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Takeshi Nanase es un chico normal de secundaria que tiene un pasado algo oscuro. Un día, se encuentra con una niña llamada Mui Aiba, con un uniforme que nunca había visto antes, se derrumbó en el campus de la escuela. Este encuentro cambia por completo el destino de Takeshi. Mui le dice a Takeshi que ella es una maga, y se disculpa, porque también convirtió a Takeshi en una maga. Lo que Takeshi una vez supo como un mundo es en realidad dos: el mundo donde viven los magos y el mundo donde viven los humanos.

Después de encontrarse con Mui, una maga, Takeshi, Kurumi e Ida también se han convertido en magos. Como resultado, también se han convertido en objetivos de los Ghost Trailers, la banda de magos antagónica que había borrado los recuerdos del hermano mayor de Mui para controlarlo.

Takeshi y sus amigos se han inscrito en la Academia de Magia Subaru para comenzar a aprender magia. Un día, durante la clase, Mui recibe boletos para ver a una adivina de Violet-sensei, la maestra de inglés, e invita a Kurumi a ir con ella.

Takeshi e Ida están en una sesión de práctica temprano en la mañana tratando de dominar el control de su magia. Cuando Kurumi finalmente llega, es con la noticia de que Mui no regresó al dormitorio de chicas la noche anterior. Por el aspecto de un mapa que descubren en su escritorio, parece que Mui se ha ido nuevamente para tratar de recuperar a su hermano mayor Tsuganashi.

Según su desempeño durante el examen de Ancestral Magic en toda la escuela, se les puede permitir a Takeshi y sus amigos participar en la operación para recuperar al hermano de Mui, Tsuganashi. El examen se divide en niveles separados donde cada uno de los diferentes tipos de Magia Ancestral se prueba por separado.

Basado en su desempeño superior durante el examen de Magia Ancestral, Takeshi y sus amigos pueden participar en la operación para recuperar a Tsuganashi como se les prometió. El director de la escuela, Momoka, los lleva a la batalla, donde se enfrenta a Washizu mientras el grupo de Takeshi se enfrenta a Tsuganashi. Sin embargo, el deseo indomable de Mui de salvar a su hermano a toda costa hace que tome medidas extremas ...

Después del regreso de Tsuganashi Aiba, Takeshi sigue teniendo pesadillas mientras duerme. Que las pesadillas son causadas por alguien que usa magia. Para poner fin a la pesadilla, tiene que explorar su sueño y resolver las cosas con este usuario mágico.

Ahora es abril, y Subaru Magic Academy está llena de actividades que dan la bienvenida a sus nuevos estudiantes. Entre ellos se encuentra la hermana menor de Ida, Futaba. Debido a un pequeño incidente desafortunado entre los hermanos de Ida, Futaba también se ha convertido en un mago. También entre los nuevos estudiantes está el hermano menor de Takeshi, Gekkou.

Ryuusenji Kazuma, el líder de los Ghost Trailers, había caído en un sueño interminable después de la Gran Guerra anterior. Ahora que ha despertado una vez más, se levanta el telón sobre la Segunda Gran Guerra Mágica.

Después de revelar que es un Trailer fantasma, Gekkou le quita a Kurumi y Twilight de Takeshi. La herida grave de Takeshi es rescatada por Kisaki Ena y sus compañeros de la Comunidad conocida como "Camelot".

Takeshi continúa entrenando en Camelot para rescatar a Kurumi. Mientras tanto, en la sede de los Trailers de fantasmas, Kurumi se enfrenta a Gekkou. Aprovechando un momento de descuido, Kurumi logra escapar de su prisión.

Después de terminar su entrenamiento especial en Camelot, Takeshi regresa a casa para encontrar a Gekkou saliendo de su casa con Twilight agarrada en su mano derecha, goteando sangre. La visión de pesadilla que Takeshi había visto una vez a través del poder de Crepúsculo finalmente se ha cumplido. Gekkou afirma que derribó a su madre en defensa propia. Incapaz de reprimir su ira al ver a sus seres queridos lastimados por más tiempo, Takeshi finalmente encuentra el corazón para luchar contra Gekkou decisivamente.