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En el año 2061, Japón se ha convertido en un territorio ocupado. Shiiba Amou vive en un mundo melancólico bajo una opresión constante, hasta el día en que conoce a una inteligencia artificial autónoma llamada Gai. Esta es su oportunidad de cambiar su mundo para siempre...

Buscado como terrorista, Amou está ahora en fuga. Hambriento y cansado, Amou encuentra un huerto, pero es sorprendido intentando robar la cosecha del anciano. Sin embargo, su buen corazón se gana la confianza del hombre, y Amou encuentra un momento de respiro...

Cuando parecía el final para Amou, Gashin, un miembro del grupo de la Resistencia, llamado Yatagarasu, rescata a Amou y lo lleva a su campamento base. Allí, Amou es reclutado para unirse a ellos y luchar por la independencia de Japón.

Un misterioso AMAIM ataca el campamento base de Yatagarasu. Tezuka y Amou se alían y ganan la batalla a duras penas, pero se quedan con una secuela devastadora. Temeroso de cuántas muertes más afrontará Amou si se une a ellos, opta por seguir su propio camino...

Amou decide visitar la ciudad natal de Risa para que le devuelva una de sus pertenencias a un familiar suyo. Por desgracia, se entera de que su casa ha sido demolida y sus familiares desalojados por un teniente de alcalde que no teme abusar de su poder.

Para dejar sus AMAIM en un estado mínimamente operativo, Amou y Gashin visitan una ciudad cercana para recoger piezas de un colaborador de Yatagarasu. Por desgracia, se ven envueltos en una disputa territorial entre las fuerzas de Oceanía y Asia.

El ejército norteamericano ha descubierto el paradero de Ghost. El capitán Brad Watt y su equipo son enviados a una misión para capturar a Ghost y mejorar su tecnología. Por desgracia para ellos, Fantasma tiene nuevos trucos bajo la manga que no conocían.

Amou, Gashin y Shion llegan finalmente al cuartel general de Yatagarasu. Sin embargo, pronto salen en otra misión, pero esta vez no relacionada con el combate. Los miembros de la Resistencia se unen para ayudar a una familia japonesa que perdió su casa en la guerra.

Gashin se encuentra con Yuusei y descubre que su hermano adoptivo ha logrado una gran hazaña. Ha construido una ciudad autónoma donde los japoneses pueden vivir con seguridad. Yuusei le pide a Gashin que se una a él y tenga una vida normal, pero no todo es lo que parece.

Otro grupo de la Resistencia en Tohoku, llamado Arahabaki, está siendo atacado por fuerzas euroasiáticas y necesita ayuda. Amou, Gashin y Shion son enviados a rescatar a los miembros de Arahabaki, y deben encontrar un camino a través de su asedio.

Viajando en pequeños grupos para evitar ser detectados y estableciendo campamentos temporales hasta que el nuevo cuartel general esté listo, los miembros del Yatagarasu tienen un breve respiro hasta que puedan llevar a cabo misiones a gran escala. Por desgracia, Brad tiene otros planes para ellos...

Después de verificar la información de Brad sobre Ghost, los miembros del Yatagarasu deciden llevar la lucha hasta él, al tiempo que rescatan a los aldeanos japoneses que han quedado en la zona de guerra. ¿Serán capaces Amou, Gashin y Shion de trabajar juntos y derrotar a Ghost de una vez por todas?

Con la extraordinaria capacidad de autoaprendizaje de Ghost, las posibilidades de Amou, Gashin y Shion de ganar esta batalla siguen disminuyendo con el tiempo. Los tres consiguen descubrir el punto débil de Ghost, pero ¿será suficiente para inclinar la balanza a su favor?

Han pasado ocho meses desde la batalla en las islas Oki y algunas cosas han cambiado en ese tiempo, pero los japoneses siguen luchando por recuperar Japón.

Incluso con el regreso de Amou, muchas cosas necesitan tiempo para explicarse. Con los refuerzos del ejército norteamericano en camino, la prioridad es defender a los civiles.

Amou parece haber cambiado y Shion no sabe cómo enfocar el regreso del trío a su estado anterior. Mientras tanto, el ejército norteamericano pone en marcha un nuevo modelo de AMAIM.

Gashin presiona a Amou para que le cuente lo sucedido. Aunque con dudas, relata una experiencia traumática que vivió mientras estaba desaparecido.

Un militar euroasiático ha utilizado un pretexto para crear una zona especial en la que los japoneses puedan estar protegidos. Sin embargo, el avance del ejército norteamericano amenaza ahora la seguridad del lugar.

Tras conocer cierta información, Amou convence a todos para ejecutar un plan oculto de las IA Gai, Kei y Nayuta.

Asia, Eurasia y Oceanía contactan con Yatagarasu con una propuesta de cooperación que podría cambiar el curso de la historia.

Alexei y Amou acuden al territorio de la CNA para hablar de la Nueva Agencia de Cooperación de Japón (NJCA), pero un grave incidente cambia el curso del diálogo.

Con la inesperada ayuda de Brad, Amou y Alexei escapan del hotel de la CNA, pero deben encontrar la manera de llegar a la NJCA. Sin embargo, Spears no piensa dejar que eso ocurra tan fácilmente.

Alexei y Amou regresan sanos y salvos a Nuevo Japón, pero no tienen tiempo para descansar. Ante el inminente ataque de la CNA, Udou y los demás deben trabajar para responder a este ataque.

Todo el mundo está tenso por la inminente y temida gran batalla contra la CNA. El destino de Japón depende del resultado de este conflicto, pero la CNA también decide mostrar su fuerza.

Es el enfrentamiento final entre la NJCA y la NAC. Con Gashin y Shion atados, Amou y Gai deben luchar solos contra Brad y Ghost. A pesar de que las especificaciones de sus máquinas son inferiores a las del AMAIM de Brad, Amou y Gai no pueden permitirse perder esta batalla.