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Dos años después de la misteriosa irrupción en la que murió su familia, Aiko empieza a dar sus primeros pasos otra vez, pero una llegada lo cambia todo.

Kanzaki lleva a Aiko a la ciudad, donde Kurose, un viejo colega de su padre, le revela un secreto increíble sobre su cerebro y su cuerpo.

La ACCA detiene a Aiko y Yuya, pero los Buscadores llegan al rescate. El equipo planea ir al Punto Original por más que la Materia Maligna esté nuevamente activa.

El equipo llega justo antes de que el Gobierno ordene la evacuación y su primer objetivo es la Compuerta Guillotina en K1, pero la Materia está activa.

El equipo descansa y se reabastece en el campo que está en el Área. Kurose lleva a Nanbara, pero ella parece tener otros planes con Isazu.

El ego de Kaede retrasa el progreso del equipo hacia K2, que debe alcanzar antes del amanecer si quiere entrar al Área tres. Isazu le confiesa a Kurose lo que hizo.

Las Fuerzas Especiales de la ACCA interceptan al equipo y tratan de atrapar a Aiko. Kurose se da cuenta de que Yuzuha, la hija de Isazu, está conectada con la Materia.

Los Buscadores hacen frente a Aiko y Kanzaki, pero, de todos modos, aceptan seguir con la misión. Isazu se convierte en el nuevo director de la Unidad Uno.

El equipo llega al Punto Originario, pero Isazu interfiere con un video y le pregunta a Kanzaki cuáles son sus intenciones.

Aiko habla con su otro yo dentro de la Materia Maligna. Mientras tanto, la Materia con forma humana envuelve a Yura y revela a Yuzuha.

Isazu establece una conexión con la Materia para interrogar a Yura. La Fuerza de Autodefensa se prepara para incinerar toda el Área a pesar de las objeciones de Nanbara.

En el artefacto quirúrgico, Yura admite que sus intenciones cambiaron tras la decisión de Aiko. Kurose intenta cortar la conexión entre Yuzuha y sus cuerpos duplicados.