientras ella y Ariadne tengan un derecho al trono, por lo que le ofrece a la reina su libertad, si ella renuncia a la corona. Como hombres buscados, Jason y Hércules se han visto obligados a buscar refugio en las montañas, donde Medusa y Pitágoras presentan su propia trama, que tendrá un sacrificio de proporciones inimaginables.

Jasón está huyendo con sus amigos, que están conmocionados por su temeridad y arrogancia, cumpliendo la opinión del Oráculo de que saber que Pasifae es su madre "ennegrecería su corazón". Un Pitágoras preocupado se escabulle de regreso a Atlantis y aprende de Melas y Cassandra que Aeson, el padre de Jasón, puede darle el amor para contrarrestar la infame influencia de Pasifae, pero es un leproso que se oculta de la sociedad. Pitágoras lo localiza, pero antes de que pueda reunirse con su hijo, Jasón está separado de los demás y atacado por soldados - con Medea una vez viniendo misteriosamente en su ayuda.

Jasón es capturado y devuelto a la ciudad, pero Pasifae parece reacia a matarlo, y se siente aliviada cuando Cassandra le dice que los dioses se oponen a su ejecución. En lugar de eso, lo colocan en el campo de gladiadores, dándole a Aeson la oportunidad de rescatarlo, ya que los leprosos tradicionalmente llevaban los cadáveres de la arena muertos. Habiendo revelado a Jasón que él es su padre, Aeson se escapa con él para reunirse con sus amigos en el bosque y, aunque él mismo es herido mortalmente, puede devolver a su hijo a la luz.

Jasón está decidido a rescatar a sus compañeros prisioneros del anfiteatro, y hace un atrevido regreso a Atlantis, que se está convirtiendo en un reino aún más peligroso bajo el malvado gobierno de Pasifae. El héroe y sus amigos se enfrentan a la traición a cada paso, y se dan cuenta de que la única esperanza para el futuro es matar a la reina.