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Kuro, un chico de preparatoria, vive en su minúsculo y sucio departamento intentando matar el aburrimiento como puede mientras no le llega trabajo. La diferencia: el trabajo que espera es de ninja. Es uno de los 200 000 ninjas que existen hoy en día en Japón, ocultos a ojos de la sociedad.

El distrito de Nerima está conmocionado por una serie de ataques en los que alguien se dedica a cortar el órgano sexual masculino de hombres al azar. Ante tal situación, Kuro, mientras espera comenzar su misión en el instituto, recibe la orden de acabar con el responsable.

Kuro, haciendo uso del equipo recibido para su misión, atrapa al adolescente que espiaba a Kawado, y aprovecha la coyuntura para informarse de la escuela a la que tendrá que ingresar.

Hibi se une a la batalla entre Suzuki y los extranjeros cortadores de vergas. Mientras se desarrolla el enfrentamiento, Kuro, que también ha recibido el encargo secreto de capturar extranjeros, también entra en la batalla en la escuela secundaria Kodan. Hachiya, un usuario del "Segundo Tipo Bouchujutsu", atrae a la sombría chica ninja de Enko, Mako, a la enfermería...

Como parte de su nueva misión, Kuro debe pasar un examen de ingreso en la escuela, lo que le da mucha pereza, pero, por suerte, no está solo en esto.

Parece que Kuro ha encontrado a su objetivo de la escuela, el conserje, así que no duda en atacarlo de frente.

Tras un misterioso ataque a una tienda, las facciones ninja empiezan a moverse.

El conflicto entre NIN y UN se intensifica, y el siguiente objetivo es la escuela de Kuro.

Cada uno por su lado, NIN y UN se dirigen a la escuela para librar una sangrienta batalla. Mientras tanto, Yamada se adentra en Yankii con Eita.

La batalla final está servida. Suzuki y Onikobe establecen contacto con Saruta, mientras que Kuro y Hibi se topan con Yamada.

Hibi pronto ve que no es rival para Yamada, así que es el turno de Kuro. Por otro lado, Noguchi sigue buscando una salida de la escuela.

Kuro y Yamada se enfrentan en el duelo final mientras Escape sigue apuntando a la escuela.