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Tom Keen, que descubre algo sobre su padre, se une al equipo de Susan "Scottie" Hargrave para una nueva misión. Allí le presentan a un brillante y agudo líder de una organización de mercenarios encubiertos demasiado peligrosos para el gobierno.

El equipo Halcyon se pone en marcha para rescatar a un amigo de la familia de Scottie después de haber sido falsamente arrestado por espionaje en un país extranjero.

El equipo de Scottie investiga los motivos detrás del supuesto accidente de un avión del ISAP que se estrella con los pasajeros a bordo en los Urales. La investigación lleva a Tom a infiltrarse en Independence, una población espejo de las americanas construida por los rusos para entrenar a agentes secretos.

Cuando unos despiadados terroristas escapan de una prisión secreta en Manhattan tras un accidente, Tom y el resto del equipo deben cerrar la ciudad para encontrarles antes de que hagan más estragos. Mientras, Scottie descubre algo que podría exponer la identidad de Tom.

Con la intención de atrapar a unos ladrones sin escrúpulos, Tom y Solomon deben infiltrarse en un vuelo internacional que podría ser secuestrado. Howard presiona a Tom para que encuentre pruebas de una conspiración orquestada por Scottie.

El equipo Halcyon debe encargarse de rescatar a hombre de negocios y su familia tras haber sido secuestrados por un grupo de profesionales. A medida que el tiempo se agota, Tom y los demás deberán tomar una decisión arriesgada.

Las tensiones aumentan entre Scottie y Howard, obligando a Tom a recurrir a un inesperado aliado en busca de ayuda. A medida que los secretos de familia salen a la luz, Tom corre contrarreloj para averiguar la verdad sobre Whitehall.

Final de temporada. Scottie y Howard se disputan el control del Halcyon y la peligrosa tecnología vinculada a Whitehall. Tom se enfrenta a Mr. Solomon y toma una decisión que podría ser definitiva.