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Cuando el último de los compañeros de Harlock, Kei Yuki, es capturado por la policía, los cuatro científicos que poseen Noo (el terrible demonio de la primera serie) vuelven a la vida y escapar del planeta Panopticon

El capitán Herlock reaparece en la aprobación de la gestión del planeta, y la policía local está ansiosa. Después del asesinato del profesor Daiba, su joven hijo Tadashi descubre la naturaleza de la obra que había emprendido con otros cuatro científicos que desaparecieron trágicamente.

Tierra ha desaparecido después del misterioso ataque de Fata Morgana, el barco fantasma de la antigua expedición científica del profesor Daiba. Tadashi decide aceptar la propuesta del Capitán Herlock, y embarca en el Arcadia.

Yattaran, Kei Yuki y otros antiguos compañeros de Herlock detenidos en el planeta prisión son condenados a muerte. Mientras el Arcadia se eleva hasta el señuelo, el comandante Ilita toma el mando de un ejército para luchar contra la Fata Morgana.

El Arcadia navega hacia el sistema solar para investigar la desaparición de la Tierra. Mientras tanto, el comandante del ejército Ilita está a punto de entrar en combate, pero pronto prueba la temible arma del barco fantasma: ¡el miedo!

La armada es diezmada, y Ilita es el único superviviente. Mientras el Arcadia se acerca al campo de batalla, Tadashi se consume de impaciencia por vengar la muerte de su padre. ¡Resistirá la valerosa tripulación del barco pirata la influencia de los siervos del mal?

En un planeta minero, un rugido malvado se hace eco en el corazón de la montaña. Un niño ha desaparecido. Maji, ex compañero de Herlock, va en su busca. Mientras tanto, la tripulación del Arcadia descubre una misteriosa pirámide enterrada en un cráter de la Luna.

Yuki es llevado a bordo del Arcadia. Por su parte, Maji fue testigo de la eliminación de Tadashi, lo que le supuso ser capturado a su vez. Es la triste suerte reservada para ellos por Noo: ¡no tienen otra opción que matar!

Venido para salvar a sus amigos, Herlock logra encontrar la fuerza suficiente en sí mismo derrotar a una entidad malévola de Noo. Pero mientras que la tripulación del Arcadia está trabajando para desentrañar el misterio de la desaparición de la Tierra descifrando el medallón de Tadashi, una amenaza insidiosa es llevada a bordo del buque ...

Poseido por Noo, el cuerpo de Kei Yuki camina por los pasillos del Arcadia con el fin de destruir la computadora de la nave. Mientras tanto, Kei, prisionero de su sueño, cumple con los espíritus de los científicos desaparecidos, quienes le cuentan la trágica suerte de la tripulación de Fata Morgana.

Después de que Noo haya retado a Herlock a un duelo, el Arcadia viaja por el mundo Neoterra para librar el combate contra la Fata Morgana. Noo entonces muestra todo su poder destructivo, causando un terremoto que sacude todo el universo. Atrapado, ¿podrá el Arcadia escapar de allí?

La tripulación debe encontrar la manera de salvar a la Arcadia sin utilizar el ordenador de a bordo. Mientras tanto, Irita entra en combate contra la Fata Morgana. En un último acto de heroísmo, lanza su nave contra el buque para incrustar un rastreador que permitirá a Herlock rastrear a Noo ...

Ha llegado el momento de la batalla final. Herlock, a solas a bordo del Arcadia, persigue a Noo y logra seguir a la nave hasta la dimensión donde la Tierra ha desaparecido. Mientras tanto, Tadashi es visitado por el fantasma de su padre, que viene a revelarle una vieja promesa que había hecho a Harlock ...