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Deux policiers rencontrent et sont tués par un homme étrange qui est en fait un Zoanoid créé par l' organisation Cronos . Le Zoanoid a volé trois unités Guyver de l'organisation et est maintenant poursuivi par eux. Au cours d' une confrontation entre les troupes et le Chronos Malmot Zoanoid nommé, les unités sont dispersées à travers la région, où Sho et Tetsuro sont. Les deux trouvent l'unité et Sho active, devenant Guyver I

Cronos découvre que Tetsuro peut savoir où l'Guyver est, de sorte qu'ils envoyer deux de leurs Zoanoids déguisé comme détectives de la police et la question Tetsuro. Sho les suit , mais est pris. Sho active l'unité Guyver et fait face aux deux Zoanoids. Un autre Zoanoid nommé Vamore apparaît et fait face à Sho avec deux grands lasers montés sur ses épaules, mais est contrecarrée par le propre du Guyver méga-smasher . Pendant ce temps, Cronos inspecteur Lisker obtient l'unité Guyver finale et se confond avec elle. 

Cronos, sachant maintenant que Sho a l'unité Guyver qu'ils recherchent, envoie une troupe de Zoanoids pour intercepter Sho. Sho devient le Guyver et prend soin des Zoanoids mais une nouvelle Zoanoid, Synevite , donne Sho une période difficile. Gains Sho accès à une nouvelle arme, le Guyver des lames à haute fréquence . Avec cela, il bat Synevite. Après la bataille, Lisker, comme Guyver II, face à Sho de reprendre l'unité Guyver. 

Lisker et Sho affrontent. Lisker a la haute main et déclare que parce qu'il est le meilleur combattant, Sho n'a aucune chance. Cependant, le métal de contrôle endommagé sur les Guyver II dysfonctionnements de l' unité de dommages, ce quipermet Sho et Tetsuro échapper. Commandant Richard Guyot montre et prend la position du chef de Cronos Japon. Il introduit Hyper-Zoanoid Zerbubuth , Bien à l' école, Sho et Tetsuro rencontrent Zoanoids et Zerbubuth, forçant Sho pour faire face à la menace, mais avec beaucoup de difficulté. 

Genzo Makashima, ex-chef de Cronos Japon et père adoptif de Agito Makashima, est puni en étant traité comme un Zoanoid. Sho et Tetsuro découvrent que l'incident à leur école a été traitée comme une attaque terroriste, un cover-up par Chronos. Alors que dans un café pendant les heures après l'école, les deux sont confrontés par un Zoanoid en Déguisé nommé Noskov . Sho quitte le café et fait face à Noskov, qui est accompagné par un autre Zoanoid, Myumelzee . Après une tentative ratée, Noskov retraites , mais est confronté par Guyver III . 

Guyot présente le appelé Hyper-Zoanoid ENZYME , sa clé pour récupérer l'unité Guyver. Il révèle alors son plan pour capturer Guyver I Agito. Pendant ce temps, Sho et Tetsuro parlent comment le monstre enlevé Mizuki et comment ils ont fait des histoires pour qu'elle ne serait pas participer. Ils retournent à Mt. Narasawa pour voir s'ils peuvent apprendre quelque chose sur le Guyver, mais sont confrontés par Genzo Makashima. Makashima transforme ensuite en ENZYME et attaque Sho. 

Guyver I est tué par Enzyme et Tetsuro est pris en otage par Cronos. Guyot explique Tetsuro en détail sur le plan de Cronos pour dominer le monde à travers les événements de X-Day . Pendant ce temps, les scientifiques étudient la Médaille de contrôle Guyver I, Guyver III apparaît et traite des scientifiques et des montres Guyver I "régénéré". A régénérée Guyver I provoque le chaos dans le bâtiment Cronos, tuant tout le monde et tout sur ​​son passage. 

Guyver I, tandis que dans le mode d'auto-défense , continue à provoquer le chaos dans Cronos. Tetsuro rencontre Guyver I et éveille Sho, la désactivation de la «SDM» de Guyver I. Pendant ce temps, Guyver III, étant près d'atteindre son objectif à détruire Cronos Japon, rencontres Guyver II et les deux bataille. Pendant ce temps, Sho et Tetsuro rencontrent Guyot, qui leur explique sur les créateurs de l' humanité . Guyver II intervient et fait face à Sho une dernière fois. 

Après la chute de Cronos Japon, Sho a des doutes au sujet d'être lui-même, il pense qu'il peut être un clone fabriqué par Guyver I. Agito, tout à la maison, les rencontres Guyot, qui a été considéré comme mort. Le lendemain, Tetsuro et Sho rencontrer un nouveau Hyper-Zoanoid, Panadyne. Sho se bat avec Panadyne au prix de sa maison. Sho est submergé par le nouveau Zoanoid mais est aidé par un homme nommé Masaki Murakami. Après la bataille, Mizuki découvre le secret de Sho. 

Chez le Agito, révèle Guyot de nouveaux plans pour capturer Guyver I. Agito puis excuses lui-même et les feuilles, mais revient comme Guyver III et fait face à Guyot. Pendant ce temps, Sho et Tetsuro trouver Mizuki et se rendent compte que le secret de Sho est exposé. Puis, son père est enlevé par Cronos, forçant Sho pour le retrouver. Cronos kidnappe alors Mizuki et Tetsuro ainsi. Alors que sur la chasse, Sho rencontre l'unité Numbers Lost. Sho a un moment difficile de les vaincre, mais est aidé par Masaki Murakami. 

Après avoir été aidé par Murakami de la lutte contre l'unité Numéros perdus, Sho va à Mt. Minakami, une autre base Cronos, avec Murakami pour sauver son père et les frères et sœurs Segawa. Pendant ce temps, les otages sont prises pour Mt. Minakami et sont emprisonnés jusqu'à Agito, qui se révèle comme Guyver III, les libère. Cependant , comme ils font leur fuite , ils rencontrent l' équipe Hyper-Zoanoid 5 , ainsi que le Dr Balcus et Guyot, qui connaissent maintenant lavéritable identité de Agito. 

Comme l'Elite Hyper-Zoanoid Cinq interférer avec Guyver III et l'évasion de la société, Guyver je vient pour les aider. Ils sont capables d'échapper, mais l'un des membres de l'équipe Hyper-Zoanoid, ZX-Tole, parvient à enlever le père de Sho. Un autre membre de l'équipe Hyper-Zoanoid, Elegen, désactive l'armure de Sho. Le groupe est contraint de se retirer à la cachette de Agito. Là, ils rencontrent l'ami d'enfance de Agito, Shizu. Plus tard, je Guyver se faufile pour sauver son père, mais les rencontres Guyver III. Ensemble, ils se lancent à Mt. Minakami. 

Sho et Agito font leur chemin à Mt. Minakami avec peu d' interférence. Ils sont en mesure de sauver le père de Sho et d' évasion. Les membres Hyper-Zoanoid ZX-Tole, Elegen et Thancrus arrêt Guyver III de la réunion avec Sho et son père.Pendant ce temps, le Dr Balcus donne un ordre, transformant le père de Sho dans un nouveau Hyper-Zoanoid, ENZYME II . Enzyme II attrape Sho (comme Guyver I) hors-garde et tue Sho. Cependant, Guyver I se Réactive en mode d' auto-défense. 

Sho est retrouvé inconscient et son groupe doit quitter la cachette parce qu'il a été découvert par Cronos. Tetsuro explique les événements qui se sont produits à partir de quand le Guyver a permis le cerveau de Sho se régénérer à la situation actuelle du groupe est maintenant. Alors que le groupe fait une évasion, trois ENZYMATIQUES II Zoanoids obtenir sur leur chemin. Guyver III tente de lutter contre eux, mais est maîtrisé. Guyver Je tente également de se battre, mais son armure désactive. Murakami est le seul qui reste à combattre. Murakami révèle alors son passé. 

Murakami continue à expliquer au reste du groupe sur le passé de l'humanité. Les créateurs, ou "Advents", créé et expérimenté avec la vie nouvelle, en particulier l'homme, de faire des armes biologiques. Murakami explique ensuite sur les Zoalords et Guyver son origine et le but. Un Mizuki choqué fuit et Sho court après elle. Sho rattrape Mizuki et son confort. Pendant ce temps, guyot parvient à trouver le reste du groupe et les attaque. 

Après avoir entendu une explosion d'où sont leurs amis, Sho et Mizuki courir en arrière pour trouver un grand trou qui ressemblait il était d'une explosion. Parmi les décombres était Guyot lui - même. Zoanoids sont maintenant envoyés à larecherche des survivants. Mizuki et Sho vont se cacher dans une grotte, où les questions Sho pourquoi il ne peut pas se transformer en Guyver. Aptom , déguisé en Guyver III, explique Sho pourquoi il est dans cet état ​​et ce qui est arrivé dans l'incident Enzyme II passé avec son père. Un Sho traumatisé doit recueillir le courage de protéger Mizuki et lui - même. 

Aptom attacks the group of Zoanoids that are investigating the battlefield after Guyver's fight against the mysterious Zoanoid and finally reaveals to dr. Balcus his ultimate abilities. Sho and Mizuki try to hide in a nearby village, Takeshiro, hoping not to be attacked by Cronos, but dr. Balcus decides to carry out his cruel plan involving village inhabitants. Guyver III suddenly appears, informing Sho about the rest of the group and about their unexpected new hideout.

Sho, Mizuki et Agito font leur chemin de retour à Mt. Minakami où leurs amis sont. Ils se dirigent vers le laboratoire souterrain d'un groupe de scientifiques ex-Cronos qui planifient une mutinerie. Comme l'entreprise se réjouit de leur réunion, Tetsuro explique comment ils se sont échappés de l'attaque de Guyot. Murakami est lui-même la guérison par un navire Advent nommé "Relic" et une guyot inconnaissance. La relique commence à vibrer comme Murakami se guérit. 

Après leur réunion, Mizuki commence à penser qu'elle peut-être un fardeau pour le groupe. Les douze Zoaloards se rencontrent et parlent de Richard Guyot. Archanfel va régler le problème. Murakami est alors complètement rétabli, mais explique qu'il n'a qu'une seule transformation à gauche avant qu'il rencontre son destin. Mizuki commence à se soucier du sort de Sho. Le groupe de discuter des plans sur la relance de la «Relic». Archanfel fait face à Guyot sur le "Remover". Sho et Agito se préparent à entrer dans la «relique». 

Chef Odagiri, l'un des scientifiques ex-Cronos, explique comment Cronos a obtenu les unités Guyver. Sho et Agito faire leur chemin dans la relique et trouver où étaient stockés les unités. Sho se connecte à la Relique, où il apprend plus sur les avènements et la première Guyver (Guyver 0). Il apprend aussi qu'il peut contrôler la relique par sa propre volonté. Archanfel doute encore Guyot sur le "Remover" mais Guyot lui refuse et se enfuit. 

Guyot est toujours en fuite, avec Archanfel suivant de près. Pendant ce temps, aptom est capable d'absorber Gaster et Darzerb, ayant la puissance de trois Hyper-Zoanoids. ZX-Tole face aptom et est capable d'absorber une partie du corps de ZX-Tole comme il se sauvait, complétant son absorption de l'Hyper-Zoanoid équipe 5. Guyot est maintenant face au large contre Archanfel, en utilisant ce que les pouvoirs dont il dispose. Archanfel est capable de dévier ses attaques, mais a Guyot un dernier tour dans son sac. 

Le reste des douze Zoalords apparaissent au sommet du Mont Minakami. Guyot utilise son attaque contre le Black Hole Archanfel et est en mesure d'obtenir le aspiré. Balcus aide Guyot sceller la faille alors Archanfel ne peut pas échapper.Sans personne pour l'arrêter, Guyot obtient le Remover et l'utilise sur Agito, enlevant presque l'unité Guyver de lui. Murakami puis face à Guyot, mais le chef Odagiri tente de sauver Murakami qui se l'a tué, exaspérant Murakami. Guyot et Murakami commencent à entrer en conflit avec l'autre et de commencer leur bataille. 

Murakami et Zoalord Guyot aller à elle. Il semble que Murakami a pu infliger une partie des dégâts sur Guyot, mais ne suffit pas à le finir. Guyot attrape un Murakami maintenant impuissant, le battre, puis déchirer son bras, le tuant. Sho quitte la Relic pour faire face à Guyot, mais est interrompu par le conseil Zoalord. retours et offres Archanfel avec Guyot personnellement. Les deux Guyver I et tentative Guyver III pour lutter contre Archanfel avec leurs méga-smashers, mais prouve sans match contre la puissance de Archanfel. 

Quelque temps a passé depuis le Mt. incidents Minakami. X-Day a déjà eu lieu, laissant Cronos les dirigeants du monde. Un an après les événements de X-Day, la vie semble normale autre que le fait que Zoanoids sont parmi la population.Tetsuro, Mizuki, Yohei Onuma, et Shizu Onuma sont cachés dans un appartement, inconnaissance que aptom veille sur eux. Ils commencent à douter Sho est encore en vie. Balcus travaille sur un Zoanoid particulier pour vaincre aptom. 

scientifiques Cronos sont vus avec un grand objet en forme de cocon dans leur laboratoire, mais sont bientôt interrompus par Guyver III. Il dirige un groupe appelé le Zeus Thunderbolt contre la société Cronos. Guyver III se rappelle ses souvenirs de la suite de la bataille contre Archanfel, qui a conduit à leur mort apparente. Sho se sacrifie et parvient à sauver tout le monde. Dans le présent, une ZX-Tole récupéré et renouvelé attaque aptom et deux face au large. L'attaque de aptom sont inutiles contre Neo ZX-Tole. 

Tetsuro et société remarquent le combat de aptom avec Neo ZX-Tole et que aptom est de les défendre. Guyver III arrive avec un grand cocon. Il explique que Sho est à l'intérieur du cocon. Guyver III puis face à Neo ZX-Tole, mais ne peut rien contre lui. La lutte va mal jusqu'à ce que le cocon ouvre. Un chiffre gigantesque émerge de l'intérieur. Le chiffre fait face et annihile Neo ZX-Tole avec facilité. Après la bataille, le chiffre se divise pour révéler Guyver I (Sho), qui désactive son armure et s'effondre dans les bras de Mizuki, accueillant Sho retour à la maison.