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En el Club de Investigaciones Paranormales de la escuela, Momoe Okonogi hace su trabajo, felizmente inconsciente de la presencia del presidente fantasma del club, Yuuko Kanoe , quien solo puede ser visto por los otros dos miembros del club, Teiichi Niiya y Kirie Kanoe . Después de investigar un elevador de comida supuestamente "embrujado", que se revela que es obra de Yuuko, Momoe lleva a todos a la cima de una colina donde se encuentra un monumento a Yuuko. Después de que Momoe y Kirie se van, Teiichi encuentra una campana debajo de la tumba conmemorativa.

Todo comenzó cuando Teiichi se encuentra perdido en uno de los viejos edificios de la escuela, donde se topa con Yuuko, quien se presenta como el fantasma de la escuela. Mientras él trata de entender cómo llegó a ser ella, decidieron comenzar el Club de Investigaciones Paranormales. Momoe le pide que la ayude con un problema paranormal, luego le explica que jugó un extraño juego llamado " escondite " que solo termina si revela la muñeca que usa, pero la muñeca desapareció misteriosamente y teme que la maten.

Teiichi recibe una carta refiriéndose a Yuuko, que lo lleva a conocer a Kirie. Ella le advierte que Yuuko podría ser un espíritu maligno que planea alejarlo. Cuando Kirie señala lo que se cree que es la verdadera forma de Yuuko, un cadáver andante, revela que Yuuko es la hermana fallecida de su abuela. Kirie trata de atacar los restos de Yuuko, pero Yuuko la asusta. Luego, Teiichi supera su miedo y logra reformar a Yuuko en su imagen deseada.

El Club de Investigaciones Paranormales tiene una fiesta de pijamas durante las vacaciones de verano en el edificio de la vieja escuela para investigar otra historia de fantasmas. En verdad, Kirie quiere encontrar al malvado fantasma de las sombras que vio antes.

Mientras el club prepara una casa embrujada para el festival cultural de la escuela, Kirie se enoja con el jugueteo de Teiichi y Yuuko y se va con Momoe, solo para perderlos a los dos. Mientras miran alrededor del edificio, Momoe conoce más sobre el lado sensible de Kirie, y juntos deciden explorar el festival. Más tarde, Kirie es acorralada en un café cosplay y demuestra ser un éxito.

medida que continúa el festival escolar, el Club de Investigaciones Paranormales se entera de un rumor sobre Akahito, un monstruo cubierto de sangre enmascarado que mata a cualquiera que se quede tarde durante la escuela como un sacrificio. Pero el rumor resulta ser cierto cuando se ve a Akahito durante el festival. Una estudiante llamada Yuuko Kirishima afirma que fue atacada por Akahito, lo que hace que los estudiantes supersticiosos estén histéricos.

Teiichi se da cuenta de que Yuuko ha estado actuando de manera extraña, ya que sin saberlo sigue atacando cada vez que pasa tiempo con Momoe. Confiesa esto con Kirie, quien le dice que vio al fantasma de la sombra de nuevo y concluye que el fantasma de la sombra es en realidad la mitad más oscura de la personalidad dividida literal de Yuuko. Pronto Kirie, Teiichi y Yuuko se encuentran con el fantasma de la sombra, quien les revela que ella es la encarnación del odio de Yuuko y los recuerdos dolorosos que quería olvidar.

Yuuko le dice a Teiichi que la deje sola, creyendo que lo ha olvidado por causarle recuerdos dolorosos. Kirie concluye cada vez que Yuuko experimenta un recuerdo doloroso, lo elimina de su mente y lo oculta en su sombra. Incapaz de soportar ver a Yuuko sin reconocerlo, comienza a pasar tiempo con Momoe hasta el punto de que ya no puede ver a Yuuko. Kirie lo confronta si él simplemente va a olvidar a Yuuko así, cuando ella es misteriosamente alejada de él.

El fantasma de la sombra se acerca a Kirie pero desaparece gracias a la llegada oportuna de Momoe. Ella cuenta sobre su encuentro con Teiichi y Yuuko, pero para sorpresa de Kiri y Teiichi, Yuuko les dice que nunca ha conocido a su sombra ni que sabe sobre los misterios de la escuela. Pronto se dan cuenta de que Yuuko ha empujado selectivamente sus recuerdos negativos hacia su sombra nuevamente, después de notar que se ha vuelto más terca y avergonzada que antes.

Teiichi experimenta la vida de Yuuko hace sesenta años, donde vivía con su hermana, Yukariko Kanoe, quien es la abuela de Kirie. A pesar de una plaga que mató a la gente del pueblo, Yuuko continuó cuidando a Asa, una joven cuya familia fue asesinada por la plaga, creyendo que todo mejorará. Sin embargo, Yuuko y Yukariko escuchan a escondidas una reunión entre los ancianos enfermos del pueblo, quienes creen que la plaga fue un castigo de los dioses por construir la escuela sobre un santuario destruido.

Teiichi se despierta de su sueño del pasado de Yuuko y descubre que casi no ha pasado el tiempo en el presente. Al tocar la mano de Teiichi, los recuerdos que ahora tiene de ella resurgen, y Yuuko no puede verlo ni oírlo. Teiichi tiene ganas de darse por vencido, pero Kirie lo abofetea por intentar olvidarse de Yuuko. Mientras se comunica con Yuuko a través del cuaderno de bitácora del club, Teiichi tiene una idea gracias a Momoe, donde le pide a Kirie que lo deje ver a Yukariko, quien es el presidente de la escuela.

Llega el invierno y el Club de Investigaciones Paranormales descubre que Yukariko ha encontrado el cuerpo de su hermana y le ha dado un entierro adecuado. Con la sala del club cerrada hasta que la escuela pueda sacar el santuario del sótano, Yuuko hace que Teiichi vaya a la cita con ella en la escuela.