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Ayant appris la mort d'Ushio, Shinpei retourne à Wakayama, sa ville natale située à Hitogashima, il y retrouve la famille d'une amie d'enfance. Les funérailles se passent bien, mais quelque chose d'étrange se prépare sur l'île. Mio, la petite sœur d'Ushio, dit avoir vu l'ombre de sa sœur quelques jours avant sa mort. Ils se dirigent alors tous deux au temple situé au nord de l'île pour en apprendre davantage, mais quelque chose d'étrange se produit...

Shinpei en apprend davantage sur les ombres et découvre comment elles sont faites. Il découvre également que Mio est en danger à cause de sa propre ombre. Au milieu de tout ce chaos, Shinpei essaie de percer les mystères entourant la mort d'Ushio, son amie d'enfance.

Le 22 Juillet se répète à cause de la mort de Shinpei, tué par l'ombre de Mio. Afin de découvrir la vérité sur les ombres, Shinpei se rend chez les Kobayakawa, dont la famille a disparu le lendemain des funérailles d'Ushio, il rencontre alors l'ombre de Shiori Kobayakawa, qui était la cause de l'accident d'Ushio. Il survit mais, étant bloqué, il décide de tout révéler à Sou. Au festival d'été, le 24 juillet, Shinpei profite d'un peu de tranquilité, mais...

Durant la nuit du festival d'été, une ombre d'Ushio apparait face à Shinpei. Contrairement aux autres ombres, elle agit comme si elle était Ushio avant sa mort.

Shinpei se fait sauver par une femme qui était passagère dans le ferry. Elle se présente sous le nom de Ryunosuke Nagumo, une écrivaine que Shinpei admirait, elle dit venir sauver un certain "Shinpei Ajiro". Elle connaîtrait pas mal de choses sur les ombres. Pendant ce temps, un massacre avait lieu, effectué par les ombres lors du festival. Shinpei s'y rend afin d'aider, mais ses amis sont tués l'un après l'autre. Aussitôt, les ombres engloutissent tout le monde sur l'île.

Shinpei revit le 22 Juillet pour la quatrième fois. Hizuru Minakata est la femme que Shinpei a rencontré dans le ferry, elle s'est présentée sous le nom de "Ryunosuke Nagumo". Hitogashima était également sa ville natale, elle y est retournée pour la première fois en 14 ans afin de déchiffrer un mystérieux message laissé sur son téléphone. Hizuru apprend l'existence des ombres et de "Heine", elle rejoint Ginjiro, un chasseur, afin de découvrir que des habitants de cette île ont été remplacés par des ombres.

Hizuru lit ce qu'a écrit Shinpei sur ses boucles temporelles, elle détermine alors que ce qui lui arrive est réel. Elle a déjà vécu quelque chose qui lui donne une raison d'y croire. Elle se retient de trop en dire sur les ombres afin de ne pas être repérée par celles-ci, elle dit qu'elle aidera Shinpei. Accompagnés par Ginjiro, ils se rendent chez les Kobayakawa afin de battre les ombres de cette famille. Ils réussissent à capturer l'ombre de Shiori, mais...

Shinpei retourne chez la famille Kobune pendant que Hizuru et Ginjiro surveillent les alentours afin de tuer l'ombre de Mio, apparue lors de la première boucle temporelle. Cependant, Ushio, qui était supposée ne pas apparaître maintenant, est chez les Kobune. Tout comme Shinpei, Ushio revient d'une boucle du 24 Juillet, lors du festival. Surpris par la tournure des évènements, Shinpei essaie de gérer la situation mais se fait attaquer soudainement par l'ombre de Mio. Il évite la mort grâce à Ushio, qui y a sacrifié son bras.

La vidéo laissée par Ushio la montre en compagnie de son ombre. Elles racontent toutes deux les évènements qui se sont passés à partir de leur rencontre jusqu'à la vidéo en cours. Ushio est confuse quant à son ombre, qui ne doute pas qu'elle est la vraie Ushio, elles commencent vite à coopérer ensemble afin de découvrir la vérité derrière les ombres. L'ombre d'Ushio récupère ses souvenirs ainsi que ses pouvoirs après avoir visionné la vidéo. Elle décide de montrer à Shinpei et Sou comment est morte Ushio.

Ayant appris la vérité sur la mort d'Ushio, Shinpei, Sou et l'ombre d'Ushio décident de se rendre sur le lieu de sa mort, dans une ancienne clinique, afin d'y trouver des indices. Ils voient une statue effrayante d'Hiruko. Alors que le groupe essaie d'aller plus loin, ils découvrent que les souterrains abritent une ombre menaçante…

Shinpei, Ushio et Sou sont entourés par des ombres, cependant, elles ne visent qu'Ushio. Pendant ce temps, Ryûnosuke et Nezu empruntent le même chemin.

Tokiko, la petite sœur de Sou, raconte nourrir Hiruko avec des personnes décédées, les nommant "nourriture". Hiruko s'avère être Haine, une fille en kimono que la "grande ombre" a appelé "Mère" lors du festival d'été, au Sanctuaire de Nittogashima.

C'est la cinquième boucle temporelle pour Shinpei, le 22 Juillet. Quand Shinpei reprend conscience, c'est au moment même où Hizuru est convaincue qu'il est un voyageur temporel. Il lui raconte ce qu'il s'est passé et elle décide de le croire et de se battre avec lui.

Le passé d'Hizuru se dévoile, révélant comment Ryûnosuke vit en elle. Shinpei et Ushio, se trouvant dans la mémoire d'Hizuru, se retrouvent juste avant leur assaut de la famille Kobayakawa.

Shinpei se retrouve avec ses amis dans le gymnase afin d'élaborer un plan, c'est alors qu'il est plongé dans une septième boucle temporelle après avoir été abattu par un tir de sniper venant d'une ombre. Shide arrive avec un grand groupe d'ombres, faisant commencer une bataille entre ce groupe d'ombres et le groupe de Shinpei.

Ayant survécu à la précédente attaque des ombres menée par Shide, Mio propose de faire de son ombre une alliée grâce aux pouvoirs d'Ushio, qui permettent de supprimer le lien entre les ombres et Haine. Le groupe décide alors de se rendre à la clinique Hishigata à la recherche d'indices. Elle semble cependant vide.

Après avoir entendu parler de la véritable identité de Shide, le groupe de Shinpei se repose à la clinique. Le lendemain matin, Shinpei et Ushio décident de se débarrasser d'ombres traînant sur l'île, c'est alors qu'ils sauvent un groupe d'enfants. Enfin, Shinpei se rend au sanctuaire de Nito, là où tout a commencé.

En se rendant au sanctuaire de Nito, Shinpei rend visite au prêtre en chef Karikiri. Il lui montre une photo datant de 70 ans où il figure et où il semble avoir les mêmes traits qu'actuellement. Shinpei insiste également sur le fait que Karikiri est le premier directeur de la clinique, c'est alors que Shide se montre, révélant la vérité sur son identité.

Shinpei et les autres ont perdu Ushio. Dans cette situation désespérée, Karikiri et Heine préparent un nouveau coup. Mio et Hizuru, qui ont appris la mort d'Ushio en appel avec Shinpei, se rendent au point de rendez-vous qu'il leur a donné. Karikiri attend Mio, qui s'y rend en compagnie de Sou. De l'autre côté, "Shinpei" attend Hizuru, mais...

Hizuru et Karikiri se lancent dans un combat féroce. Guil et Ros, contrôlés par Tokiko, aident à le battre, rendant ce combat plus intense. Pendant ce temps, l'ombre de Mio et Shinpei se trouvent à un autre endroit, avec l'autre Karikiri.

Hishigata Shide apparaît devant Shinpei, en plein désespoir face à la mort d'Hizuru. Au cours de sa conversation avec lui, Shinpei apprend quelque chose sur Shide, il se peut qu'il ait gardé son propre corps comme corps de rechange. Plus tard, Shinpei se rappelle qu'au festival d'été d'Hitogashima le 24 Juillet, Ushio, qui n'est alors au courant de rien, reviendra.

Portant le collier que l'ombre d'Ushio a laissé derrière elle, la "première Ushio" hérite de ses souvenirs. Comme prévu par Shinpei, Ushio revient en force. Elle essaie de faire une percée contre Shide mais Shinpei l'arrête afin de mener à bien son plan, Heine et Shide sont étonnés par sa détermination. Shinpei pointe son pistolet contre sa tempe afin de revenir à une autre boucle.

Hiruko n'est toujours pas vaincue, il reste une partie d'elle encore vivante. L'œil droit de Shinpei et d'Ushio résonnent. Shide, qu'ils pensaient avoir battu, réapparaît devant eux tel un immortel.

Ushio attaque Karikiri avec la détermination de le poignarder, elle découvre que son corps principal se trouve ici mais qu'elle ne peut pas gagner à moins d'effacer totalement son armure. Le seul moyen d'y parvenir est de la pirater grâce à Ushio. Une bataille féroce s'annonce contre Shide ! Shinpei et Ryûnosuke doivent gagner 2 minutes afin que le piratage d'Ushio soit prêt.

Shinpei retourne à son point de départ, le 22 Juillet, sur le ferry. Il retourne dans sa ville natale pour la première fois en deux ans. Il se sent bizarre, comme s'il avait des souvenirs passés. Le festival d'été commence bientôt, Ushio et Shinpei se retrouvent.