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Brain se despierta y se encuentra secuestrado por una organización malvada llamada Mu, cuyo objetivo principal es la conquista global. Elegido por su alto coeficiente intelectual (600), su cuerpo fue reconstruido y estaban a punto de hacerle un lavado de cerebro cuando se interrumpe el proceso. Brain es rescatado por el profesor Crystal Peppler, el científico que reconstruyó su cuerpo, y señala que la cara y la voz de este último parecen familiares. Cuando Brain descubre un motor de transformación en su poder, los dos se enfrentan a los miembros de Mu por la aparente traición de Peppler de la organización. Brain se transforma en su forma Roidmude Super Evolucionado y pelea, pero es arrojado del edificio y dado por muerto cuando regresa nuevamente poco después, tras haberse transformado en un Kamen Rider. Como Kamen Rider Brain, derrota sin esfuerzo a la mayoría de los miembros de Mu, antes de escapar con Peppler en su motocicleta.

Mientras Brain y Crystal Peppler se esconden, Brain intenta transformarse pero no puede. Peppler sugiere que Brain pudo transformarse antes porque estaba en grave peligro. Peppler también revela que eligió revivir a Brain no porque fuera un gran Kamen Rider, sino porque es el villano general más débil hasta ahora. Brain le recuerda a Peppler que Mu dijo que necesitan su coeficiente intelectual de 600. Peppler dice que "600" no es el coeficiente intelectual de Brain, sino su capacidad cerebral en gigabytes, que es muy inferior a la mayoría de los discos duros comerciales.