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Cuando el FBI descubre un misterioso documento cifrado, llama a uno de los mejores criptoanalistas: Will Scott. Mientras intenta compaginar la paternidad con su trabajo, lo que descifra pone en peligro su propia vida.

Las misteriosas personas que buscan la lista cifrada, fingen la muerte de Will. Ahora intenta mantenerse alejado de las calles y conoce a una misteriosa mujer llamada Claire que lo acoge. Will se pone en contacto con su mejor amigo del FBI, Kurt, y sufre una traición.

Will intenta averiguar para quién trabajaba Kurt, y vuelve a casa de Claire para que puedan descifrar juntos el resto de la lista cifrada. Otras partes interesadas y ominosas dan al equipo de investigación del FBI motivos para preocuparse sobre quién es realmente este criptoanalista "Will" y de qué lado está.

Will y Claire se apresuran para llegar hasta la siguiente víctima de La Lista antes de que sea demasiado tarde, todo ello mientras Will intenta permanecer encubierto. El equipo del FBI experimenta algunos avances en su investigación mientras intentan llegar al fondo de los responsables de la muerte de varios agentes del FBI.

Will vuelve a contactar con su hija Anna y ella promete guardar su secreto. Pero Will y Claire cometen un error y se ponen en peligro.

Cuando el FBI localiza una copia de la lista, trae a un nuevo criptógrafo para descifrar el código. Will visita a un amigo hacker y descubre una nueva pista para desbloquear el teléfono de Kurt, que revela nueva información sobre Claire.

Claire revela sus verdaderos colores y para quién trabaja, y su jefe Chris secuestra a Anna para que Will sienta la presión de resolver el resto del código.

El FBI arresta e interroga a uno de los hombres de Chris, que también resulta ser el amante de un agente. Will trabaja con el FBI para planificar una operación para rescatar a Anna a tiempo, pero justo cuando parece que las cosas van según lo planeado, la lista revela un último y horrible secreto.