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La otaku de armas Sio está en un viaje escolar en Taiwán cuando ella y sus compañeras de clase quedan atrapadas en un ataque Objeto de la Invasión Evolutiva y ella no tiene idea de lo que está sucediendo. Y por otro lado... ¿quién es el tipo de los cuchillos?

El incidente en Taiwán llega a su fin y Sio tiene su oportunidad de sincerarse con Asao antes de decidir si unirse al equipo de lucha contra monstruos o no.

Sio comienza un entrenamiento intensivo en las instalaciones de Dogoo con el fotógrafo de guerra Robert Capa. Allí hace algunos amigos, pero la verdad es que en la base todos lo están pasando mal.

Sio y Jack trabajan juntos para acabar con un Objeto de Invasión Evolutiva en el interior de un huracán.

Sio es asignada al mismo escuadrón que Jack y se reúne con Gandhi, Newton y Galileo. El equipo deberá capturar a Objeto de Invasión para estudiar su tejido cerebral.

Gaudi, Cyx y Geronimo del primer escuadrón se estrellan en una montaña nevada. Por casualidad, se encuentran con unas instalaciones de investigación donde ha sucedido algo terrible.

Cuando un famoso navío de guerra de la Marina Imperial Japonesa comienza a causar el caos en el Canal de Panamá, Dogoo se percata de que es en realidad un Objeto de Invasión y envía al segundo escuadrón.

El primer y segundo escuadrón han de formar equipo cuando una hipótesis de Vidocq revela la mayor amenaza.

Los Objetos de Invasión comienzan a aparecer de repente durante la visita de Kaoru a Sio, que todavía está convaleciente en un hospital de Japón.

Mientras planea la forma de acabar con los Objetos en el túnel, la comandante recuerda los altibajos de su larga vida.

¿Podrá funcionar el plan de Nobunagun para acabar con las células originales del Objeto de Invasión? Nueve E-gene Holders llevarán a cabo la más importante misión hasta la fecha de Dogoo.

Jack y Geronimo hacen una apuesta, y es que Hunter ha de aprender a luchar sea como sea. Mientras tanto, Nobunagun se enfrenta a una nueva amenaza.

¿Quién es Jack el Destripador? Sio se adentra en su secreto mientras la Operación Bosque de Piedra llega a su final.