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Es otro día en el tribunal para Phoenix Wright cuando toma la defensa de su cliente más reciente, Maggey Byrde, quien está acusada de matar a su novio, Dustin Prince. Sin embargo, es agredido mientras se encuentra en el lobby de la defensa, lo que hace que el abogado pierda sus recuerdos. ¿Puede Phoenix encontrar la verdad del caso sin saber quién es?

Uno de los tesoros de la Aldea Kurain, la Urna Sagrada, ha sido robada y el culpable es identificado como el infame ladrón fantasma Mask DeMasque. Mientras Wright se encuentra defendiendo a Ron DeLite, quien había confesado haber robado la urna, otro misterio llega a la corte con el enigmático fiscal Godot.

El juicio de Ron DeLite comienza, y el principal testigo de la fiscalía no es otro que Luke Atmey, el detective que ha estado persiguiendo a Mask DeMasque. Un testigo inesperado acude en ayuda de la defensa con una coartada para Ron, pero ¿por qué sigue diciendo que es el ladrón?

Ron DeLite no es culpable de robar la Urna Sagrada, pero su coartada lo coloca en la escena de un asesinato. Wright ahora debe investigar la muerte de Kane Bullard, el ex jefe de Ron en KB Security, pero el robo de la Urna Sagrada todavía tiene algunos secretos que contar...

Ron DeLite regresa al tribunal, esta vez por asesinato. Al mismo tiempo, Luke Atmey está en un juicio por robar la Urna Sagrada. Sin embargo, Wright hace una acusación inesperada, y Atmey aparece como respuesta. ¿Puede Wright colocar de manera decisiva al verdadero culpable en la escena de la muerte de Kane Bullard?

Entre los casos judiciales, Wright recuerda un incidente en sus años de escuela secundaria cuando intentó comunicarse con Edgeworth a través de una solicitud de canción en la radio. Al mismo tiempo, Edgeworth reflexiona sobre su futuro después de tres años de vivir con los von Karma.

Wright defiende a Maggey Byrde de nuevo, ya que está acusada de matar a un cliente en su nuevo lugar de trabajo, el restaurante francés Trés Bien. Solo hay un problema: un impostor que afirma ser Wright la había defendido un mes atrás y terminó siendo declarada culpable. Wright no solo debe descubrir el misterio de la muerte de Glen Elg, sino también quién se hizo pasar por él en la corte.

Wright investiga más a fondo el asesinato del Trés Bien, que lo lleva al prestamista "El buen prestamista", y su dueño, Furio Tigre.

Wright regresa a la corte con un sospechoso en mente. Sin embargo, él necesita probar de manera decisiva que el testimonio en contra de su cliente fue una conspiración.

Wright y Maya son invitados al Silver Star, un tren expreso de lujo que recorre la costa por la noche. También entre los invitados están el juez y el detective Gumshoe. Sin embargo, un secuestrador se hace con el tren con una petición.

El juicio está en marcha, y las pruebas contra el acusado aumentan, pero es interrumpido por un grito espeluznante y el descubrimiento de un cadáver.

Phoenix descubre que los vagones del tren en realidad se reorganizaron justo antes de la toma de posesión, y esto lo lleva a deducir que el cadáver del vagón 1 era falso y que el verdadero Gale fue asesinado en el vagón 3 durante la cena, sospechando de Turnbull. Edgeworth verifica la participación de Turnbull en el juicio, habiendo obtenido la verdad del comité, y Turnbull revela que mató a Gale cuando intentó chantajearlo y se vio obligado a crear el escenario falso cuando ocurrió la toma de posesión. Después de que Richman es declarado no culpable, decide morir solo haciendo estallar una bomba de tiempo en el vagón restaurante, pero el comité le ofrece un nuevo juicio justo, convenciéndolo de que se una a los demás antes de que estalle la bomba.

Hace cinco años, Phoenix está acusada del asesinato de Doug Swallow. Mia defiende a Phoenix en la corte, donde Payne sugiere que Phoenix tenía mala sangre con Swallow por su entonces novia Dahlia Hawthorne y lo empujó hacia un cable eléctrico cortado. Payne luego trae a Dahlia para testificar sobre el asesinato, pero Mia deduce que este caso está relacionado con un incidente de hace ocho meses, en el que un abogado fue envenenado y Dahlia fue la principal sospechosa. Al enterarse de que este también fue el día en que Phoenix y Dahlia se conocieron, Mia sospecha que el recipiente utilizado para el veneno era un colgante que Phoenix recibió de Dahlia ese día. Instada por Mia a dar la verdad correcta, Phoenix revela que el día del asesinato, Swallow le dijo que Dahlia había robado veneno hace ocho meses y la noche anterior.

Después de romper accidentalmente una preciosa concha que recibió de Maya, Pearl le pide a Phoenix que la ayude a buscar una concha de aspecto idéntico sin que Maya lo sepa. Mientras Phoenix la ayuda a encontrar la playa de donde vino originalmente, Pearl recuerda cómo Maya fue en contra de la autoridad de Morgan para llevarla a ver la playa, dándole el caparazón como recordatorio. Mientras visitan el santuario de la playa, Phoenix y Pearl se encuentran con Maya y descubren que la concha que le dio a Pearl fue algo que recibió de Mia cuando la llevó por primera vez a la playa, lo que llevó a Pearl a sentirse aún más culpable. Al descubrir que la cáscara era en realidad un cuenco de una tienda de ramen, Phoenix le ofrece a Pearl uno como reemplazo, pero Pearl decide quedarse con el que tiene debido a los recuerdos que contiene.

Un año antes de su primera reunión con Phoenix, Mia acepta a su primer cliente; un condenado a muerte llamado Terry Fawles que está acusado de asesinar a la policía Valerie Hawthorne, con la ayuda de su superior, Diego Armando.

Después de que el intento de Dahlia de fingir ignorancia solo la incrimina aún más, Mia hace que Fawles testifique sobre el incidente de hace cinco años.

Phoenix, Maya y Pearl van al Templo Hazakura para el entrenamiento de Maya, donde se encuentran con la autora de libros para niños Elise Deauxnim y las monjas Bikini e Iris, junto con Larry, quien está estudiando como aprendiz de Elise.

Mientras investiga el santuario, Edgeworth escucha el relato de Bikini sobre el asesinato de Elise, y se entera de que Pearl ha desaparecido, antes de encontrarse con Larry, quien parece estar ocultando algo que vio esa noche.

Durante su testimonio, Larry presenta un boceto que hizo de lo que vio la noche del asesinato, que supuestamente representa a Iris volando sobre el puente en llamas.

Mientras Iris es llevada a trabajar en la cerradura de truco, Phoenix encuentra una carta carbonizada que indica a alguien que canalice a alguien, junto con un talismán que Elise llevaba.

Cuando la corte se reanuda con Phoenix una vez más contra Godot, Iris afirma de repente que ayudó a encubrir el asesinato de Elise después de que Maya supuestamente la mató en defensa propia. Sin embargo, su testimonio resulta falso con la revelación del arma homicida real y la identidad de Elise como Misty.

Dahlia revela que había conspirado con Morgan para asesinar a Maya y convertir a Pearl en la cabeza de la familia Kurain para poder vengarse de Mia.

Al darse cuenta de que Maya pudo identificar al verdadero culpable en la oscuridad, Phoenix deduce que el asesino es Godot, cuya visera roja no solo brilla en la oscuridad sino que también lo deja incapaz de ver nada rojo, incluido el sangriento mensaje que incrimina a Maya.