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Renji Hiiragi es enviado por Anzelotte, su empleador, para destruir a un grupo de emuladores con la ayuda de su compañero Night Wizard Akari Himuro. Los dos destruyen fácilmente a los Emuladores, aunque Renji se queja de que no puede asistir a la escuela debido a su trabajo. En otra parte, Elis Shihō se transfiere a la Academia Privada Kimei, la escuela de Renji, y se une al Club de Astronomía dirigido por Kureha Akabane. Renji intenta regresar a la escuela, pero Anzelotte se lo lleva para otra misión. Mientras camina a casa por la noche, Anzelotte lo recoge en helicóptero para una tercera misión. Entonces aparece una luna roja en el cielo, y Elis camina fascinada hacia un viejo árbol de sakura en la escuela, y Kureha la sigue.

Anzelotte explica que Elis es una maga nocturna, y que ella es la clave para derrotar a los Emuladores creando una puerta de entrada a Rikai, el mundo de los Emuladores usando su brazalete. Ella revela que la joya en su brazalete es la Joya de la Bondad, una de las siete Joyas de la Virtud, y tener las siete crearía la puerta de entrada. Elis accede a buscar las joyas restantes, y se asigna a Renji y Kureha para protegerla. Disfrutan de una cena en la casa de Elis y, al día siguiente, Anzelotte los llama de regreso, quien ha encontrado la Joya de la Sabiduría en el continente místico de Magallanica. Sin embargo, Bell Zephyr envía al Señor Demonio RaRa Mu para recuperar la joya o matar a Elis. Cuando Renji, Elis y Kureha llegan a una ciudad desierta en Magallanica, son abordados por golems convocados por RaRa Mu. Pronto son reforzados por Akari, quien envía a uno de los golems.

Renji, Kureha y Akari derrotan al resto de los golems y avanzan hacia la torre antes que ellos. Elis comienza a tener dolores de cabeza continuos que indican que la joya está cerca. Aunque el grupo encuentra numerosas trampas, Renji las activa todas. Luego se detienen a comer, y Elis usa su nueva capa lunar para convocar la comida que preparó anteriormente. A medida que avanzan, se encuentran con un mural en la pared que muestra a antiguos magos luchando contra Shaimal, un antiguo Señor Demonio. Finalmente encuentran la Joya de la Sabiduría, pero son atacados por armaduras animadas por RaRa Mu. Elis logra recuperar la joya usando pistas del mural, y los otros tres derrotan a las armaduras. RaRa Mu aparece, disfrazándose de Akari, pero la estrategia de Elis les permite exponer a RaRa Mu y derrotarla. Cuando se van, Elis logra provocar una reacción amistosa del estoico Akari, pero luego se derrumba, sintiendo una joya en la luna.

Anzelotte envía a Renji, Elis, Kureha y Akari a la Luna en una nave espacial para encontrar la tercera joya. En el camino, los cuatro estudian para sus próximas finales, con Renji furioso porque tiene que repetir un año y hacer el mismo material. Luego, el barco es atacado por conejos con martillos, y los cuatro se separan a través de la Luna. Elis es atacado por más conejos, pero salvado por un niño que desaparece después. Akari se encuentra con Elis y los cuatro se dirigen a una gran estructura hecha por el hombre. Son atacados por el Demon Lord Jō ga, quien usa la Joya de la Fortaleza para protegerse del ataque de Akari y absorber a Elis. Renji llega para salvarla, pero está abrumado. Elis se despierta y mientras está en un estado de trance, toma la joya de Jō ga, lo que le permite a Renji derrotarla. Luego, el grupo se enfrenta al joven, quien regaña a Renji por no proteger a Elis. Cuando se va, le dice a Elis que su nombre es Kirihito.

Renji se avergüenza cuando Anzelotte anuncia que reprobó sus exámenes por el intercomunicador de la escuela, y posteriormente es enviado con los demás para recuperar la Joya de la Fortaleza de Andō Kurusu, un mago de la noche y portador de una espada demoníaca, similar a Renji. Sin embargo, Andō se niega a darles la joya y fácilmente derrota a Renji, cuestionando su razón de ser para luchar. Elis luego va a Andō, le da bocadillos y se queda con él durante todo el día. Andō revela que Anzelotte una vez le ordenó terminar una misión a costa de la vida de su amigo Yu. Llegan dos emuladores, y cuando Andō advierte a Renji que son demasiado poderosos para él, Renji responde que protegerá a Elis y salvará el mundo. Impresionado, Andō le da a Renji su espada y él derrota a los dos Emuladores. Luego, Elis recupera la joya, y Renji promete enfrentarse a Andō cuando concluya su misión.

Anzelotte revela que poseía la Joya de la Templanza; sin embargo, cuando Elis lo recupera, se queda dormida. Con la ayuda de un usuario de sueños llamado Nightmare, Renji, Kureha y Akari entran en el sueño de Elis, que contiene imágenes de su infancia y pasiones. Mientras siguen a un niño Elis a través de una ciudad llena de pasteles, se encuentran con Kirihito, quien los amonesta por perder el tiempo. Encuentran a Elis, pero ella se niega a irse debido a las instrucciones de su "tío". Sin embargo, Nightmare lo expone como Pheus Mor, un Lord Demonio. Elis huye a un espacio contenido, y Renji la sigue, convenciéndola de volver al mundo real. Elis suelta su brazalete, llamándolo Ain Soph Aur, y drena el poder de Pheus Mor, lo que le permite a Renji derrotarla. Luego regresan al mundo real. Esa noche, mientras Elis está soñando, una debilitada Pheus Mor descubre una puerta en el sueño de Elis y se horroriza ante lo que ve dentro de ella. Luego es confrontada por Kirihito, quien la mata.

Renji, Elis, Kureha y Akari comienzan a limpiar la sala del Club de Astronomía, y cuando Kureha y Akari se van, Renji y Elis son enviados al pasado. Elis llega junto al Señor Demonio Amy. Renji se encuentra en la ciudad y, después de derrotar a un grupo de humanos bajo el gobierno de Amy, recibe una llamada de Anzelotte, quien le informa que está en 5000 a. C. Luego lo envía a buscar a Elis, y cuando Renji va a la torre antes que él, es atacado por varios Emuladores. Kirihito lo salva y revela que la torre es un dispositivo para convocar a Shaimaril. En otra parte, Elis logra escapar de su celda, pero Amy convoca a Shaimaril, con la intención de sacrificar a Elis por él. Renji la salva y Kirihito comienza a destruir la torre. Shaimal lo nota y le dispara una gigantesca ráfaga de energía antes de desaparecer.

Mientras Renji, Elis, Kureha y Akari van a la escuela, Anzelotte los lleva a su castillo, donde revela que la Joya de la Esperanza está en los anillos de Saturno. Cuando se acerca a Saturno con su flota de magos, aparece una horda de Emuladores bajo el mando de Bell Zephyr. Anzelotte envía a Renji, Elis y Kureha para encontrar la joya y se prepara para atacar a los Emuladores. Sin embargo, el Demon Lord Lion Gunta predice todos los movimientos de las naves de Anzelotte, y los Emuladores se aprovechan. Bell Zephyr luego entra en batalla y rompe las defensas de los magos. Ella reclama la Joya de la Esperanza, pero una distracción de Akari le permite a Elis reclamar la Joya de la Esperanza, algo que Lion comenta que no pudo predecir. Cuando la joya se une a su brazalete, las joyas se vuelven rojas y una energía gigantesca emana de Elis, destruyendo la mayoría de ambas flotas.

Anzelotte habla de la situación con Elis con sus ayudantes, señalando que su poder obligó a ambas flotas a retirarse. Mientras tanto, Bell Zephyr habla con Lion, quien revela que Shaimal destruirá todo cuando sea liberado. Renji, Kureha y Akari se enfrentan a Anzelotte, quien les dice que Elis puede despertar en Shaimal en cualquier momento. Anzelotte consulta con Gazer, su dios, y lo confronta sobre por qué le ordenó recuperar las siete joyas. Bajo sus órdenes, ella ordena que Elis sea ejecutado, pero el equipo de ejecución está abrumado por los poderes despertados de Elis. Elis recupera su sentido de sí misma y trata de escapar. Kirihito llega y envía a los guardias que intentan atacarla, y con Renji, los tres van a la Tierra. Los tres luego deciden visitar el orfanato de Elis, y los magos comienzan a atacarlos, con Akari observándolos en el fondo.

Renji y Elis se dirigen hacia su orfanato en tren, con Renji consolándola en el camino. Bell Zephyr decide ir a exponer a la persona detrás del despertar de Shaimal y se va con Lion. Renji y Elis llegan al orfanato, donde descubren que no se puede contactar al "tío" de Elis. Elis disfruta de un momento maravilloso con los niños; sin embargo, cuando comienza a revisar fotos de su pasado, desaparece en todas las fotos. Cuando habla con los niños y el cuidador del orfanato, no la recuerdan. Renji y Elis son confrontados por Akari, quien los enfrenta. Renji logra derrotarla y Akari se va para estar con Mikoto. Bell Zephyr y Lion entran a la fuerza en el castillo de Anzelotte y comienzan a conversar con ella. Mientras tanto, Renji, Elis y Kirihito llegan al viejo árbol de sakura cerca de la escuela, donde Kureha los ataca.

En un flashback, Kureha recuerda haber recibido un regalo de Navidad de Renji en su juventud, a pesar de que su familia no celebró la Navidad. En el presente, Kureha está decidida a matar a Elis, pero cuando Renji ofrece su cuerpo como escudo para protegerla, ella cede. Sin embargo, Kirihito mata a Kureha y revela que él es el "tío" que Elis ha estado esperando, así como Gazer, el observador del mundo, ahora decidido a reducirlo a la nada y empezar de nuevo. Elis, convencida de que todos los eventos ocurridos son culpa suya, despierta a Shaimal y comienza a destruir la ciudad circundante. En otra parte, Bell Zephyr convence a Anzelotte de que le pregunte a Gazer sobre el giro de los acontecimientos, y Gazer admite haber usado a Anzelotte para cumplir su plan. Mientras tanto, Elis se encuentra en el corazón de Shaimal, aceptando su destino, mientras Renji le grita desesperadamente desde abajo.

Renji decide ir tras Elis, pero es derribado por Kirihito, quien le ordena a Elis que lo destruya. Anzelotte ordena que se cree una barrera para proteger a Renji y teletransporta el área circundante a su castillo. Las fuerzas del mago comienzan a atacar a Kirihito y Shaimal, pero rápidamente se ven abrumadas. Bell Zephyr recupera a Renji y comienza a luchar contra Kirihito. Con la ayuda de Nightmare, él y Renji entran en el mundo de los sueños de Elis. Mientras tanto, Akari lleva el cuerpo de Kureha a Anzelotte, quien la revive con la ayuda de Lion Gunta. En el mundo de los sueños, Renji entra por una puerta en la oscuridad del corazón de Elis, y cuando Elis ve que Kureha está viva, logra liberarse de Shaimal. Elis usa a Ain Soph Aur para atravesar las defensas de Kirihito y Renji lo derrota.