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En el primer episodio de la tercera temporada, Batwoman sigue manteniendo a salvo las calles de Gotham, y Batwing se une a la acción. Pero Luke enseguida se da cuenta de que aún no domina su traje.

Cuando aparece una nueva encarnación de Killer Croc en los barrios bajos de Gotham y comienza a acumular muertos, el nuevo equipo de Batwoman y Alicia se pone a prueba. Pero Alicia no es la única intrusión no deseada en la vida de Ryan cuando Jada Jet aparece en Wayne Enterprises, insistiendo en conocer al nuevo CEO de la compañía. La relación de Luke y Mary se tensa bajo el peso de un secreto que Luke guarda, mientras que Sophie se convierte en parte del círculo íntimo de Ryan.

Un desafortunado incidente en el centro de Gotham alerta a Batwoman y al Bat Team de que otro trofeo perdido ha llegado a las manos equivocadas. Mientras tanto, un nuevo miembro de la familia Jet aparece cuando Marquis Jet hace una entrada no tan sutil, interrumpiendo un momento muy personal entre Ryan y Jada. Batwing debe decidir si está listo para volver a ponerse el traje, y el juramento hipocrático fuerza un tenso momento fraternal entre Alicia y Mary.

Cuando Ryan aparece en la lista de "30 menores de 30" de Gotham, Luke se preocupa por cómo la participación de Marquis en la creciente popularidad de Ryan como director ejecutivo interino de Wayne Enterprises aterrizará con Jada. Mary regresa de una noche fuera sin sentirse del todo ella misma, mientras que las alucinaciones de Alice se hacen más fuertes. Y cuando la hermana de Sophie, Jordan, desaparece, ella y el equipo Bat se dan cuenta rápidamente de que el arma perdida de Freeze no ha sido contenida por completo.

Ryan le pide a Sophie que la acompañe a una cena en Jada's para hacer un reconocimiento sobre lo que su madre sabe sobre Wayne Enterprises, pero la noche da un giro cuando un invitado indeseado llega a la reunión. A medida que avanza la aterradora noche, Ryan es testigo de otro lado de Marquis y su madre.

Un terrible descubrimiento en el cobertizo de un jardín hace que Renee Montoya contacte con Ryan para asegurarse de que la ciudad está en alerta. Su teoría es que un Bat trofeo alberga una nueva huésped que merodea por Gotham.

A medida que la dinámica familiar de Ryan se vuelve más complicada, también se encuentra en medio de un enfrentamiento entre Luke y Mary. Mientras tanto, Alice encuentra un nuevo compañero que cumpla sus órdenes.

Mary y Alice continúan colaborando juntas, y Ryan, Luke y Sophie están desesperados y dispuestos a hacer casi cualquier cosa para detenerlas... incluso aceptan una peligrosa propuesta.

Ryan, Sophie y Luke intentan localizar a Hiedra Venenosa cuando todo apunta a que Pamela Isley ha vuelto a Gotham. Mary se siente atraída por una poderosa fuerza y Alice siente una repentina sensación de preocupación por su hermanastra.

Batwoman está sobrepasada por las exigencias de Jada, por el creciente poder de Mary y por un nuevo lío amoroso.

Justo cuando parecía que las cosas no podían ir a peor, la identidad de Batwoman vuelve a peligrar y algunos de los peores villanos de Gotham se unen. Sophie y Luke trabajan juntos y Alice perturba a Mary.

Ryan, Sophie y Jada trazan un plan para detener a Marquis, mientras Mary intenta arreglar las cosas tras el daño causado como Hiedra Venenosa. Alice está fuera de control y sigue enfrentándose a sus demonios.

En el episodio final de la tercera temporada, Batwoman y el Bat equipo trabajan contra reloj cuando los terribles planes de Marquis se convierten en algo que Gotham ni sospecha ni ve venir.