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1609, las tres hermanas Elissalde viven libremente en el País Vasco. Jeannette, la mayor, siempre se ha negado a seguir los pasos de su madre como curandera de la región. Catherine dirige un floreciente negocio naviero que despierta los celos del señor de Urtubie. Por último, Morguy, ingenua y soñadora, lucha por encontrar su lugar. Su mundo está al borde del colapso cuando llega el juez Pierre de Lancre con la misión del Rey de desterrar a las brujas del País Vasco.

Tras la boda en el castillo de Urtubie, el juez de Lancre lanza una caza de brujas por toda la región para encontrar a los cómplices de Gratianne. Jeannette, acusada de brujería, escapa por poco a la tortura y descubre que puede contar con su antiguo amor, Damien, que acaba de regresar a casa. Mientras Catherine y Jeannette buscan una forma de escapar, se dan cuenta con horror de que Morguy está bajo el hechizo de De Lancre.

De Lancre lleva a cabo una serie de juicios, decidido a encontrar al responsable del asesinato del soldado hallado en el bosque. Para sobrevivir, Jeannette y Catherine encuentran nuevos aliados en el pueblo y en el castillo, y empiezan a resistirse a la autoridad del juez. Bajo la influencia de De Lancre, Morguy saborea la euforia del poder.

El juez de Lancre está desesperado por descubrir la ubicación del Akelarre, mientras que Jeannette, aceptando finalmente su regalo, organiza los preparativos en secreto. Liberada de los asaltos de D'Urtubie, Catherine decide declarar sus sentimientos por Madeleine. Pero lo peor está a punto de suceder cuando de Lancre confía a Cariel una nueva misión que le acerca más al carnicero que al médico.

Tras condenar a la hoguera a las mujeres capturadas en Akelarre, de Lancre envía a los guardias a las casas del pueblo para que vigilen a cada habitante. Cariel comienza sus experimentos científicos con las prisioneras. A pesar del riesgo, Jeannette intenta liberar a las mujeres encarceladas y prepara una poción letal para el juez. En el castillo, Catherine y D'Urtubie tienen un duelo final.

Jeannette se despierta en la mesa de operaciones de Cariel. Utiliza artimañas para ganar tiempo y consigue escapar del laboratorio gracias a un motín de soldados dirigidos por Zéphyr. A ellos se unen los hombres del pueblo que han vuelto corriendo al País Vasco, liderados por Catherine. La batalla estalla en el castillo. De Lancre, amenazado, se resiste a huir y se cobra una última víctima...