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L'équipe Fly fait la connaissance de l'agent spécial Wesley « Wes » Mitchell lorsque son partenaire est abattu à Los Angeles et que les suspects s'enfuient à Budapest, envoyant Mitchell à l'étranger.

Lorsqu'un ambassadeur américain est pris en otage dans une station de télévision aux Pays-Bas avec 70 civils, l'équipe est obligée de travailler rapidement pour découvrir à qui elle a affaire. Pendant ce temps, Wes s'efforce de gagner le respect de sa nouvelle équipe.

Lorsqu'une adolescente américaine disparaît lors d'une fête sur la plage pendant son voyage de fin d'études au Portugal, l'équipe Fly dirige les recherches. Mais, celles-ci sont compliquées en raison des opinions divergentes des parents de l'adolescente disparue.

L'inspecteur général adjoint demande à Tate, qui parle couramment l'espagnol, de prendre en charge sa première mission d'infiltration sur le terrain, rejoignant Wes et l'équipe en Espagne alors qu'ils enquêtent sur un agent spécial de l'U.S. Drug Enforcement Administration apparemment véreux travaillant à partir de Madrid.

Lorsqu'un Américain est kidnappé à Varsovie avec une Ukrainienne qu'il a rencontrée sur un site de rencontres, la Fly Team se rend en Pologne pour traquer le cerveau du site.

Lorsqu'un bus rempli de volontaires américains est détourné dans une région dangereuse du Maroc, l'équipe travaille à localiser les travailleurs humanitaires disparus et les personnes qui les ont kidnappés.

L'ancien collègue de Wes, l'agent américain Tyler Booth, demande l'aide de l'équipe pour l'aider à capturer un Américain figurant sur la liste des personnes les plus recherchées par le FBI, en le faisant sortir de Russie avec l'aide de l'ex-femme du suspect.

Lorsque le témoin principal dans l'affaire contre Greg Csonka, l'homme responsable de la mort de l'ancien partenaire de Wes, est battu à mort dans une prison de Budapest avant qu'il ne puisse témoigner, l'équipe tente de sauver l'affaire pour obtenir la condamnation de Csonka. Alors qu'ils se replongent dans l'enquête, Mitchell est forcé de faire face à la douleur de la perte de son partenaire. Pendant ce temps, Wes aide Booth à préparer ses entretiens professionnels.

Un membre de la Fly Team est porté disparu alors que la traque de Greg Csonka se poursuit à Paris. Pendant ce temps, la vie de Vo est en jeu après qu'on lui a tiré dessus.

Quand un biochimiste russe est assassiné en essayant de fuir le pays, l'équipe Fly protège sa fille, qui doit remettre la mallette de son père à un microbiologiste américain. Mitchell aide Vo dans sa convalescence, Booth s'emporte contre Smitty.

Lorsqu'une étudiante américaine est retrouvée morte dans une prestigieuse université britannique, l'équipe enquête sur une société secrète. L'histoire personnelle de Smitty avec cette université fait resurgir de vieux démons.

L'unité de détachement mène une chasse à l'homme internationale lorsqu'une Américaine et son nouveau mari fuient Baltimore pour Istanbul avec leur jeune fils après un meurtre odieux.

Lorsqu'un homme d'affaires américain est abattu à Bratislava, l'unité de détachement doit travailler avec un policier local sans scrupules tout en protégeant le seul témoin, une touriste du Wisconsin effrayée car retenue par la police.

Après le meurtre brutal d'une jeune Américaine à Venise, l'unité de détachement du FBI se heurte à une certaine hostilité en découvrant que le principal suspect a des liens avec une famille italienne de premier plan.

Quand un télévangéliste recherché par le FBI apparaît à Gibraltar pour une demande d'asile, l'équipe Fly tente de l'appréhender, mais se heurte au manque de coopération des autorités politiques locales.

Quand un PDG américain vivant à Prague se voit réclamer des millions en cryptomonnaie en échange de sa famille kidnappée, Mitchell reçoit la visite de son ex-compagne, l'agente spéciale du FBI Ella Driscoll, qui réclame l'aide de l'équipe Fly.

Lorsqu'un psychologue détenant des informations sur la sécurité nationale disparaît lors d'une randonnée dans les Alpes suisses, l'équipe Fly travaille aux côtés d'un visage amical, l'agent Tyler Booth, pour le retrouver. Pendant ce temps, Mitchell reçoit des nouvelles troublantes concernant son père biologique.

L'équipe se rend en Géorgie pour découvrir les motivations d'une attaque contre deux militaires américains dans un centre de formation de l'OTAN avant que l'incident ne provoque une crise internationale.

Lorsqu'un trafiquant d'armes américain soupçonné d'avoir un lourd casier judiciaire apparaît à Vienne avec des armes volées, la Fly Team envoie Mitchell et Smitty sous couverture pour tenter d'infiltrer son opération. Au cours de la mission, Smitty entre dans des eaux troubles en travaillant avec la femme du suspect. Pendant ce temps, le père biologique de Mitchell se présente à Budapest après avoir été libéré de prison pour le rechercher malgré le désintérêt de Mitchell.

Lorsqu'un responsable américain chargé d'un échange de prisonniers à Belgrade est détenu en Roumanie, il demande à la Fly Team d'intervenir et de procéder à l'échange. Lorsque leur convoi est attaqué et qu'un des prisonniers s'échappe, l'équipe doit faire tout ce qui est en son pouvoir pour retrouver le prisonnier manquant avant que la mission hautement sensible ne soit compromise.

Lorsqu'une étudiante américaine et travailleuse du sexe est assassinée à Budapest, des similitudes avec une affaire récente au Japon conduisent l'équipe Fly à s'associer à des détectives de Tokyo.

L'équipe Fly découvre qu'elle est sur la piste d'un tueur en série, menant l'enquête - et Mitchell - au Japon pour mettre fin à une folie meurtrière internationale.