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2041. Tokio se ha convertido en una sociedad materialista que niega la energía espiritual. Los hermanos Takuya y Yuya Kuroki, que pertenecen al Cuartel General de Seguridad Nacional, se encuentran con una chica misteriosa durante una misión para arrestar a Miracle Mick, que finge ser una persona con habilidades especiales. Por otro lado, los hermanos Naoto y Naoya Kirihara, que se suponía estaban aislados en el instituto de investigación debido a sus poderes psíquicos, de alguna manera se encuentran en el bosque cuando se despiertan.

Miracle Mick, que escapó del arresto de las fuerzas de seguridad, se encuentra con una mujer en un restaurante. Los hermanos Kuroki y las fuerzas de seguridad que obtuvieron la información rodean el restaurante para asegurar la custodia de Mick. Sin embargo, los hermanos Kirihara, que han sido liberados del laboratorio de Mikuriya, también están allí...

Naoto y Naoya se dirigen a su antigua casa para reunirse con sus padres. Sin embargo, el lugar donde debería haber estado la casa era solo un terreno baldío. Entonces Shoko Futami aparece de repente y los dos son conducidos a las ruinas de la fábrica que solía dirigir su padre. Allí, se encuentran con Takuya y Yuya de las fuerzas de seguridad que están investigando una serie de suicidios en la escuela secundaria.

Fue un miembro de la resistencia antigubernamental "Free Speech Alliance" que ayudó a Naoto y Naoya, quienes resultaron heridos durante la batalla con las fuerzas de seguridad de los hermanos Kuroki. Los guían a los dos a un centro de rehabilitación para prisioneros que están en contra de la sociedad material y les muestran el estado actual de brutal represión ideológica.

Naoto y Naoya rescatan a Miki, la madre de Masayuki, un psíquico que ha sido detenido, del turbulento Cuartel General de Seguridad Nacional. Todo se debió a la guía de Shoko. Mientras tanto, otros miembros del equipo se inspiran en la capacidad de despertar de Takuya. Honda, el capitán de seguridad, comienza a entrenar para controlar cada una de sus habilidades.

Para dar a conocer sus afirmaciones al mundo, la Free Speech Alliance pone en marcha un plan para ocupar estaciones de televisión y secuestrar las ondas de radio. Naoto es tomado como rehén y obligado a participar en el plan. Naoya, que previó el fracaso del plan, conecta su ego a la red digital y descubre que hay un traidor dentro de la alianza...

Naoto y Naoya desaparecen repentinamente mientras son acorralados por las fuerzas de seguridad. El lugar donde despertaron nuevamente fue el laboratorio donde habían sido aislados. Allí, los dos se reencuentran con Mikuriya, el director, y les cuenta la verdad sobre lo que sucede en el mundo exterior y el malestar que sienten.

Yuya despierta en su capacidad de lectura y tiene una visión de sus padres justo antes de que desaparecieran. Sin embargo, por alguna razón, los hermanos Kirihara estaban allí. Convencido de que Naoto y Naoya están involucrados de alguna manera en la desaparición de sus padres, Yuya intenta leer la red de las fuerzas de seguridad desde la PC de Kimie, que tiene derechos de acceso superiores, para acercarse a la verdad.

Los cuatro miembros del equipo de seguridad, Takuya, Yuya, Michio y Reika, así como Naoto y Naoya, son invitados por Akiko Okuhara, una profeta que es la jefa del gobierno actual. Allí, Okuhara les dice que la existencia tanto de los hermanos Kirihara como de los hermanos Kuroki al mismo tiempo conducirá a la desaparición del mundo. Michio y Reika creen lo que dice Okuhara y los desafían a matar a Naoto y Naoya.

Naoto y Naoya, que han caído en una situación difícil, son teletransportados a la costa rusa donde Shoko fue descubierta una vez por el poder de Masayuki. Allí, los viejos amigos de Mikuriya, Roshkov y Volk, los ayudan, se enteran de que Mikuriya está en sus instalaciones y solicitan una reunión. Sin embargo, lo que estaba esperando allí era Mikuriya, quien ya había dado su último aliento.

Durante un ataque aéreo en Rusia, los hermanos Kirihara y Kuroki fueron trasladados a Shibuya por el poder de Shoko. Yuya y Naoya se conectan entre sí usando sus respectivas habilidades para entenderse, determinar su propia causa y efecto y buscar una manera de salvarlo todo. Sin embargo, Takuya y Naoto se enteran de que sus hermanos menores están en peligro de desaparecer debido a este acto...

Finalmente, tal como había predicho Okuhara, el mundo comenzó a desaparecer. Honda, el capitán de seguridad, intenta eliminar a los hermanos Kirihara y Kuroki para proteger el mundo actual. Sin embargo, la fuerza de Honda no puede detener el flujo. Resuelto, Okuhara confía su futuro a dos grupos de hermanos. A Naoto y Naoya, Takuya y Yuya se les confía todo...