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Una invasión alienígena comienza en la década de 1970, creando una crisis mundial. A fines de la década de 1990, los seres denominados BETA comienzan su invasión de Japón y las fuerzas humanas para el contraataque son muy limitadas.

Cuando Takeru Shirogane se despierta, primero cree que tuvo un mal sueño: los BETA, la mayor parte de la humanidad sacrificada... Pero tan pronto como sale, se da cuenta de que en realidad ha retrocedido en el tiempo, lo que le da un segundo. oportunidad de prevenir lo irreparable.

A medida que Takeru comienza a sentirse ansioso acerca de si realmente puede marcar la diferencia o no, el profesor Kouzuki exige pruebas más concretas de su conocimiento sobre eventos futuros.

Los esfuerzos de Takeru para cambiar el futuro están comenzando a tener un efecto, ya que los cazas tácticos de superficie de la 207 aparecen antes que en la línea de tiempo anterior. Y si una idea que está cocinando funciona, podría convertirlos en armas aún más efectivas contra la BETA.

Takeru y el profesor Kouzuki han colaborado para crear un nuevo sistema operativo para los cazas tácticos de superficie de la 207, haciendo que las armas anti-BETA sean más maniobrables y receptivas que nunca. Pero, ¿importará incluso si Yuuko no puede hacer algún progreso en el misterioso plan de la Alternativa IV?

Para ayudar a la profesora Kouzuki a cumplir sus planes para la Alternativa IV, Takeru participa en un experimento diseñado para enviarlo de regreso a su mundo natal.

El viaje de Takeru de regreso a su mundo original concluye después de un encuentro con su amiga de la infancia, Sumika. Después de su regreso, se entera del misterioso pasado del enigmático Yashiro Kasumi.

Una insurrección amenaza con iniciar una guerra civil a gran escala en Japón, y el Vuelo Táctico Blindado 207 descubre que su primera misión de combate podría ser contra otros humanos, en lugar de los alienígenas BETA invasores.

Takeru y su escuadrón de entrenamiento salen para ayudar a las fuerzas japonesas y de la ONU a lidiar con un golpe de estado, pero se encuentran lidiando con lo que podría ser la misión más vital de todo el conflicto.

Mientras Takeru y el Vuelo de Entrenamiento 207 escoltan al Shogun a través de Japón, el grupo de trabajo personal del profesor Yuuko libra una batalla desesperada para mantener a los rebeldes alejados.

El Shogun y sus escoltas han sido rodeados por los rebeldes, quienes les han ofrecido un alto el fuego de 60 minutos con la esperanza de una resolución pacífica. ¿Pueden Takeru, el Vuelo de Entrenamiento 207, la Guardia Real y el Ejército de los EE. UU. encontrar una manera de pasarlos para regresar a la Base de Yokohama?

Las negociaciones se han desmoronado, ya que los rebeldes renuevan sus ataques contra las fuerzas reunidas de la Guardia Real de la ONU, los EE. UU. ¿Regresará con vida el vuelo de entrenamiento 207 a la base de Yokohama? ¿Y Takeru podrá salvar el mundo ayudando a que la Alternativa IV se haga realidad?

Takeru visita el mundo pacífico del que vino originalmente para recuperar la investigación necesaria para que la Alternativa IV sea un éxito. A su regreso al mundo devastado por la guerra y devastado por la BETA, descubre una sorpresa que lo acerca un paso más a la victoria... y al peligro.

Un nuevo conjunto de pruebas que prueban la preparación para el combate del sistema operativo XM3 de Takeru toma un giro peligroso.

Después de un encuentro conmovedor con la tragedia, Takeru decide regresar a su mundo natal.

Ahora que es obvio que está teniendo efectos inesperados en su pacífico mundo natal, Takeru debe tomar una decisión difícil.

Takeru regresa al mundo devastado por la BETA, solo para sorprenderse cuando el profesor Kouzuki le presenta a la Unidad 00.

Mientras Takeru lidia con la verdad sobre la Unidad 00, se avecina una fecha límite para que funcione.

El Escuadrón A-01 descubre que será parte de una operación conjunta entre la ONU y Japón para atacar la colmena BETA en Sadogashima.

La misión de retomar Sadogashima está en marcha y las valquirias toman el campo de batalla.

Llega el Susano-O, y el resultado de la Operación 21 dependerá del desempeño de la fortaleza voladora.

Con el Susano-O inoperable, las Valquirias se mueven para recuperar la Unidad 00 mientras BETA continúa invadiendo Sadogashima.

Una enorme horda de BETA emerge de debajo de Sadogashima, poniendo en peligro la Fuerza de Tarea A-01 y el éxito de la Operación 21.

La Operación 21 es un éxito desde un punto de vista militar, ya que el objetivo fue destruido, pero desde un punto de vista experimental, la forma en que terminó dio que pensar a los opositores del proyecto Alternativa IV. Las heridas no tendrán tiempo de sanar: se espera un nuevo ataque de colmena dentro de dos semanas.