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仁(じん)の意識を奪ったボーマンと名乗るデュエリストの後を追うPlaymaker。しかし、新たに彼の前に現れた２人のデュエリストによって行く手を阻まれてしまう。そんな時、謎のデュエリストSoulburner(ソウルバーナー)が駆けつけ、Playmakerに代わってデュエルを引き受ける。そのSoulburner(ソウルバーナー)のデュエルディスクには、なんとイグニスが!?

賞金首であるPlaymakerにデュエルを強制するバウンティーハンターのブラッドシェパード。彼は、Playmakerの布陣を予測し、「ドローン」デッキによる連携コンボでPlaymakerの戦略を徹底的に封じ込める。

激しい攻防が続く中、ボーマンはスキル「Storm Access(ストームアクセス)」を発動し、新たな「ハイドライブ」を手にする。壊滅的なダメージを負い絶体絶命となったPlaymaker。だがその時、Aiは事前に用意していた秘策をPlaymakerに打ち明ける。Playmakerはピンチを乗り越えるために、Aiが示した希望へと手を伸ばす！

SOLテクノロジー社に隠された衝撃の計画を知ったブラッドシェパードは、財前の元を去り独自にイグニスの捜索を始める。そんなブラッドシェパードの並外れたハッキング能力に目を付けたリボルバーは、彼の元へと向かいイグニスをせん滅するために共闘を持ちかけるのだが…。

ライトニングの戦術を抑え込み、優勢に立つブラッドシェパードだったが、ライトニングは次々にモンスターを呼び出し、「ドローン」を迎え撃つ。やがて拮抗する２人の闘いは、誰も予測できない境地へと達する。果たしてブラッドシェパードは、人類を敵とみなしたライトニングを止めることができるのか!?

復活したウィンディは、リボルバーとの決着をつける前に、ライトニングの作戦を遂行するためSoulburnerへと襲い掛かる。人間に対する憎しみが増幅したウィンディの激しい攻撃を前に、Soulburnerはどう立ち向かうのか!?