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Una noche lluviosa, la estudiante de secundaria Sakura Sakurakoji ve a personas quemadas vivas. Al día siguiente, en la escuela, conoce al nuevo estudiante de transferencia Rei Ogami, el niño que cree que estaba con la gente en llamas. Sakura luego decide descubrir la participación de Rei.

Sakura se despierta en su propia habitación después de ser encontrada afuera la noche anterior. Temerosa de Ogami, se vuelve protectora de Aoba, quien confunde las acciones de Sakura con su hostilidad. Sakrura llama a Ogami para que llegue al fondo de los eventos en el parque.

Ogami and Sakura walk to school together, so that they can keep a mutual eye on each other. Not everyone is happy with the attention Sakura is paying Ogami, however. Later, Sakura accompanies Ogami to one of his jobs, and is surprised by what she sees.

Ogami y Sakura caminan juntas a la escuela, para poder mantener una mirada mutua. Sin embargo, no todos están contentos con la atención que Sakura le está prestando a Ogami. Más tarde, Sakura acompaña a Ogami a uno de sus trabajos, y se sorprende por lo que ve.

Ogami recibe su próxima asignación por parte del consejo del Edén. Toki recoge a Sakura para caminar a la escuela, alegando que él es amigo de Ogami. Ogami se pone al día y comienza a pelear con Toki, pero Sakura los detiene a ambos. Toki recorre la escuela de Sakura y Ogami.

Toki tiene una reunión de desayuno con el Primer Ministro. De camino a la escuela, Sakura y Ogami se encuentran con Rui Hachioji, quien tiene un mensaje para Ogami. Sakura insta a Ogami a abrirse y hacerse amigo de los demás en su clase, pero la clase tiene una sorpresa propia.

Mientras Ogami yace inconsciente, Heike y Kanda completan a Sakura en sus roles de Code: Breaker. Sakura invita a todos a su casa a mantenerse fuera de peligro mientras Ogami se recupera. El Código restante: los interruptores también se encuentran allí, cuando reciben un visitante no invitado.

A raíz de la visita de Hitomi, Toki huye solo, mientras que los demás juntan sus cabezas para descubrir cuál era el objetivo de Hitomi. Por diferentes razones, tanto Sakura como sus padres le revelan a Ogami lo importante que es su familia para ellos.

El Código: Los rompedores creen que Hitomi está detrás de las explosiones en toda la ciudad. Reciben un mensaje anónimo informándoles de la ubicación de Hitomi. Ogami se apresura al sitio con la esperanza de encontrar a Sakura allí también, pero encuentra una sorpresa inesperada.

Hitomi se convirtió en un Código: Breaker a la edad de 16 años, y trabaja para la organización durante más de una década. A medida que sus aliados caen en el cumplimiento del deber, se recuerda a sí mismo que está trabajando para crear un mundo donde los niños puedan reír. Entonces se revela un secreto impactante.

El Código: el equipo Breaker descubre dónde se colocan las bombas. Hay muchos de ellos con los que lidiar, pero entre la policía, la pandilla Kizakura-gumi y Yuki, hacen todo lo posible para tratar con ellos. Mientras tanto, Ogami se dirige a Sky Tower para enfrentarse a Hitomi.

Toki llega a la azotea donde está detenido el primer ministro. Oji y Yukihina luchan por la custodia de los niños con habilidades especiales. Dentro de Sky Tower, Hitomi lucha contra Ogami paralizarlo y amenaza con cumplir sus planes de cambiar el mundo.

Heike está asombrada por el alcance total de las capacidades de su Ogami, ya que Ogami y Hitomi participan en un enfrentamiento final. Hitomi revela por qué no tuvo más remedio que llevar a cabo su plan, y jura venganza contra el Primer Ministro. Sakura se despide.