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Unos misteriosos seres vivos conocidos como Aragami aparecen repentinamente en la Tierra y comienzan a devorar todo a su paso. Decidido a destruir a todos los Aragami, un joven llega a la Sección de Extremo Oriente de Fenrir. Su nombre, Lenka Utsugi. Recién inscrito, Lenka y su compañero recluta Kota Fujiki comienzan un duro entrenamiento como God Eaters bajo las órdenes de Tsubaki Amamiya. Deseando entrar en combate real, el deseo de Lenka se hará realidad cuando los Aragami se infiltren en la Sección de Extremo Oriente. Mientras sus nervios aumentan en la sala de estrategia, también lo hace su determinación.

Unos misteriosos seres vivos conocidos como Aragami aparecen repentinamente en la Tierra y comienzan a devorar todo a su paso. Decidido a destruir a todos los Aragami, un joven llega a la Sección de Extremo Oriente de Fenrir. Su nombre, Lenka Utsugi. Recién inscrito, Lenka y su compañero recluta Kota Fujiki comienzan un duro entrenamiento como God Eaters bajo las órdenes de Tsubaki Amamiya. Deseando entrar en combate real, el deseo de Lenka se hará realidad cuando los Aragami se infiltren en la Sección de Extremo Oriente. Mientras sus nervios aumentan en la sala de estrategia, también lo hace su determinación.

En su camino a la sede del lejano oriente,el avión de transporte de la sede rusa es atacado por una gran horda de pequeños Aragami. En el avión viaja Alisa, una God Eater New-Type como Lenka. La primera unidad recibe la orden de encontrarla y llevarla de vuelta sana y salva. El equipo está decidido a protegerla y a ofrecer resistencia, cuando de repente, llegan refuerzos de los Aragami y la situación empeora. Lindow y Lenka parten a rescatar a Alisa, pero ella los rechaza. ¿Por qué Alisa es tan reticente a abandonar el avión...?

Lenka regresa de su exitosa misión de rescatar a Alisa y es asignado a la 1ra Unidad junto con Alisa y Kota.

Lenka está frustrado tras descubrir que el Proyecto Aegis todavía necesita mucho tiempo. Para completar el proyecto son necesarias enormes cantidades de Oracle, un recurso natural que debe extraerse de los Aragami. Con Lenka estupefacto, Soma le aparta del medio y le explica que lo único que pueden hacer es cazar Aragami. Los veteranos God Eaters Lindow y Soma no están disponibles cuando llega la nueva misión, con lo que Sakuya, a quien han dejado al cargo, decide ir a cazar Aragami menores. Pero sabiendo que a mayor sea el núcleo extraído, más rápido se completará el Proyecto Aegis, Lenka sugiere que en la misión den caza a Aragami de mayor tamaño. Cuando Kota y Alisa acceden a la petición de Lenka, Sakuya decide llevarse a los tres novatos a dar caza a un Aragami de gran tamaño... Vajra.

Lenka, Alisa, Kota y Sakuya parten en una misión para dar caza a dos Aragami de gran tamaño conocidos como Vajra cuando se encuentran con un extraño Vajra negro que devora incluso a los de su propia especie. Este Vajra es extremadamente poderoso, y la primera unidad acaba dividida. Lenka se lleva a una Alisa inconsciente hasta un edificio abandonado. Su God Arc se ha roto, y la confianza de Lenka ha recibido un duro golpe. Alisa, que también ha perdido su God Arc en la refriega, se ve abrumada por una serie de terroríficos recuerdos de su infancia en los que el Vajra negro mataba a sus padres. Sin embargo la pareja, pese a estar herida y baja de ánimo, no puede descansar en paz, puesto que dos Ogretails se dirigen amenazadores hacia ellos en el edificio en el que se refugian.

Lenka y Alisa son rescatados de un violento ataque de un Aragami, y Lindow los lleva a Asyl, un lugar en el que aquellos que fueron rechazados por la Sede del Extremo Oriente se refugian, viven, y se apoyan entre ellos. Haciendo la ronda con Lindow, Lenka presencia algo impactante. Lenka es incapaz de responder a Lindow cuando este le pregunta por qué quiere destruir a los Aragami. En ese momento, un Vajra aparece con intención aparente de atacar Asyl, y Lindow ordena a Lenka que vuelva al asentamiento para protegerlos a todos, no sin recordarle que no debe morir nadie, ni tan siquiera él.

Lenka y Alisa regresan a la Sede del Extremo Oriente, pero Alisa sufre de estrés post-traumático y el God Arc de Lenka ha sufrido graves daños, con lo que retiran a ambos del servicio temporalmente. Los recuerdos de su batalla con el brutal Dyaus Pita siguen torturando a Alisa, y su incapacidad para controlar su miedo le frustra. Cuando Lindow pregunta por qué unos poderosos Aragami se dirigen hacia la Sede del Extremo oriente, Tsubaki le muestra unos datos que lo dejan sin palabras. Mientras tanto, el Dr. Sakaki investiga cómo es posible que el God Arc de Lenka se haya roto. Pese a la carencia de Nuevos Tipos, el director de la Sede está por comenzar una nueva estrategia de batalla.

La sobreadaptación de Lenka a las Células Oracle está provocando cambios en su cuerpo. Lenka se ve en un dilema cuando le explican que, aunque no podrá librarse de la inevitable muerte, si deja de ser un God Eater tal vez pueda prolongar su vida un tiempo. Mientras tanto se celebra una reunión sobre la "Estrategia Meteorito", la misión crucial que permitirá ejecutar el Plan Aegis. A Lenka le reconocen sus habilidades tácticas y es escogido como líder, aunque descubre que el resto de unidades evitan a Soma, a quien han calificado como "shinigami", pero esto le servirá para descubrir el pasado que le ocultaba.

En este episodio conocemos el pasado de Lenka, cómo se reunió con su familia y el secreto que esta le ocultaba por su propio bien.

La Operación Meteorite da comienzo, y Lindow cede a Lenka el mando de la línea de frente. ¿Podrá salir todo como esperan?

Lenka recibe finalmente su nuevo God Arc y el combate se encrudece. Lindow parte hacia su destino y Alisa se reencuentra con el suyo.

Llega el momento de la verdad, del enfrentamiento final, y es entonces cuando las diferentes verdades salen a la luz. Lo desconocido y la traición se unen para dar forma a una nueva esperanza para la humanidad.