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Le jour de l’ouverture du propre parc d’attractions de Shaggy et Scooby, Dr. Phibes travaille pour contrôler chaque attraction et transformer le parc en chaos total. Shaggy et Scooby doivent empêcher cela tout en essayant de créer une diversion pour tous les participants.

Phibes infiltre le manoir de Shaggy et Scooby dans sa nouvelle apparence de chat pendant que nos héros tiennent un spectacle de chien. Robi fait même entrer son chien mécanique, Sparky, dans le spectacle.

Après avoir appris que le Dr. Phibes consommait une grande quantité de la nouvelle formule nano-tech, Shaggy et Scooby doivent rapidement élaborer un plan pour se débarrasser de chaque nano-bot à l’intérieur de son corps avant que Phibes ne devienne complètement imparable.

À présent entièrement alimenté en nanomoteurs, le Dr. Phibes prévoit de faire exploser sa nouvelle tanière volcanique éloignée, ce qui entraînerait un hiver nucléaire et une extinction massive dans le monde entier. Pendant ce temps, Shaggy s’arme avec le super costume de l’oncle Albert alors que lui et Scooby doivent infiltrer la tanière pour une fois encore mettre un terme aux plans diaboliques de Phibes.

Le dernier plan de domination mondiale du Dr. Phibes comprend la production d’une armée massive de nano-clones. Chaque clone représente une partie différente de la personnalité de Phibes. Shaggy et Scooby doivent encore faire face à leur tâche la plus difficile, mais ils ne savent pas que si Scooby consomme trop de la formule nano, il est plus susceptible de devenir immunisé contre ses effets. Pendant ce temps, le nettoyage de printemps de Robi crée encore plus de chaos pour tout le monde.

Au bord de la dépression, le Dr Phibes décide de prendre des vacances pendant que Shaggy et Scooby gagnent des billets pour une croisière mexicaine - exactement la même croisière sur laquelle se trouve Phibes.

Après avoir été expulsé de la tanière par son clone maléfique, le Dr. Phibes emménage avec Shaggy et Scooby. Cependant, en raison des appels incessants de Phibes, le clone décide de faire quelque chose que même le vrai Phibes n’envisagerait jamais -- activer leur machine Doomsday.

Le Dr. Phibes et ses agents et techniciens font un DVD d’un film d’horreur avec de vrais monstres, et grâce au nouveau système de divertissement 4-D de Robi, les monstres envahissent la maison de Shaggy et Scooby. Un cochon nommé Bacon d’une bande-annonce de l’agent 2 était obsédé par les lounges, et Scooby et Shaggy travaillent sur un moyen d’arrêter les monstres et Phibes avant qu’il puisse faire des copies du DVD.

Après avoir entendu Shaggy et Scooby commenter qu’il n’est pas bon à la maitrise ou beaucoup d’autres, Robi pense qu’il a échoué dans son travail et part. Il laisse Sparky pour prendre sa place en transmettant les messages de l’oncle Albert. Bientôt, les agents 1 et 2 le trouvent à son nouvel emploi dans un repaire criminel. Maintenant, à moins que Shaggy et Scooby l’arrêtent, le Dr. Phibes sera en mesure d’accéder aux inventions de l’oncle Albert, ainsi que de découvrir où il se cache. Et pour aggraver les choses, Robi ne survivra pas au processus de téléchargement.

Le Dr. Phibes, fatigué d’être déjoué par nos héros, révise sa formule nano pour augmenter son QI. Cela gonfle également sa tête. Maintenant, Shaggy et Scooby doivent l’empêcher de libérer un gaz qui va réduire considérablement l’intelligence du monde.

Le Dr. Phibes prévoit de venger son enfance malheureuse en déclenchant une ruée de taureaux de poulet génétiquement modifiés à la Western Tri-State Fair. Shaggy et Scooby doivent maintenant trouver un moyen de l’arrêter, tout en faisant face à des vautours ronflants, une chèvre sifflante, et un coq aux yeux croisés de 11 pieds.

Zoinks et Groovy Don, le chien d’origine et propriétaire de Shaggy et Scooby, respectivement, reviennent mystérieusement pour causer du chaos, avec l’aimable autorisation du Dr. Phibes.

M. Phibes a découvert que l’oncle Albert est en fait sous couverture comme membre de son équipe maléfique — et Phibes est déterminé à le trouver et à l’anéantir.