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Un an après le sacrifice de Nya, les ninjas se retrouvent pour enquêter sur une opération de contrebande de Pierre Venge.

Après avoir sauvé un marin de la noyade, Nya rencontre une autre élémentaire d'eau et élabore un plan pour retrouver son humanité.

Les ninjas enquêtent sur la Pierre Venge, mais Miss Dynamite les surprend. Après un sauvetage humiliant par les Nouveaux ninjas, une bagarre éclate entre les ninjas. Nya aparaît sous sa forme aquatique et demande aux ninjas de l'aider à lui retirer ses pouvoirs élémentaires. Contre l'avis de Maître Wu, les ninjas décident de demander l'aide à leur ancienne ennemie, Aspheera.

Lorsque le maire refuse de libérer Aspheera de la prison de Cryptarium, les ninjas décident de prendre les choses en main et de le faire eux-même.

Les ninjas font une course-poursuite pour récupérer la lance, mais une nouvelle rencontre avec les Nouveaux ninjas trahit leur identité.

Les ninjas combattent les Nouveaux Ninjas le temps qu'Aspheera aide Nya à retrouver sa forme humaine. Un nouveau méchant prépare un mauvais coup.

Les ninjas sont en prison et Lloyd reçoit la visite d'un mystérieux visiteur masqué qui lui transmet un message de la part du Roi de Cristal.

Les ninjas tombent sur un vieil ennemi en prison et tentent d'empêcher son évasion tandis que Nya trouve une raison d'espérer.

Nya libère les Ninjas en tant que Samuraï X. Le shérif le plus coriace de tout Ninjago, SeanDog McFlair, entre alors en piste, remonté à bloc.

Une chanteuse en route pour Ninjago City aide Kaï, Zane et Dareth à échapper à SeanDog McFlair. Zane comprend que toutes les émotions importent.

Les ninjas se réunissent dans la station-service de Tim le Toqué, échappent à SeanDog McFlair et décident d'infiltrer le Conseil du Roi de Cristal.

Lloyd, déguisé, se rend dans un temple pour rejoindre le Conseil du Roi de Cristal, où il découvre qui se cache derrière le masque Kabuki.

Harumi explique à Lloyd comment elle en est venue à servir le Roi de Cristal et ses plans pour Ninjago mais il ne peut rien faire pour l'arrêter.

Les Ninjas partent à la recherche de Lloyd et tombent droit dans le piège tendu par Harumi. Pendant ce temps, Harumi réussit à manipuler Lloyd.

Les Ninjas essayent de s'échapper pendant que Wu et les autres veulent empêcher le Conseil du Roi de Cristal de s'emparer des armes du Spinjitsu.

Nya, en Samuraï X, sauve les Ninjas, mais le plan d'Harumi pour utiliser les armes du Spinjistu est déjà en action.

Lloyd parvient à s'échapper du Temple de Cristal grâce à une alliée de fortune. Le Roi de Cristal et les Ninjas se préparent à l'affrontement.

Les Ninjas récupèrent le Bounty et foncent secourir Lloyd, qui se retrouve dans une bien mauvaise posture au milieu primitif.

Les Ninjas combattent l’armée du Roi de Cristal pendant que Lloyd et Maître Wu trouvent un allié inattendu.

Lloyd et Maître Wu découvrent l’évolution de Garmadon sur le chemin du développement personnel et trouvent la clé pour affronter le Roi de Cristal.

Garmadon apprend à Lloyd à utiliser sa forme Oni, mais les Ninjas adoptent une autre stratégie alors que le Roi de Cristal approche de Ninjago.

Les Ninjas passent à l'action à Ninjago City dans leurs véhicules améliorés, mais le Roi de Cristal fait appel à un nouveau pouvoir pour les arrêter.

Maître Wu trouve refuge auprès de révolutionnaires inattendus pendant que Nya et Jay s'éloignent de l'épave du Bounty pour demander de l'aide.

Pixal emmène Zane en réparation chez Borg avec l'aide d'alliés inattendus et Lloyd montre à un vieil adversaire ce que c'est d'être un héros.

Kai et Cole captent un message de Maître Wu et le rejoignent à l'entrepôt des livreurs de journaux. Lloyd et Garmadon partent à la recherche de renfort.

Les Ninjas tentent de contacter leurs alliés pour leur demander de l'aide. Cyrus, Zane, Pixal et les fugitifs se préparent en vue de la bataille finale.

Racer 7 escorte Cole à travers Ninjago City pour trouver de l'aide et Lloyd donne une chance à Garmadon de lui prouver qu'il a changé.

Les Ninjas se préparent pour l'ultime combat tandis que l'armée de cristal approche. Pendant ce temps, Lloyd et Garmadon attaquent le Roi de Cristal.

Lloyd et Garmadon affrontent le Roi de Cristal, pendant que les Ninjas résistent à l'ennemi grâce à leurs nouveaux pouvoirs et à d'anciens alliés.

Les Ninjas montrent leur vrai potentiel et font un acte altruiste pour sauver Ninjago du Roi de Cristal.